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RSS订阅原创 给GFF3格式文件添加fasta格式
给GFF3格式文件添加fasta格式 是不是没见过带有序列的gff3格式。为啥这么做，这就要说到我最近在做的东西了。Jbrowse是一款基因组可视化浏览器。可以将基因组可视化以及大部分以基因组为基础的可视化，比如reads、SNP、QTL、GWAS、gene。支持fasta,bam,vcf,gff3等格式文件。说了这么多，给个实例，自己慢慢体会。同时附上官网地址和Genome Biology上的论
2017-03-31 11:06:28
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原创 Sambamba: process your BAM data faster!
Sambamba: process your BAM data faster! 对于很大的(>100G)的bam文件，排序时间很慢不说，往往需要1天或更多的时间，但结果还会出错。如下边的错误. 经测试Sambamba表现较好，能够节省很多时间。随着接触的数据越来越多，感觉很简单的事情也需要花很多时间。不仅仅是数据多了的问题！[bam_sort_core] merging from 3288 fil
2017-03-25 17:33:59
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原创 detectMITE 安装以及使用
detectMITE 安装以及使用 安装之前需要安装两个其他软件。第一个就是matlab,第二个是cd-hist.1、matlab的安装下载好之后：第一步是挂载iso文件mount -o loop Matlab801_MacUnix.iso /mnt/第二步是安装cd /mnt/./install -mode silent -agreeToLicense yes -fileInstallatio
2017-03-18 10:40:58
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原创 RNA_seq表达分析
输入文件input_v1.0.txt （三列，分别是 *.1.fastq.gz,*2.fastq.gz , *.sam）hisat2运行参数与流程（hisat2_IWGSCv1.0.py）#!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*-__author__ = 'shengwei ma'__author_email__ = 'shengweima@icl
2017-03-17 11:55:50
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转载 删除 setup.py 安装的 Python 软件包
删除 setup.py 安装的 Python 软件包 在 CentOS 5.5 上通过 setup.py 安装了一个软件包。删除的时候发现 setup.py 没有 uninstall 选项。增加 –record 参数重新安装软件包，执行命令： python ./setup.py install --record install.txt删除安装文件，执行命令： cat install.txt |
2017-03-17 09:13:47
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转载 转座子可抑制mRNA翻译
3月3日，《Nature Communications》在线发表了我室水稻团队熊立仲课题组题为 “Translational repression by a miniature inverted-repeat transposable element in the 3′untranslated region” 的研究论文。该研究发现水稻中的一类DNA转座子具有翻译抑制功能。此研究使我们更深入了解基因
2017-03-15 21:02:25
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原创 MOSAIK安装
MOSAIK安装1、下载git clone https://github.com/wanpinglee/MOSAIK.git2、安装进入src文件夹，然后make #注意如果静态库没有安装可使用 yum install glibc-static 安装#或者修改includes/linux.inc文件，将"-static"删除3、使用还未探索，这是文章MOSAIK: A Hash-Based Alg
2017-03-07 11:03:53
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转载 非参数检验
非参数检验非参数检验是在总体方差未知或知道甚少的情况下，利用样本数据对总体分布形态等进行推断的方法。R语言可以进行各种不同的非参数检验，如Mann-Whitney U, Wilcoxon Signed Rank, Kruskal Wallis test 和 Friedman tests。曼-惠特尼U检验(Mann-Whitney U test) 或者叫做曼-惠特尼U检验，该检验主要是检验两组独立样本
2017-03-06 20:21:19
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原创 二代测序短序列mapping新选择：Magic-BLAST
Magic-BLAST is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome.前面一段 时间看到NCBI上blast出了一个新系列，短序列的mapping。基本与blast使用体验一致。现在还未测试Magic-BLAST 是否适用于长
2017-03-03 17:35:02
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原创 GC content
计算核酸序列的GC含量 （GC content）#!/usr/bin/env python# -*- coding: utf-8 -*- __author__ = 'shengwei ma'__author_email__ = '[email protected]'from Bio import SeqIOfrom Bio.SeqUtils import GCfor rec in S
2017-03-03 15:36:27
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空空如也
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