perl代码实现fastq转fasta

最新推荐文章于 2021-05-12 16:30:13 发布
最新推荐文章于 2021-05-12 16:30:13 发布
阅读量540 收藏 2
点赞数
分类专栏： Perl
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/ncyujijian/article/details/107799836
版权
本文介绍如何使用Perl编程语言将Fastq格式的生物信息学序列数据转换为简洁的Fasta格式。通过理解Fastq和Fasta格式的结构，我们将编写一个简单的Perl脚本，实现批量转换，帮助研究人员处理大量序列数据。
摘要由CSDN通过智能技术生成 
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

my $id;
my $seq;

open IN,"$ARGV[0]" or die $!;
while (<IN>) {
   
	chomp
最低0.47元/天 解锁文章
小余吐泡泡
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 2
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
fastq转fasta代码-基于perl
zlabx的博客
10-12 552
#! /usr/bin/perl use strict; use warnings; use List::Util qw(sum min max); use Getopt::Long; use File::Basename; # Parameter variables my $file; my $helpAsked; my $outFile = ""; GetOptions( "i=s" => \$file, "h|help" => \$helpAsked, "o|out
fastq和fasta格式转化
Curry_chenhu的博客
04-18 3995
fastq >> fasta seqtk # 安装 conda install seqtk # 运行 seqtk seq -A input_file.fastq > output_file.fasta fasta >> fastq fasta_to_fastq.pl # 下载 wget https://storage.googleapis.com/google-code-archive-downloads/v2/code.google.com/fasta-to-fastq/
linux中fq格式转fa,Perl:FastQ与FastA格式的相互转换
weixin_35890512的博客
05-12 640
#!/usr/local/bin/# Author: lh3use strict;use warnings;use Getopt::Std;my $usage = qq(Usage: fq_all2std.plCommand: scarf2std Convert SCARF format to the standard/Sanger FASTQfqint2std Conve...
perl 截取 fastq文件
weixin_33786077的博客
12-01 570
#!/usr/bin/perl -w use warnings; use strict; my $usage = qq{$0 input_fastq trim_length}; die "$usage\n" if scalar @ARGV != 2; my ($fastq, $trim_length) = @ARGV; open(FASTQ, $fastq) or die ...
perl Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出
niuhuihui_fei的博客
05-23 3220
perl Fasta文件格式化-每行固定数目碱基输出
seq-scripts:用于序列和特征转换，注释，分析的脚本..
05-11
概述 seq-frag –基于参考的读取/重叠群模拟 从参考序列模拟片段文库...export PERL5LIB=/path/to/perl5lib-Fasta/Fastq: $PERL5LIB 用法 seq-frag MODE -l LENGTH -c COVERAGE [options ..] < FASTA # 50X 100bp si
Genomic_Analysis:在各种常见基因组数据文件格式之间进行互转换
05-12
"Genomic_Analysis"项目显然是一个用于在这些常见基因组数据文件格式之间进行转换的工具，主要使用Perl编程语言实现。Perl在生物信息学中广泛使用，因其强大的文本处理能力和灵活性。 首先，我们来看看一些常见的...
fq_all2std.rar_fa2std_fq 文件_fq_all2std_fq转fa_valuey71
09-24
5. **fq转fa**：FastQ到FASTA的转换通常是为了简化分析，因为FASTA格式在某些分析中更简单。然而，这会丢失质量信息，因此只在不需要质量分数的情况下进行。 6. **valuey71**：这个标签含义不明确，可能是某种特定...
Project_sRNA_2016：项目中使用的脚本
02-21
首先，Perl脚本可能涉及读取FASTQ或FASTA格式的测序数据。这些文件包含了高通量测序产生的sRNA序列。通过Perl，可以方便地提取序列信息、质量分数，并进行初步的质量控制。 其次，脚本可能包含用于去除低质量序列和...
solutions:DNA60IFX 挑战的解决方案
06-20
3. **生物信息学算法**：Perl代码可能包含了各种生物信息学算法的实现，如BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）用于序列比对，Smith-Waterman算法用于局部比对，或者Burrows-Wheeler Transform（BWT）和FM...
perl 从fastq文件中挑选出序列长度在规定范围的序列
niuhuihui_fei的博客
05-23 3100
perl 从fastq文件中挑选出序列长度在规定范围的序列 FASTQ文件长度过滤
将fastq转为fasta的代码
王佳伟的博客
11-29 8980
/* * fq2fa.cpp * convert fastq to fasta * * Copyright@Wang Jiawei, BGI Shenzhen, China, 2012-11-29 * The Latest revision@Wang Jiawei, BGI Shenzhen, China, 2012-11-29 */ #include #inc
使用Perl生成模拟数据
编程故事的地方
06-21 166
最近，在工作中，为了测试代码，我们的团队创建了一些测试，这些测试可以模拟数据，或者在某些情况下可以模拟正收益，这使我们可以更轻松地隔离正在处理的特定代码块。 我确信这在大多数测试驱动设计（TDD）场景中是相当普遍的做法。 但是，这让我想到了当我开始学习JavaScript时会使用的API，它将生成随机用户。 https://randomuser.me/ 这是用于模拟用户数据的重要资源。 您可能...
FASTQ转换FASTA,QUAL格式最快方式
wangyiqi806643897的专栏
02-06 2959
刚学到的，用python 2行命令就搞定了，下载python和biopython，输入以下代码运行 from Bio import SeqIO SeqIO.convert("example.fastq", "fastq", "example.fasta", "fasta") SeqIO.convert("example.fastq", "fastq", "example.qual
fastq文件格式处理工具系列学习
热门推荐
whiffen_cann的专栏
02-22 1万+
转自：http://ju.outofmemory.cn/entry/215236 fastq文件格式说明（wiki） FASTQ_format 维基百科NSC_2011_Illumina_fastqAndQC Illumina fastq 格式官方文档 fastq 文件质量控制 fastqc    CommandLine Demo：./FastQC/fastqc -o
perl代码实现fasta序列多行转一行
ncyujijian的博客
08-10 1275
有的时候，很多fasta文件是这个样子的： 但是，有些软件或者程序只能是一行id，一行序列的读取。这就要求我们需要将上述格式序列多行转一行。下面这段代码可以解决上述问题。 #!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $id; my $seq; open IN,"$ARGV[0]" or die "Can't open fasta file!"; local $/ = ">"; <IN>;##第一个">"过掉 while (<I
perl代码实现DNA翻译蛋白序列
ncyujijian的博客
07-21 1123
#!/usr/bin/perl ##本代码用于逐条翻译fasta序列至蛋白序列，指定了起始密码子和终止密码子 use strict; use warnings; my %hash; my $id; my $seq; open FA,"$ARGV[0]" or die "Can't open fasta file!"; while (<FA>) { chomp; if (/^>(\S+)/) { $id = $1; }else{ $seq = $_; $hash{$id}
perl程序实现对fasta序列反向互补
ncyujijian的博客
07-27 1050
#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; open IN,"$ARGV[0]" or die "Can't open fasta file!"; while (<IN>) { chomp; if (/>\S+/) { my $id = $_; print "$id\n"; }else{ my $seq = $_; my $rseq = rev_and_com($seq); print "$rseq"; } } su
fasta转换为fastq
最新发布
06-11
将 fasta 格式转换为 fastq 格式可以使用一些工具，比如 seqtk，具体操作步骤如下： 1. 安装 seqtk 工具 ``` git clone https://github.com/lh3/seqtk.git cd seqtk make ``` 2. 将 fasta 文件转换为 fastq 文件 ``` ./seqtk seq -a input.fasta > output.fastq ``` 这个命令将会将 input.fasta 转换为 output.fastq。如果你需要将质量信息设置为默认值，可以使用 `-q` 参数： ``` ./seqtk seq -a -q input.fasta > output.fastq ``` 这样就可以将 fasta 文件转换为 fastq 文件了。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值