二代测序短序列mapping新选择：Magic-BLAST

Magic-BLAST is a tool for mapping large next-generation RNA or DNA sequencing runs against a whole genome or transcriptome.

前面一段 时间看到NCBI上blast出了一个新系列，短序列的mapping。基本与blast使用体验一致。也可以进行长片段的mapping，比如EST。默认参数最好要调下。

1、下载

官网下载（ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/magicblast/LATEST）

我下载的是编译之后的，下载之后将magicblast和makeblastdb拷贝至系统全局变量路径即可。

2、使用

对经常使用blast的人来说使用非常简单。甚至不用将reference序列建库，直接使用fasta格式的序列文件即可。比如：

magicblast -query SRR1228245_1.fastq.gz -que