SMR（Summary-data-based Mendelian Randomization）使用记录

①GWAS summary data普通txt格式转换为besd文件。（SMR | Yang Lab）

smr --eqtl-flist my.flist --make-besd --out mybesd

my.flist内容为

 

 

②合并多个besd文件（尤其已有按照染色体分开的besd）

./smr_v1.3.1_linux_x86_64_static --besd-flist my_file.list --make-besd --out ./LBC_BSGS_meta/my_sparse  

my_file.list内容为

path1/my_besd1 #my_besd1代表单个的besd文件，path为它的路径

path2/my_besd2

path3/my_besd3

③#eqtl 获取某些基因的相关数据
./smr_v1.3.1_linux_x86_64_static --beqtl-summary ./cis-eQTL/cis-eQTLs-full_eQTLGen_AF_incl_nr_formatted_20191212.new.txt_besd-dense --genes gene.list --cis-wind 1000 --query 5.0e-8 --out ./Brain-eMeta/cis-eqtl   #输出为gene对应的SNP

./smr_v1.3.1_linux_x86_64_static --beqtl-summary ./cis-eQTL/cis-eQTLs-full_eQTLGen_AF_incl_nr_formatted_20191212.new.txt_besd-dense --genes gene.list --make-besd  --cis-wind 1000 --out ./qtl/cis-eqtl  #输出为gene所对应的besd文件
gene.list里面的内容需要根据cis-eQTL/cis-eQTLs-full_eQTLGen_AF_incl_nr_formatted_20191212.new.txt_besd-dense.epi第5列的类型确定，是基因名或者ENSG名，或者其他的表达方式。