exonerate结果整理，获取target序列

最新推荐文章于 2023-11-13 12:03:06 发布
最新推荐文章于 2023-11-13 12:03:06 发布
阅读量3.6k 收藏 1
点赞数 1
分类专栏： 生物信息 python 文章标签： 基因组-生物信息学 python
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/msw521sg/article/details/52562265
版权
软件exonerate输出的结果如下，想要获得比对上的target序列Command line: [./exonerate INPUT/UN029382.fa INPUT/scaffold125532.fa --model est2genome --showtargetgff TRUE --showvulgar no --showalignment yes --alignmentwidth 2
摘要由CSDN通过智能技术生成

软件exonerate输出的结果如下，想要获得比对上的target序列

Command line: [./exonerate INPUT/UN029382.fa INPUT/scaffold125532.fa --model est2genome --showtargetgff TRUE --showvulgar no --showalignment yes --alignmentwidth 200 --bestn 1 --verbose 2]
Hostname: [node009]

C4 Alignment:
------------
         Query: UN029382
        Target: scaffold125532 [revcomp]
         Model: est2genome
     Raw score: 6062
   Query range: 0 -> 1336
  Target range: 23867182 -> 23861353

        1 : ATCTGTTGCCCTCGCCCTTCGCAATGGCCTCCTCCTCCTCTGTCTCCCGTCCGCGGAAGCGTCCCGCCGCCGTCGCCTTTTCTTCCTCGCCTCCGCCGCCGTCGCCTTTTCTTCCTCGCCTCCGCCGCCGCCTCAG  >>>> Target Intron 1 >>>>  GGGCTAAGG :      145
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||++         1301 bp         ++|||||||||
 23867182 : ATCTGTTGCCCTCGCCCTTCGCAATGGCCTCCTCCTCCTCTGTCTCCCGTCCGCGGAAGCGTCCCGCCGCCGTCGCCTTTTCTTCCTCGCCTCCGCCGCCGTCGCCTTTTCTTCCTCGCCTCCGCCGCCGCCTCAGgt.........................agGGGCTAAGG : 23865737

      146 : ACTCTGAAATTGACACCAAAGAAGAATTTTCCCCTGATCTGGCGGACCTGTGATGTTCTTCAGCTTTATCTAAAGTCTTTTGGCAGG  >>>> Target Intron 2 >>>>  ACAGCTCGTTTGACGAGTCCAGAGGGACGTCAGCGAGACTACTTTGAGGCAGAGTTCT :      290
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||++          83 bp          ++||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 23865736 : ACTCTGAAATTGACACCAAAGAAGAATTTTCCCCTGATCTGGCGGACCTGTGATGTTCTTCAGCTTTATCTAAAGTCTTTTGGCAGGgt.........................agACAGCTCGTTTGACGAGTCCAGAGGGACGTCAGCGAGACTACTTTGAGGCAGAGTTCT : 23865509

      291 : TTTTTAAAGAAGAAGCTGAAGATGCATTGCAGAACTGCAAAATCCCAAACATGACCATTGAATGGGCTGAAGCAAACATATCAGACAATCCACTTACAG  >>>> Target Intron 3 >>>>  GACCAGCACAAATTTCGTATGACCCACCAAGGTGTGACTACGATGA :      435
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||++          74 bp          ++||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 23865508 : TTTTTAAAGAAGAAGCTGAAGATGCATTGCAGAACTGCAAAATCCCAAACATGACCATTGAATGGGCTGAAGCAAACATATCAGACAATCCACTTACAGgt.........................agGACCAGCACAAATTTCGTATGACCCACCAAGGTGTGACTACGATGA : 23865290

      436 : TTTTAACATTCTGGTAAACAGCTCGAGCACAACTTTTAAATAATTCGCTTATTGGTCTGAAGCAAACATATCAGACAATCCACTTACAGGTAATGATAAGTATAAGTAAATCTTGAGCCTGCTTATTGGTTTCACGAGAAATAATTCGCTTCTGTCAATACAGGACCAGCACAA :      609
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 23865289 : TTTTAACATTCTGGTAAACAGCTCGAGCACAACTTTTAAATAATTCGCTTATTGGTCTGAAGCAAACATATCAGACAATCCACTTACAGGTAATGATAAGTATAAGTAAATCTTGAGCCTGCTTATTGGTTTCACGAGAAATAATTCGCTTCTGTCAATACAGGACCAGCACAA : 23865116

      610 : ATTTCGTATGACCCACCAAGGTGTGACTACGATGATTTTAACATTCTGGTAAACAGCTCGAGCACAACTTTTAAATAATTCGCTTATTGGTCTGAA--GCA-  >>>> Target Intron 4 >>>>  AACATATCAGACAATC--------CACTTACAGGACCAGCAC- :      743
            |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | | | ||  |  | |  ||| ++          525 bp         ++|||||    | | |||         | ||||  | ||||| | 
 23865115 : ATTTCGTATGACCCACCAAGGTGTGACTACGATGATTTTAACATTCTGGTAAACAGCTCGAGCACAACTTTTAAATTAAGCACATGTTCCTTCGTATTGCATgt.........................agAACATGCATGCCCATCTTTGTAAGAAGTTACCTG-CCAGCTCT : 23864447

      744 : -AAATTTCGTATGACCCACCAAGGTGTGACTACGATGATTT-TAACATTCTGCCATTAGTACCACAGCCACGAAACAATCCTTTTCACATAAAATGGGTATTACCTAAAATGCCGAAAAGACAACAAGGCCAGCCAGAAGAACCTCAATTACCAGCCGCTCGCTATTCCCCTGA :      914
              |||| | | |  ||    ||  | | || |   | |||| |    | | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
 23864446 : TGAATTGC-TTTTTCC--TTAAAATTTAAC-ATTTTAATTTGTTTTGTGCAGCCATTAGTACCACAGCCACGAAACAATCCTTTTCACATAAAATGGGTATTACCTAAAATGCCGAAAAGACAACAAGGCCAGCCAGAAGAACCTCAATTACCAGCCGCTCGCTATTCCCCTGA : 23864277

      915 : AAAAGTTAAGGTTGAGCCAGCAGACCCAAGAAAACCGGCCAAGCCGCGGTACTGGCCTAAGTTTCCAATATATCTGCCAATAAAATGACGCCTCGGATGAGAAAGGCTACATCGGCTCGCAGTAAG  >>>> Target Intron 5 >>>>  CTCCAGGAGTAGAAGAATC :     1059
            ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||++         2501 bp         &#
最低0.47元/天 解锁文章
msw521sg
关注
  • 1
    点赞
  • 踩
  • 1
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 4
    评论
专栏目录
如何对基因组序列进行注释
weixin_33770878的博客
09-06 7798
基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。注释之前首先得构建基因模型，有三种策略： 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(homology-based prediction...
exonerate结果文件提取（蛋白序列）
weixin_53662904的博客
04-18 1206
exonerate进行蛋白比对基因，结果log文件的提取的脚本。
exonerate:序列比对的通用工具
05-26
开脱 Guyone C. Slater等人（序列序列比对的通用工具）exonerate的延续。 （ ）。 无罪显然没有得到维持。 此fork的目标主要是对最终版本（2.4.0）的错误修复。 要签出/构建最终（稳定）版本： $ git clone https://github.com/nathanweeks/exonerate.git $ cd exonerate $ git checkout v2.4.0 $ ./configure [YOUR_CONFIGURE_OPTIONS] $ make $ make check $ sudo make install 注意：不要使用exonerate -c/--cores选项，因为多线程代码包含数据竞争。 v2.4.0之后已禁用多线程。 要构建master分支： $ git clone https://github.com/nat
将tsv文件指定行的指定列提取
qq_46071634的博客
09-29 548
【代码】python将tsv文件指定行的指定列提取。
exonerate注释
hzau_yang的博客
08-22 5945
输入文件：基因组的fasta文件，近缘物种的蛋白序列 输出文件：近缘物种比对到基因组，注释出来的gff3文件，该文件可以用于作为基因组最后汇总注释的证据之一，但一般权重不如转录组数据 流程： 1.每个样本切成n个文件，并行提交任务 split_exonerate.sh脚本 fa=$1 pep=$2 i=$3 n=$4 exonerate -t $fa -q $pep --querychunkid ...
Exonerate安装及注释
最新发布
Sunday1016的博客
11-13 742
下载Exonerate v2.4（这个软件已经停止维护了）。创建名为exonerate的conda环境，完成后进入环境。全部通过即安装成功。--model protein2genom #指定比对模式。--showalignment no #关闭显示比对细节。注意Exonerate是在src中的program里面。-q T_l_protein.faa #指定参考基因组。--showtargetgff #输出格式为GFF。-t ######.fa #指定需要注释的基因组。我的基因组比较小所以没进行分割。
常用生物数据分析软件
08-04
第 1 章 Unix/Linux操作系统介绍...........................................................................................................1 1.1 远程登陆...................................................................................................................................1 1.2 文件的复制、删除和移动命令................................................................................................7 1.3 目录的创建、删除及更改目录命令........................................................................................9 1.4 文本查看命令.........................................................................................................................11 1.5 文本处理命令.........................................................................................................................13 1.6 改变文件或目录的权限命令..................................................................................................16 1.7 备份与压缩命令.....................................................................................................................18 1.8 磁盘及系统管理.....................................................................................................................20 1.9 软件安装简介.........................................................................................................................22 1.10 其他......................................................................................................................................23 第2 章 数据的基本处理........................................................................................................................25 2.1 测序原理介绍..........................................................................................................................25 2.2 峰图转化 Phred ......................................................................................................................27 2.3 Phd2Fasta ...............................................................................................................................32 2.4 载体屏蔽 cross_match ........
exonerate-gff3-源码.rar
10-10
将Exonerate与GFF3结合，意味着该源码可能包含实现将序列比对结果输出为GFF3格式的功能。在深入理解Exonerate-GFF3源码之前，我们先简要回顾Exonerate的基本原理和GFF3格式。 Exonerate的基本工作流程是通过比较两...
exonerate-gff3:通过添加 gff3 支持免除 fork
06-17
示例命令： exonerate -q protein.fa -t genome.fa --model protein2genome --querytype protein --targettype dna --showvulgar no --softmaskquery yes --softmasktarget yes --minintron 20 --maxintron 3000 --...
bioinfo:各种生物信息学工具
05-27
生物信息学工具每个子文件夹中提供了更多详细信息。MLGtest.R根据观察到的... 剧本少数生物信息学脚本： exonerate-protein2genome-gff-to-fasta.pl需要一个基因组文件和exonerate --model protein2genome --showfeatur
使用MAKER进行注释: 如何避免多轮MAKER时的重复运算
xuzhougeng blog
07-07 1726
通常而言，我们会运行不只一轮的MAKER。如果参考组序列没有变化，那么有一些计算只需要做一次就行了，例如将EST, Repeat和Protein序列比对到参考基因组，得到它们对应的位置。 我们有三种方法可以避免不必要的运算，第一种方法是直接修改配置文件，让MAKER重复利用之前的运行结果；第二种方式是利用之前输出的GFF文件，通过配置"Re-annotation Using MAKER Deriv...
生物信息学 linux版本,BioInfoServOS：Ubuntu下的生物信息学软件
weixin_27310417的博客
05-02 742
BioInfoServOS：Ubuntu下的生物信息学软件 常言道：“工欲善其事，必先利其器”。国内多数计算机用户使用的都是Windows操作系统，甚至连科研单位也在所难免。出现这样的情况原因很多，对于一个Bio-technician而言，离不开Win的一个很大的原因是所用的专业软件运行平台离不开它。实际上，很多科研软件都是先有*nix版本的，或者有些就只有那些版本。本人之前也一直很痛苦在Ubun...
真核基因组注释导读
xxxxx
08-29 4941
前言 本博文基本是翻译自文章A beginner’s guide to eukaryotic genome annotation 　　 二代测序以及最近三代单分子测序的火热，让我们获得高质量基因组越来越来容易，然而基因组注释仍然面临许多挑战。其中一个挑战就是寻找基因（gene finding），训练基因model，选择基因预测软件和注释软件，另一个挑战就是更新合并不同途径注释的基因，目前还没有完
Exonerate安装，执行./configure 时出现 aclocal.m4错误
weixin_34391854的博客
12-06 1645
2019独角兽企业重金招聘Python工程师标准>>> ...
根据GFF3文件统计外显子大小和数量以及内含子大小
xxxxx
01-17 1万+
根据GFF3文件统计外显子大小和数量以及内含子大小#!/usr/bin/env python # -*- coding: utf-8 -*- __author__ = "Sheng-Wei Ma" with open('TGACv1.cdna.gff3', 'r') as f: for line in f: lin = line.strip().split('\t')
anaconda指定镜像源，解决conda下载速度慢失败问题
weixin_30815469的博客
02-22 541
conda升级默认官网地址，速度会特别慢，现在我们指定一个当前可用的镜像，步骤如下： 1.执行命令，生成.condarc文件 conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/ conda config --set show_channel_urls yes ...
在线绘制基因表达热图
热门推荐
xxxxx
07-11 3万+
在线绘制基因表达热图昨天需要画基因表达热图(heat map), 想起一个在线的网站可以很方便的绘制，提供大家。不用R代码，这个工具绝对可以画出你想要的那样。网址是：https://software.broadinstitute.org/morpheus/
基因表达模式聚类以及可视化
xxxxx
07-19 2万+
最近在使用RNA_seq数据做些分析，结果得到了大量差异表达以及共表达的基因，如何合理展示这些基因也是一件不简单的事情。除了常见的热图(heatmap)展现形式,今天在推荐另外一种展示方式(上图C)。需要R包TCseq或者Mfuzz。我这里给出的代码是基于TCseq。 输入文件就是一个基因表达量的矩阵，如下图。 代码也很简单,见下图，也请点击阅读原文查看代码。​ library(TCseq)
python提取关键字所在行的后边几行
xxxxx
09-17 1万+
cat 1.txt a1 = (DESCRIPTION = (ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = oracle)(PORT = 1000)) (CONNECT_DATA = (SERVER = aaa) (SERVICE_NAME = aaa) a2 = (DESCRIPTION = (ADD
等价词汇总(中文版）1
08-03
1.不出名的 2.费解的 3.使...费解 1.有害的 2.不友好的 1.模仿 2.和…相似 1.真实的 2.看似真

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 4
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值