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RSS订阅原创 基因的富集分析
通过RNA_seq差异表达分析等获得一组基因，想要进一步了解这些基因可能参与哪些生物学过程，具有哪些功能，一般就会用到基因的富集分析了。现在小麦基因注释信息已经可以获得，目前来看包括两套。一个是TGACv1，另一个就是IWGSC1.0。需要用到一个叫“clusterProfiler”的R包。下面用到的数据集来自TGACv1。1、安装source("https://bioconductor.org/b
2017-07-26 23:08:31
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原创 基因表达模式聚类以及可视化
最近在使用RNA_seq数据做些分析，结果得到了大量差异表达以及共表达的基因，如何合理展示这些基因也是一件不简单的事情。除了常见的热图(heatmap)展现形式,今天在推荐另外一种展示方式(上图C)。需要R包TCseq或者Mfuzz。我这里给出的代码是基于TCseq。 输入文件就是一个基因表达量的矩阵，如下图。 代码也很简单,见下图，也请点击阅读原文查看代码。 library(TCseq)
2017-07-19 21:44:18
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原创 在线绘制基因表达热图
在线绘制基因表达热图昨天需要画基因表达热图(heat map), 想起一个在线的网站可以很方便的绘制，提供大家。不用R代码，这个工具绝对可以画出你想要的那样。网址是：https://software.broadinstitute.org/morpheus/
2017-07-11 23:55:11
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原创 麦瘟病(wheat blast)是什么鬼
麦瘟病(wheat blast) 今年看到过几次有关麦瘟病的研究论文。第一次看见的时候还很好奇，特地查了一下。几天前在science上看到一篇关于麦瘟病研究的论文。文章题目是“Evolution of the wheat blast fungus through functional losses in a host specificity determinant”。文章主要讲了这个病
2017-07-11 10:37:59
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原创 野生二粒小麦基因组在science发布
野生二粒小麦基因组在science发布 现代小麦是世界上的三大粮食作物之一，由于其基因组和复杂，它的基因组研究远远落后于水稻和玉米，迄今还没有一个较好的参考基因组发布。不过随着测序成本和技术的进步，今后一段时间小麦及其祖先种的基因组会陆续发布。我们餐桌上的小麦是一个异源六倍体物种，经历一系列的驯化才变成今天的小麦。研究已经表明六倍体小麦是由3个2倍体祖先种间2次种间杂交而来。第一次杂交形
2017-07-07 11:10:23
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原创 sam2gff3
需要注意的是，有时候一条序列可以比对到基因组多个地方，转换成gff3格式之后就会出现重复。这就要评估你的研究目的了。一般情况不会影响。当然也可以将sam文件中这种情况进行筛选。#!/usr/bin/perl -wuse strict;open IN,"2.sam"; #输入文件open OUT,">output.gff3";#输出文件my %gtf;my %pos;while (<IN>
2017-07-05 20:37:33
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原创 第一个接近完整的六倍体小麦基因组
第一个接近完整的六倍体小麦基因组今天在bioRxiv看到刚在线的有关小麦基因组的文章。文章题目是“The first near-complete assembly of the hexaploid bread wheat genome,Triticum aestivum”。看到文章作者和单位的时候，我有点不淡定了。作者不太熟悉，猜测应该不是和IWGSC那伙人是一起的。作者单位包括约翰斯·霍普金斯大学
2017-07-04 18:03:04
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空空如也
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