GenVisR绘制瀑布图/突变图谱

一 R包的下载

下载地址：http://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/GenVisR.html

学习过程中参考的两篇文章（感谢）：

https://www.jianshu.com/p/726310b02a56

http://www.jintiankansha.me/t/PyrlMUw0di

我下载的是R3.5.3-64，只要R3.3.0以上即可。然后打开R，运行下面两步：

都是在windows上面操作的，linux画图还得弄交互器，不然展示不方便。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("GenVisR") ####需要很长时间，耐心等待。

然后他可能会提示：Update all/some/none? [a/s/n]: 输入a即可（全部更新）

然后调用一下，安装成功！

library(GenVisR)

二 瀑布图的绘制

输入的文件是一个表格，包含了总共23个样品的突变信息，MGI格式，如下：

其中必须用到的只有三列，即，样品名称，基因名，aa突变位点类别。

读取文件（指定1,2,8,12,13这几列）：

第一列，样品名；第二列，染色体名；第八列，基因名；12列，突变区域；13列，aa突变情况。

mutation_data=read.table(file="E:/liufei/R/total_sample_plot", header=TRUE, sep="\t")

mutation=mutation_data[,c(1,2,8,12,13)]

设定列名：

colnames(mutation)[c(1,2,3,4,5)]=c("sample","chr","gene_name","trv_type","amino.acid.change")

画图：

这里必须要加fileType="MGI"，否则R会认为输入是一个MAF格式（默认），导致无法绘图。

铛当当当~画出来啦~

waterfall(mutation, fileType="MGI")

我们再来把图形充实一下：

列出X轴（mainXlabel=TRUE，默认是FALSE）：

waterfall(mutation, fileType="MGI", mainXlabel=T