GWASinspector简单教程

在进行GWAS meta分析前，对GWAS summary data数据进行QC非常重要，最近文章提出了一个pipeline可以进行相关的操作：GWASinspector（文章连接：GWASinspector: comprehensive quality control of genome-wide association study results | Bioinformatics | Oxford Academic；包的连接：http://gwasinspector.com/.；包的manual：https://cran.r-project.org/web/packages/GWASinspector/GWASinspector.pdf）。操作还是非常简单的。

1.安装包，官网介绍上非常详细了。

install.packages('GWASinspector')#这里需要检测一下是否包所依赖的其他包是否安装成功。

2.reference panel 官网上也提供了好几个版本（https://gwasinspector.com/#download）

安装自己需要下载就行。

3.Eeffect size reference panel 需要根据自己的需要进行准备：一般是选用GWAS catalog 网站上以前已表的GWAS数据（这个文件不是必须的，不准备也可以）。

4.准备config.ini文件。这个要根据需要对里面的内容进行修改。

setwd('H:\\Fatty_acids\\Taurine\\GWASinspector_1.7.1\\')
library(GWASinspector)
get_headerTranslation("./reference/")
job <- setup_inspector("./config.ini")
job <- run_inspector(job)