使用Bioconda管理生信软件

在苹果操作系统上，我们可以从App Store下载各种软件。Linux操作系统有没有一个类似于App Store的平台，可以使我们非常方便的下载各种软件，而不用考虑各种依赖包的问题呢？答案当然是肯定的，就是我们今天要介绍的Bioconda。

要介绍Bioconda首先得介绍一下Anaconda：

Anaconda指的是一个开源的Python发行版本，而Bioconda是Anaconda中专门用来管理生物信息学相关软件的channel。目前，Bioconda已经支持安装2700多种生物信息学相关的包。

Bioconda的主页

1.安装conda
要使用Bioconda，必须先安装conda，有两个版本可供我们选择：miniconda和anaconda。miniconda的体积较小，但是能满足正常的生物信息学使用，如果你的网速较慢或者硬盘空间较小，可以优先选择此版本。进入miniconda的下载页面，选择合适的版本进行下载和安装，此处以Python3.6版本为例：

cd进入你的软件安装目录

cd /mnt/h/Workspace/Biosoft/

下载miniconda安装包

wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装miniconda

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

安装完成后，重新登录或者source ~/.bashr,并将conda添加到环境变量PATH。

2.配置Chanels
在conda的迷人配置中，并不包含生物信息学软件源，所以需要把生物信息学相关的chanels添加到conda中：

conda config --add channels r

conda config --add channels defaults

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels bioconda

3.添加国内源，解决下载慢的问题
Bioconda默认的chanel都在国外，下载软件非常缓慢，我们可以添加国内的chanel，以提高下载速度：

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/

conda config --add channels https://nanomirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/

4.使用bioconda管理生物信息学软件

此处以软件bwa为例

安装bwa，默认安装最新版本

conda install bwa

查找bwa的所有版本

conda search bwa

安装特定版本的bwa

conda install bwa=0.7.12

查看conda中已经安装过的软件

conda list

升级软件

conda update bwa

##卸载软件

conda remove bwa 或者

conda unistall bwa