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原创 基因的富集分析

通过RNA_seq差异表达分析等获得一组基因,想要进一步了解这些基因可能参与哪些生物学过程,具有哪些功能,一般就会用到基因的富集分析了。现在小麦基因注释信息已经可以获得,目前来看包括两套。一个是TGACv1,另一个就是IWGSC1.0。需要用到一个叫“clusterProfiler”的R包。下面用到的数据集来自TGACv1。1、安装source("https://bioconductor.org/b

2017-07-26 23:08:31 12163 3

原创 基因表达模式聚类以及可视化

最近在使用RNA_seq数据做些分析,结果得到了大量差异表达以及共表达的基因,如何合理展示这些基因也是一件不简单的事情。除了常见的热图(heatmap)展现形式,今天在推荐另外一种展示方式(上图C)。需要R包TCseq或者Mfuzz。我这里给出的代码是基于TCseq。 输入文件就是一个基因表达量的矩阵,如下图。 代码也很简单,见下图,也请点击阅读原文查看代码。​ library(TCseq)

2017-07-19 21:44:18 21344 2

原创 在线绘制基因表达热图

在线绘制基因表达热图昨天需要画基因表达热图(heat map), 想起一个在线的网站可以很方便的绘制,提供大家。不用R代码,这个工具绝对可以画出你想要的那样。网址是:https://software.broadinstitute.org/morpheus/

2017-07-11 23:55:11 30508 3

原创 麦瘟病(wheat blast)是什么鬼

麦瘟病(wheat blast)​   今年看到过几次有关麦瘟病的研究论文。第一次看见的时候还很好奇,特地查了一下。几天前在science上看到一篇关于麦瘟病研究的论文。文章题目是“Evolution of the wheat blast fungus through functional losses in a host specificity determinant”。文章主要讲了这个病

2017-07-11 10:37:59 2429 1

原创 野生二粒小麦基因组在science发布

野生二粒小麦基因组在science发布​   现代小麦是世界上的三大粮食作物之一,由于其基因组和复杂,它的基因组研究远远落后于水稻和玉米,迄今还没有一个较好的参考基因组发布。不过随着测序成本和技术的进步,今后一段时间小麦及其祖先种的基因组会陆续发布。我们餐桌上的小麦是一个异源六倍体物种,经历一系列的驯化才变成今天的小麦。研究已经表明六倍体小麦是由3个2倍体祖先种间2次种间杂交而来。第一次杂交形

2017-07-07 11:10:23 3478

原创 sam2gff3

需要注意的是,有时候一条序列可以比对到基因组多个地方,转换成gff3格式之后就会出现重复。这就要评估你的研究目的了。一般情况不会影响。当然也可以将sam文件中这种情况进行筛选。#!/usr/bin/perl -wuse strict;open IN,"2.sam"; #输入文件open OUT,">output.gff3";#输出文件my %gtf;my %pos;while (<IN>

2017-07-05 20:37:33 758

原创 第一个接近完整的六倍体小麦基因组

第一个接近完整的六倍体小麦基因组今天在bioRxiv看到刚在线的有关小麦基因组的文章。文章题目是“The first near-complete assembly of the hexaploid bread wheat genome,Triticum aestivum”。看到文章作者和单位的时候,我有点不淡定了。作者不太熟悉,猜测应该不是和IWGSC那伙人是一起的。作者单位包括约翰斯·霍普金斯大学

2017-07-04 18:03:04 3312

carthagene-1.3.beta-Windows

carthagene-1.3.beta-Windows 方便好用的遗传连锁图构建工具

2019-03-13

wqy-zenhei-fonts

完美解决中文显示问题,如浏览器显示框框,需要两个包,别忘了,两个

2013-07-30

wqy-zenhei-fonts-common-0.9.45-3.el6.noarch.rpm

完美解决中文显示问题,如浏览器显示框框,需要两个包,别忘了,两个

2013-07-30

zlib macos10.8

macos 10.8 不再支持,而此软件可以了!在国外网站下的比较慢

2012-11-25

空空如也

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