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RSS订阅原创 【程序分享2】LAMMPS + OVITO + 晶体缺陷识别 + 点缺陷 + 分子动力学模拟
对系统中的每个原子进行后处理，这大大降低了存储需求。通过适当选择参考晶格，可以从输出中消除。——一类是计算型，一类是转储型——旨在。”——取自文章摘要。
2024-04-26 21:01:22
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原创 【程序分享1】LAMMPS + OVITO + 晶体缺陷识别 + 点缺陷 + 分子动力学模拟
的分析起着关键作用。对于面心立方（fcc）金属，大多数现有的结构分析工具允许直接区分。提供现成的Python脚本【http://ovito.org】。”——取自文章摘要。它使用现有的结构分析算法并结合其结果来。通过与原子邻域中的缺陷进行迭代比较，文章题目、文章链接、附件下载）为广泛使用的可视化工具。
2024-04-26 21:00:00
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原创 【程序分享】CMS：图神经网络 + 形状记忆合金 + 马氏体变体 + 识别方法
目前的工作成果预计将加快 SMA 及相关材料的原子研究步伐。”——取自文章摘要。通过对训练数据集中未出现的情况的应用，例如。
2024-04-24 23:19:36
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原创 【程序分享】SPaMD studio 程序：（VASP + LAMMPS） 原子建模、模拟、分析和可视化的集成平台
这为其在目标原子模拟中的潜在应用提供了指导和信心。”——取自文章摘要。此外，定制建模系统通过全面的工作流程实现选择和操作的。为了便于处理和模拟，为SPaMD设计了一个。（如纳米结构、位错和裂纹模型）以及。为了展示该平台的效率和功能，模块化建模系统提供了。
2024-04-23 22:53:17
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原创 【文献分享】Materials Today Physics： 富氢化合物 + 超导电性 + 第一性原理 + 分子动力学
特别是 CaThBeH（5 GPa 下为 124 K）、ThLaBeH（10 GPa 下为 134 K）、LaAcBeH（20 GPa 下为 135 K）和 AcLaBeH（20 GPa 下为 153 K） 20 GPa）在温和压力下表现出。的有希望的候选者而受到广泛关注，然而，稳定此类材料所需的高压阻碍了它们的广泛实际应用。，这些四元氢化物在实验可接受的压力范围（50 GPa 以上）内保持。，并将进一步推动相关探索。”——取自文章摘要。在 20 GPa 下动态稳定的。，我们通过首先研究了。
2024-04-22 23:49:10
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原创 【程序分享】AADIS 程序：位错特征和分布的原子分析平台
该程序已经实现了位移矢量分析（DVA）、原子应变张量分析（STA）、微分位移分析（DDA）、滑移矢量分析（SVA）、面间失配分析（IDA）和奈张量分析（ NTA）。在这些功能中，该程序的一个具体实现包括扩展。表征双晶界面处的错配位错。自动功能为批量原子配置的特定原子分析提供了高通量解决方案。: 表征和可视化用于分子动力学 (MD) 模拟的原子构型中的位错，（文章题目、文章链接、附件下载）”——取自文章摘要。
2024-04-22 23:47:12
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原创 【文献分享】机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理 + 电导率 + 微观结构
包含混合Si和P玻璃形成体的玻璃态SEs (GSEs)因其合成工艺和防止锂枝晶生长的能力而特别有前途。，为3.6 mS/cm。三元玻璃的电导率为2.6毫秒/厘米，介于两者之间。,专为硫化锂基GSEs量身定制，能够探索它们的结构特征，机械性能和锂离子电导率。，为2.1 mS/cm，而75 li2s–25p2s 5组合物显示出。我们的发现揭示了这些玻璃中Si和P的。，在三元Li2S–sis 2–p2s 5组成中混合了角。本研究中开发的ML-FF为探索广谱固态和混合前。与DFT和实验工作相比，我们的模拟在。
2024-04-17 19:51:20
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原创 【程序分享】PyProcar 程序：用于电子结构预处理/后处理的 Python 库
具有为 ak − 网格中的每个 k 点和每个带评估的特定属性的文件可用于投影其他属性，例如。在费米面的情况下，该软件包能够根据其他属性（例如电子速度或自旋投影）绘制带有。另一个现有特征是指将超胞计算带展开为预定义的单位胞。”——取自文章摘要。这可以在任何电子结构代码之上执行，只要波段和投影信息以。计算中为布里渊区和能带中的每个 k 点获得的。这个包特别适合将原子效应理解为。
2024-04-17 12:08:27
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原创 【文献分享】PCCP：机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理 + 热学性质 + 微观结构
在纳米空间尺度和纳秒时间尺度上实现了不同配方的DP在熔融Flibe + LaF 3上的。无法捕捉非均质熔盐的精确局部结构和可靠的热物理性质。，系统研究了多种熔融Flibe + x LaF的。如图3所示，研究了这些性质与LaF 3浓度之间的。，从而降低熔盐反应堆的运行效率和安全性。“镧系裂变产物的积累可能会改变核燃料载体盐。”——取自文章摘要。
2024-04-17 12:06:42
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原创 【程序分享】bopcalc 程序：一种评估分子动力学模拟中键序参数的高效方法（二）
我们的方法利用球谐函数和 Wigner 符号的特性来减少 BOP 表达式中的项数，并采用归一化关联勒让德多项式和三角函数的同时插值来显着减少算术运算的总数。使用真实的测试用例，我们展示了上述方法与 CPU 缓存友好的数据结构相结合，如何使当前使用的方法性能。，具体取决于插值网格的大小和使用的机器. 由于所提出的方法是一种近似方法，因此我们证明它引入的错误是良好的、可控的并且对于实际网格大小基本上可以忽略不计。”——取自文章摘要。“ 我们提出了一种新颖、高效的方法来评估。
2024-04-16 19:14:26
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原创 【文献分享】PHYSICAL REVIEW B ：超导 + 间隙电子 + 拓扑结构 + 电子化合物超导体
这种机制在 Pm-3m Li8H4 中得到了突出的体现，其 Tc 为 40.3 K，其中的锂原子表现出压缩和拉伸振动，诱发了 IAE 的二聚化和最强的局部 EPC 相互作用。我们应用第一原理结构搜索计算预测了新的高压锂-砷化物，如 P6/mmm LixAs（x=5 和 8）、具有 Cmc21 和 C2/c 对称性的 Li6As 以及 C2/mLi10X（X=As 和 Sb），它们与已知的 C2/mLi10Te 化合物一起呈现出有利的特性（即。具有不同的形态和浓度，可诱发有趣的物理和化学特性。
2024-04-16 19:11:55
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原创 【文献分享】Journal of Physical Chemistry C ：通过更好的实践提高机器学习原子间势的质量和可靠性
我们还建议有用的绘图实践和分析，以验证和增强对已部署模型的信心。最后，我们提供了一份分步清单，供从业人员在发布之前直接使用，以标准化要报告的信息。总的来说，我们希望我们的工作能够鼓励。，这将加速它们在材料科学、化学和生物学等各个学科中产生积极影响的能力。”——取自文章摘要。的最新发展甚至使非机器学习专家也能够训练 MLIP 以。，阻碍了 MLIP 结果的。在本视角中，我们的目标是。
2024-04-15 19:31:48
312
原创 【程序分享】AACSD 程序: 用于晶体结构和缺陷的原子分析平台
该程序不仅实现了多余势能（EPE）、中心对称参数（CSP）、公共邻域分析（CNA）、公共邻域参数（CNP）、键角分析（BAA）等传统过滤方法，和邻居距离分析（NDA），以及新开发的包括修正的中心对称参数（m-CSP）、取向成像图（OIM）和局部晶体取向（LCO）。，每个相都可以独立分析，这提供了一种独特的途径来实时捕捉各种缺陷的动态演变。在本文中，我们不仅全面概述了各种理论方法及其在 AACSD 程序中的实施，还提供了一些批判性评估、特定测试和应用，展示了该程序在每个功能上的能力。”——取自文章摘要。
2024-04-15 19:26:41
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原创 【程序分享】bopcalc 程序：一种评估分子动力学模拟中键序参数的高效方法（二）
我们的方法利用球谐函数和 Wigner 符号的特性来减少 BOP 表达式中的项数，并采用归一化关联勒让德多项式和三角函数的同时插值来显着减少算术运算的总数。使用真实的测试用例，我们展示了上述方法与 CPU 缓存友好的数据结构相结合，如何使当前使用的方法性能。，具体取决于插值网格的大小和使用的机器. 由于所提出的方法是一种近似方法，因此我们证明它引入的错误是良好的、可控的并且对于实际网格大小基本上可以忽略不计。”——取自文章摘要。“ 我们提出了一种新颖、高效的方法来评估。
2024-04-13 11:48:36
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原创 【程序分享】MD2D 程序：用于从分子动力学模拟中准确测定扩散系数的 python 模块
我们的研究表明，弹道阶段可以被清晰地识别和排除，从而提高自扩散系数计算的准确性和效率。通过对不同时间间隔计算的扩散系数进行集合平均，可以方便地获得正确的自扩散系数及其不确定性。同时，该模块还能计算粘度，将 MD 导出的自扩散系数修正到热力学极限。”——取自文章摘要。“通过将均方位移（MSD）拟合到爱因斯坦关系中，可以从分子动力学（MD）模拟中推导出自扩散系数。，需要对其进行估算。我们提出了一个 python 模块，以方便根据爱因斯坦关系准确确定。
2024-04-13 11:47:09
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原创 Helical Content Correlations and Hydration Structures of the Folding Ensemble of the B Domain of Pro
题目：Helical Content Correlations and Hydration Structures of the Folding Ensemble of the B Domain of Protein A。
2024-04-12 20:11:37
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原创 TPMD 程序：利用分子动力学轨迹研究速率过程并进行温度编程分子动力学计算的工具包
此外，该工具包可以使用程序升温 MD (TPMD) 方法研究罕见的动力学。讨论了用两个原型系统获得的结果，即 LiFePO 4 中的Ag 三聚体扩散和 Li 扩散，以说明该工具包的应用。”——取自文章摘要。中的状态到状态转换所需的一组基本组件。该工具包可用于 (a) 确定系统的长期状态，(b) 通过列出参与跃迁的原子确定从一种状态跃迁到另一种状态的机制，以及 (c) 计算与。“ 以工具包的形式提供了分析。的动力学参数过程，例如，
2024-04-12 20:07:37
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原创 【文献分享】机器学习 + 分子动力学（LAMMPS 输入文件）+ 第一性原理 + 热学性质 + 动力学性质
目前还没有可用的实验数据。由此，我们通过报告熔融 LiCl-KCl 系统中众所周知的 Chemla 效应来验证 NNP。我们进一步利用 NNP 通过固液共存模拟来预测 LiCl-KCl 系统的相图。反应堆和聚光太阳能的熔盐可能具有挑战性。根据本文报告的结果，NNP 表现出显着的准确性，NNP 的可靠性得益于严格的训练数据获取方法，其中涵盖了纯。据观察，NNP 合理地再现了熔融 LiCl/KCl 盐在。此外，NNP 用于计算熔融 LiCl-KCl 盐的。“由于实验数据有限，优化。”——取自文章摘要。
2024-04-11 16:15:16
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原创 【文献分享】Crystal-to-glass transition in multicomponent alloys under high strain rates
Crystal-to-glass transition in multicomponent alloys under high strain rates
2024-04-10 17:10:12
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原创 【文献分享】分子动力学模拟 + LAMMPS + 熔化温度 + 晶体缺陷 + 熔化方法
这些文献主要聚焦单相方法、过热–过冷方法、Z方法、修正Z方法、孔洞方法、修正孔洞方法、两相方法、夹层方法以及修正两相方法的准确性和高效性展开了系统比较。将上述熔化模型归为完美晶体、缺陷晶体以及固–液界面三类。
2024-04-10 17:07:42
960
原创 【文献分享】Capturing Weak Interactions in Surface Adsorbate Systems at Coupled Cluster Accuracy
在这里，我们的目标是展示图论方法在分子分裂方面的实用性，该方法可以准确地捕获关键的“弱”相互作用，同时保持对支撑扩展系统物理的长程周期性相互作用的有效从头开始处理。为了进一步提高我们的图论碎片方法的计算效率，我们使用最近开发的转移学习协议从一系列神经网络构建完整的系统势能，每个神经网络都旨在准确地模拟单个单纯形的行为。这些模型用于推断 PFOA 水界面分子动力学轨迹的能量，与常规的基于分子碎片的动力学计算相比，成本不到十分之一，并且与全系统势能的偶簇水平高度一致。
2024-04-09 14:55:06
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原创 【文献分享】ESPDHot 程序：一种基于机器学习的有效预测蛋白质-DNA 相互作用热点的方法
对于分子特征，除了传统的特征外，我们引入了三种新的特征类型，包括我们提出的残基界面偏好、残基波动动力学特征和协同进化特征。最后，构建一个堆叠分类器来输出预测结果，该分类器集成了三种经典预测器，支持向量机（SVM）、XGBoost和人工神经网络（ANN）作为第一层，逻辑回归（LR）算法作为第二层。值得注意的是，ESPDHot 的性能优于当前最先进的预测器，在独立测试数据集上实现了优异的性能，F1、MCC 和 AUC 分别达到 0.571、0.516 和 0.870。
2024-04-09 14:49:13
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原创 【文献分享】机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理 + 微观结构 + 热力学性质（密度、热容、热导率和粘度）
这两种氯化物的密度、径向分布函数、配位数、势均力、比热容、粘度和热导率在更大尺寸（5.2 nm）和更长时间尺度（5 ns）的 DPMD 的作用下，成功地再现了它们在。结论是，熔融 MK 的比热容较高是由于 Mg-Cl 键的势均力较强，而熔融 MN 的热传导性能较好是由于 Mg 和 Cl 离子之间的相互作用较弱，验证了这两种深电位在温度上的延伸性，这些 DPMD 结果还为其他配制的 MN 和 MK 盐的模拟提供了详细的技术参数。”——取自文章摘要。创新的是熔融 MN 和 MK 的。密度、热容、热导率和粘度。
2024-04-09 14:42:19
595
原创 【文献分享】Superconductivity in Li8Hn electrides: The effect of interstitialanionic electrons on electro
题目：Superconductivity in Li8Hn electrides: The effect of interstitial anionic electrons on electron-phonon coupling。
2024-04-08 07:49:14
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原创 SMATool 程序：VASP + QE + 零温 + 有限温度 + 拉伸、剪切、双轴、维氏硬度的计算
SMATool -- 材料强度分析工具包（Strength of Materials Analysis Toolkit）是一个综合计算软件包，用于评估材料在零温（使用密度泛函理论）和有限温度（使用非线性分子动力学）下的拉伸、剪切、双轴和压痕强度（维氏硬度）。SMATool 集成了先进的算法，并利用 VASP 和 QE 等成熟的电子结构代码作为应力计算器，为分析一维、二维和三维材料的强度提供了一个强大的平台。研究是材料科学和工程学的基石，对材料在不同工业领域的进步和应用起着至关重要的作用。
2024-04-08 07:45:01
696
原创 【文献分】Development of an implicit high-order Flux Reconstruction solver for high-speed flows on simple
题目：Development of an implicit high-order Flux Reconstruction solver for high-speed flows on simplex elements。
2024-04-07 15:29:37
137
原创 【文献分享】XLB: A differentiable massively parallel lattice Boltzmann library inPython
题目：XLB: A differentiable massively parallel lattice Boltzmann library in。链接：https://github.com/Autodesk/XLB.
2024-04-07 15:26:58
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原创 【文献分享】机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理 + 热力学性质 + 微观结构
机器学习分子动力学将为下一代太阳能发电厂和热能存储系统的设计提供可行的多元熔盐勘探方法。”——取自文章摘要。“NaCl–MgCl2 –CaCl2 共晶三元氯化物盐是用于高温热能存储的潜在传热和存储材料。氯离子与阳离子的缔合强度顺序为Mg2+ > Ca2+ > Na+，模拟来预测 NaCl-MgCl2-CaCl2 三元盐的。开发三元氯化物盐的原子间势。
2024-04-05 11:20:53
734
原创 【文献分享】使用从头计算神经网络势的碳化硅分子动力学研究：成分和温度对结晶行为的影响
我们的结果表明，随着碳含量的增加，系统通过组织短程和中程有序来经历结晶，其中结晶的临界碳分数随着温度的增加而增加。通过分析配对相关函数、配位数、四面体有序参数、SiC四面体分数、Si无序分数和过剩熵来表征Si 1–的自扩散率，以了解结晶引起的结构变化如何影响扩散动力学。随着碳含量的增加和温度的降低，Si 1–通过分子动力学计算机模拟和基于从头计算的神经网络势研究碳化硅(Si 1–x ) 的结构和扩散动力学，探索成分和温度对结晶行为的影响。的扩散动力学变得更慢，随着结晶的开始，扩散动力学显着减慢。
2024-04-05 11:09:13
330
原创 【文献分享】ALKEMIE：加速材料发现和设计的智能计算平台
通过传统的试错方式开发具有目标特性的新材料成本效率低下，有时最终徒劳无功，因此，模拟驱动的材料设计在过去几十年中发挥了重要作用。然而，数据驱动材料科学时代的到来需要一个智能计算平台来加速先进材料的发现和设计。在这里，我们展示了一个名为 ALKEMIE 的开源计算平台，它是人工学习和知识增强材料信息工程的首字母缩写词，它使广泛的社区能够轻松访问数据驱动技术。ALKEMIE 与三个关键组件相结合，用于即将到来的数据驱动科学的材料计算设计：通过高通量计算生成数据，通过机器学习模型进行数据管理和数据挖掘。
2024-04-05 11:05:01
335
原创 【文献分享】MolProphet: A One-Stop, General Purpose, and AI-Based Platform for the Early Stages of Drug
题目：MolProphet: A One-Stop, General Purpose, and AI-Based Platform for the Early Stages of Drug Discovery。
2024-04-04 10:14:18
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原创 【文献分享】Can ProteinStructurePredictionMethodsCaptureAlternativeConformationsof MembraneTransporters?
题目：Can ProteinStructurePredictionMethodsCaptureAlternativeConformationsof MembraneTransporters?
2024-04-04 10:10:33
146
原创 【文献分享】viewSq 程序 ：可视化分子动力学（VMD）模块 + 分析 X 射线和中子结构因子
以及它们的各种正面和负面成分。viewSq还将按原子对原子的贡献进行排名以及正负分量，并使用VMD交互式地可视化这些原子。另一个功能是对用户选择的中心原子的截止距离内的原子执行相同的排名，从而使原子彼此之间做出的基本贡献得以量化并进行交互可视化。viewSq的功能通过使用一盒水的MD模拟中的单个帧来说明。”——取自文章摘要。此外，viewSq绘图是距离的函数用于变换的。和用户选择的任何原子选择的。源自计算机仿真轨迹，以及。“viewSq是一个。
2024-04-03 17:00:34
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原创 【文献分享】pyCOFBuilder：基于网状方法自动创建共价有机框架模型的 Python 包
为了应对这一挑战，我们在这里引入了 pyCOFBuilder，这是一个开源 Python 包，旨在促进生成用于计算研究的 COF 结构。在本文中，我们描述了 pyCOFBuilder 的实现、主要特性和功能，展示了其生成具有不同拓扑和化学性质的 COF 结构的实用性。近年来，共价有机框架 (COF) 因其提供高表面积和可定制的孔几何形状和化学性质的独特能力而受到广泛欢迎，使其成为各种应用的理想选择。然而，由于 COF 具有大量的潜在结构，因此通过实验探索 COF 可能是艰巨且耗时的。
2024-04-03 14:46:39
345
原创 【文献分享】溶剂化结构和热力学映射（SSTMap）：一种用于分析分子动力学轨迹中的水的开源灵活软件包
该软件包引入了自动分析和本地化挫折和改善水结构的措施的地图。热力学计算基于不均匀流体溶解理论（IST），该理论使用基于站点的方法和基于网格的方法来实现。该软件包还通过使用现有的跨平台工具来解析MD参数和轨迹文件，将溶剂化分析计算的适用性扩展到了多个分子动力学（MD）模拟程序。SSTMap用Python实现，同时包含命令行工具和Python模块，以提高设置计算的灵活性以及自动生成涉及多种溶质分析的大型数据集。分子建模界将使用此工具对生物物理感兴趣的问题（例如配体结合和蛋白质功能）中的水进行计算分析。
2024-04-03 14:41:52
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原创 【文献分享】机器学习 + 分子动力学 + 第一性原理计算 + P-T 相图
基于 SGP 的 MD 模拟还成功预测，B13 缺陷对于将 β-B 稳定在 700 K 以下至关重要。，使 β-B 成为比 α-B 更稳定的相。这表明，基于仅由无缺陷系统组成的训练集的 SGP 势可以对。相关的现象做出正确的预测，为研究晶相稳定性和转变铺平道路。”——取自文章摘要。（即 α-B、β-B 和 γ-B）的热力学相稳定性。的数据集训练的 SGP 势可实现。的贝叶斯原子间势研究了三种元素。
2024-04-02 18:14:33
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原创 【文献分享】ExMS2：氢-氘交换质谱数据分析的集成解决方案
需要复杂的计算机分析来扫描大量的MS输出，以查找，识别和验证许多部分氘代的肽，引发HDX信息并将结果扩展到更高的结构分辨率。我们以前提供了两个软件套件，即ExMS，用于识别和分析HDX MS原始数据中的肽同位素包膜，以及HDsite，用于残留物水平的分离。进一步的经验导致这两个程序的可用性和性能都有所提高。此外，新添加的模块可处理ETD / ECD分析，多峰质谱分析和显示选项。该软件包已经在许多精细的表位作图，蛋白质折叠研究以及解剖大型蛋白质复合物的结构和结构变化中被许多工人成功地进行了测试。
2024-04-02 18:12:00
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