使用Bioconda管理生信软件(以bwa为例)

1.安装conda

要使用Bioconda，必须先安装conda，有两个版本可供我们选择：miniconda和anaconda。miniconda的体积较小，但是能满足正常的生物信息学使用，如果你的网速较慢或者硬盘空间较小，可以优先选择此版本。进入miniconda的下载页面，选择合适的版本进行下载和安装

#下载miniconda安装包
wget https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

#安装miniconda
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

2.启动conda

在上一步选择no之后，输入conda是会报找不到此命令的。那要如何启动呢？
找到你刚才安装的miniconda，如果没有更改过安装位置的话应该是在/home下面，cd到miniconda3的bin目录下面，能看到有一个activate。

这里需要给activate添加一下权限才能使用

 

chmod 777 activate 

接下来启动conda

. ./activate #这里的第一个点跟source是一样的效果，我比较懒。

成功启动conda
当命令行前面出现(base)的时候说明现在已经在conda的环境中了。这时候输入conda list 命令就有反应了

conda list

3.使用bioconda管理生物信息学软件

1. # 此处以软件bwa为例
2. # 安装bwa，默认安装最新版本    

   conda install bwa

   

3. # 查找bwa的所有版本

4. conda search bwa

   

5. 安装完成后，可以用“which 软件名”来查看该软件安装的位置

which bwa

4.# 安装特定版本的bwa  

conda install bwa=0.7.12

# 查看conda中已经安装过的软件  

conda list

 

 

1. # 升级软件
2. conda update bwa

 

1. # 卸载软件
2. conda remove bwa 或者
3. conda unistall bwa