使用SnpEff 对SNP结果进行分析

最新推荐文章于 2023-12-06 21:34:41 发布
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分类专栏： 生物信息 小麦 文章标签： VCF 小麦 IWGSC SnpEff
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本文链接：https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/77103620
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本文介绍了如何使用SnpEff工具对小麦基因组的SNP数据进行注解和效果预测，详细阐述了从安装、配置到执行的步骤，并提到了输出文件的解析。
摘要由CSDN通过智能技术生成

SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants on genes

详细的说明请阅读：

http://snpeff.sourceforge.net/SnpEff_manual.html

一， 安装：

首先在家目录下， 下载安装包

wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip

然后进行解压

unzip snpEff_latest_core.zip

会产生一个snpEff目录 所有的程序都在这里面

二， 配置自己的基因组和注释文件

使用IWGSCv1.0参考基因组，命名为IWGSCv1.0.fa

基因组注释文件使用IWGSCv1.0释放的：

iwgsc_refseqv1.0_HighConf_2017Mar13.gff3

iwgsc_refseqv1.0_LowConf_2017Mar13.gff3

将上述两个文件合并成名为genes.gff 的文件。注意一定要是这个名字！！！

准备好上述文件之后

首先编辑配置文件࿰

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