FASTQ转换FASTA,QUAL格式最快方式

最新推荐文章于 2024-05-24 10:05:25 发布

wangyiqi806643897

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文章标签： python 数据挖掘

刚学到的，用python 2行命令就搞定了，下载python和biopython，输入以下代码运行

from Bio import SeqIO

SeqIO.convert("example.fastq", "fastq", "example.fasta", "fasta")

SeqIO.convert("example.fastq", "fastq", "example.qual", "qual")

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使用C语言快速统计fastq文件q20、q30、GC含量

qq_23435961的博客

01-15

2694

快速统计fastq文件q20、q30、GC含量二代测序的分析过程中，经常需要统计原始下机数据的数据量，看数据量是否符合要求；另外还需要统计q20,q30,GC含量等反应测序质量的指标；在kseq.h 的基础上稍加改造，就可以实现从fastq 文件中统计这些指标的功能，而且速度非常的快 kseq.h下载地址： fastq_stat.c文件内容 #include <zlib.h> #include <stdio.h> #include <string.h> #i

Fastq2VCF传统流程

07-15

1355

1.序列QC：去除低质量reads，和连续的低质量片段，去掉接头序列。QC统计reads数量及测序质量。 2.Mapping：由于bwa能准确，快速的将短序列比对到基因组上，而且软件持续更新和说明文档完备，是外显子捕获测序的首选。 3.Sam到bam转换： Samtools ...

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10-12

588

#! /usr/bin/perl use strict; use warnings; use List::Util qw(sum min max); use Getopt::Long; use File::Basename; # Parameter variables my $file; my $helpAsked; my $outFile = ""; GetOptions( "i=s" => \$file, "h|help" => \$helpAsked, "o|out

fastq文件转化成fasta格式文件

dieshuli2209的博客

11-16

1740

方法1 awk'{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}'fastq>fasta 方法2： awk'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}'fastq >...

fastq-to-fasta转换及fasta拆分、合并

anyi6536的博客

03-13

1672

格式转换： use awk :awk 'BEGIN{P=1}{if(P==1||P==2){gsub(/^[@]/,">");print}; if(P==4)P=0; P++}' input.fastq > output.fasta FASTA文件拆分： 1. 从a.fasta中提取第10至第20个序列存到b.fasta中 - awk -v RS='>' 'N...

fastq和fasta格式转化

Curry_chenhu的博客

04-18

4142

fastq >> fasta seqtk # 安装 conda install seqtk # 运行 seqtk seq -A input_file.fastq > output_file.fasta fasta >> fastq fasta_to_fastq.pl # 下载 wget https://storage.googleapis.com/google-code-archive-downloads/v2/code.google.com/fasta-to-fastq/

科研工作日志-2020年7月5日：fastq转化为fasta以及Linux进程查看和杀死

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07-05

871

1. fastq转化为fasta 1.1 工具一软件Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta -i ../$f -o $i.fasta -Q 33 缺点: 一个样本要2h左右，太慢。 1.2 工具二软件seqkit seqkit fq2fa ../$f -o $i.fasta -j 18 优点：一个样本20m左右，很快。 2. Linux杀死多个进程 2.1 方法一进行名为fastq_to_fasta pki

perl代码实现fastq转fasta

ncyujijian的博客

08-04

574

#!/usr/bin/perl use strict; use warnings; my $id; my $seq; open IN,"$ARGV[0]" or die $!; while (<IN>) { chomp; $id = $_; $seq = <IN>; my $add = <IN>; my $qual = <IN>; print ">$id\n$seq\n"; } close IN;

格式转换：请将提供的demo.fastq格式文件中的序列转换为fasta文件格式输出.

最新发布

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将FastQ格式文件转换为FASTA格式文件通常涉及到读取原始文件并提取DNA/RNA序列信息，然后将其格式调整为FASTA的标准格式。这里是一个简单的Python示例，使用Biopython库来完成这个任务： ```python from Bio import...

linux提取fasta文件的id,FASTA序列文件处理一网打尽

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如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件

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如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件

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2642

第一行以符号“@”起始，对应于序列ID和相应的描述信息；第二行为实际测得的碱基序列；第三行以符号“+”起始；而第四行的字符串则记录了第二行序列中，每个碱基所对应的测序质量。

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xuzhougeng blog

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997

我这次学习C语言的目的非常单纯，就是尝试将C语言应用在日常的分析任务重，解决实际问题。既然如此，那么第一课就不是打印"hello world!" 了，毕竟说了那么多次世界你好，依旧写不好代码。我们第一课直接就来处理一个实际的小需求，读取FASTQ，将其转成一个FASTA。处理这个问题和把大象放进冰箱里一样，都是分为三步，读取数据，处理数据，输出数据。其中第一步和第三步都是和文件打...

seqkit——fastq/fasta快速处理

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04-24

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本文来自：https://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/ seqkit SeqKit -- a cross-platform and ultrafast toolkit for FASTA/Q file manipulation Version: 0.9.1 Author: Wei Shen <shenwei356@gmail.com> Doc...

如何用 bash 命令将 fastq 转换为 fasta 格式文件？

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12-26

1651

能点进来看的都是同行，文件格式就不多说了，直接上命令行 grep '^@' -A1 file.fastq | grep -v -- '--' | awk '{print $1}' | sed -e 's/@/>/' > file.fa 上面的命令在 fasta 文件的 id 行里只保留了序列 id。如果想在 fasta 文件的 id 行里保留其他信息，可以去掉 awk '{print...

生信必会格式：Fasta & Fastq 简介及转换

生信学习

11-20

2万+

FASTA和FASTQ文件，其实还是文本文件，用于存储序列信息。平时为了存储方便，节省空间，所以变成了GZ的压缩文件（二进制文件，不能直接用head、less等命令直接查看）。之前没有好好记笔记，现在补上😑。

生物信息数据格式：fastq格式