基因表达模式聚类以及可视化

最新推荐文章于 2024-10-14 22:12:20 发布

msw521sg

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分类专栏：生物信息 R 画图文章标签： TCseq R 差异表达 RNA-seq

本文链接：https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/75452019

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通过RNA_seq分析获得大量差异表达基因后，如何有效地展示这些基因表达模式成为挑战。除了传统的热图，本文介绍了使用R包TCseq进行基因表达聚类的一种新展示方式，并展示了最终结合热图编辑后的结果。

摘要由CSDN通过智能技术生成

最近在使用RNA_seq数据做些分析，结果得到了大量差异表达以及共表达的基因，如何合理展示这些基因也是一件不简单的事情。除了常见的热图(heatmap)展现形式,今天在推荐另外一种展示方式(下图C)。

这里写图片描述

需要R包TCseq或者Mfuzz。我这里给出的代码是基于TCseq。
输入文件就是一个基因表达量的矩阵，如下图。
这里写图片描述

代码也很简单,见下图，也请点击阅读原文查看代码。

library(TCseq)
svg(filename="/stress_analysis/drought_and_heat/heat.svg",width=3.5,height=15)
data <- read<

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基因表达模式分析及软件系统 (2003年)

05-24

研究和实现了4种基因表达模式的聚类方法，开发了基因表达模式分析软件系统。该软件包含了两两平均连锁聚类法、系统聚类法、自组织特征映射法和模糊聚类等聚类算法，其中模糊聚类算法是首次用于基因表达模式分析。该软件同时具有数据过滤、多种相似性度量选择、聚类方法选择和结果可视化等功能。对于同一组基因表达数据，可通过不同的聚类算法的组合，提供更多的基因分类信息，为生物体复杂的基因表达模式研究提供了一个重要的综合分析平台。

基因表达数据的聚类分析方法

Xingze_Li

11-23

1万+

介绍基因表达(gene expression) 是指将来自基因的遗传信息合成功能性基因产物的过程。基因表达产物通常是蛋白质，但是非蛋白质编码基因如转移RNA（tRNA）或小核RNA（snRNA）基因的表达产物是功能性RNA。所有已知的生命，无论是真核生物（包括多细胞生物）、原核生物（细菌和古细菌）或病毒，都利用基因表达来合成生命的大分子。基因编码并可用于合成蛋白质，这个过程称为基因表达。在像人类这样的高等生物中，根据细胞类型（神经细胞或心脏细胞）、环境和疾病状况等各种因素，数以千计的基因以不同的量

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读文献先读图：热图怎么看？

SAM_biotech的博客

10-12

616

热图是一种以颜色的变化来表示数据矩阵或数据集中程度的图表工具。通过颜色的深浅来表示数值的大小，颜色越深表示数值越大，颜色越浅表示数值越小。在生物信息学中，热图常用于展示基因表达、蛋白质相互作用、代谢途径活性等方面的数据信息。例如，在基因表达研究中，热图可以展示同一基因在不同组中的表达水平，通过色阶变化显示表达量高低。能够直观地展示数据的分布情况，发现数据之间的关联性，并突出显示具有显著特征的数据点。

基因表达分析聚类&分析

C语言/数据结构/数学建模/深度学习/生物信息

01-22

1502

两种分类方法在分类问题中，通常有两种主要的方法：生成方法（Generative）和判别方法（Discriminative）。生成方法（Generative）生成方法试图学习数据的联合概率分布P(X, Y)，然后使用贝叶斯定理来推导出条件概率分布P(Y|X)。生成模型能够产生新的数据样本，这是它们名字的由来。代表性的算法有贝叶斯分类器（例如朴素贝叶斯）和隐藏马尔可夫模型（HMM）等。生成模型将分类问题描述为概率问题，它在不同类别中建模特征分布，并使用概率计算进行决策。

模式识别谱聚类matlab,基因表达谱聚类分析

weixin_30320771的博客

03-16

806

对于基因表达谱数据的分析是生物信息学的研究热点和难点。转化为数学问题，分析任务是从数据矩阵 M 中找出显著性结构，结构类型包括全局模型 (model) 和局部模式 (pattern) 。对基因表达谱数据的分析是数据挖掘问题，所采用的方法包括通过可视化进行探索性数据分析( Exploratory Data Analysis )、描述建模 (descriptive modeling) 、分类、聚类、回...

基因系统聚类

深未来技术

12-29

805

一、下面的HIERARCHICALCLUSTERING算法需要输入一个n*n的距离矩阵d，并产生数据的n个不同的分划，以树的形式输出。 HIERARCHICALCLUSTERING（d,n）形成n个类，每个类含有一个元素构建图T，为每个类分配一个单独的顶点 while 存在多于一个类找到最近的2个类C1和C2 将C1和C2合并成

ClusterGVis 对基因表达时间序列聚类和可视化

weixin_45822007的博客

01-05

9327

没关注？伸出手指点这里1引言很久之前写过使用 Mfuzz 和 hclust 的方法来对基因进行聚类和可视化。但是许多人觉得 Mfuzz 出图不是特别美观,此外提供的调整参数也很少,相关推文见:使用 Mfuzz 包聚类分析并自定义绘图基因 hclust 聚类并绘制聚类热图和表达趋势图此外我们还会见到 RNA-SEQ 时序分析的热图和表达趋势折线图及每个亚群的通路富集结果 可视化在一起,例如...

基因共表达聚类分析及可视化

悟道西方

12-26

1万+

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/11/gene-cluster/ 共表达基因的寻找是转录组分析的一个部分，样品多可以使用WGCNA，样品少可直接通过聚类分析如K-means、K-medoids (比K-means更稳定)或Hcluster或设定pearson correlation阈值来选择共表达基因。下面将实战演示K-means、K-medoids聚

TimeVis:一种可视化工具，用于可视化基因表达时间序列数据

05-09

时间可见时间序列的可视化和分析。一种可视化工具，用于可视化基因表达时间序列数据。文献资料可以从项目查看文档安装使用pip从GitHub安装 $ pip install git+https://github.com/gaoce/TimeVis 我们建议您将软件包安装在下。该应用程序取决于numpy / scipy，如果这对您来说是个问题，请尝试。您也可以使用Docker $ sudo docker pull gaoce/timevis 开始和停止使用timevis启动应用程序，这是它的参数： $ timevis -h usage: timevis [-h] [-b] [-p PORT] [-s HOST] [-d DEBUG] TimeVis optional arguments: -h, --help show this h

聚类算法在生物信息学中的应用：基因表达谱分析与功能预测

AI天才研究院

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1.背景介绍生物信息学是一门综合性学科，它结合了生物学、计算机科学、数学、统计学等多个学科的知识和方法来研究生物信息。随着高通量基因芯片技术的发展，生物信息学家们可以收集大量的基因表达谱数据，这些数据包含了各种生物样品在不同条件下的基因表达情况。这些数据为生物学家们研究生物过程、发现新的生物标志物和药物靶点提供了宝贵的信息源。然而，由于基因表达谱数据量大、维度高、数据噪声等特点，如何有效地分析...

聚类分析与可视化

leonardwyh789的博客

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转录组测序技术和结果解读（十一）——表达模式聚类

wangprince2017

08-14

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当转录组研究的样本分组超过2组时，由于差异表达基因的识别只能针对两组样本，因此，只通过差异表达基因无法分析整体上的基因表达变化规律，此时可以通过表达模式聚类将基因按照其在不同样本中的表达变化规律进行归类，进而推测其与特定功能的可能联系。表达模式聚类热图以各样本中基因的表达量绘制热图，在图中每列表示一个样本，每行表示一个基因，图中的颜色的深浅表示基因在该样本中的表达量。表达模式聚类热图图像左侧的聚类数表示各个基因在所有样品中表达规律的相似性，在聚类中分支越近的基因，其表达量的变化规律就越接

一文看懂基因表达分析流程！

aganlala的博客

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语言绘制基因表达热图_彩！这般漂亮又个性的热图怎么画？

weixin_33548183的博客

12-27

1229

之前，在一篇文献中看到下图这样的一个组合图，漂亮又个性，给人耳目一新的感觉。除了展示细胞通讯，我觉得也可推广到常规的基因、蛋白、微生物的互作关系的展示。(Journal of the American Society of Nephrology, 2019)这个组合热图在展示受体配体对(receptor-ligand Pairs)在不同肾脏细胞中表达情况的同时，也展示了细胞间的通讯通路...

【学习笔记】《模式识别》2：聚类分析

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想求助大神帮忙指导一下TCseq作图，跪谢

weixin_43306037的博客

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1407

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