pleioFDR 分析记录

onlooker_zsq

已于 2023-06-02 22:47:10 修改

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文章标签： python 开发语言

于 2023-05-29 21:18:58 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/onlookerq/article/details/130936777

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setp1：环境搭建参照：GitHub - precimed/pleiofdr: Pleiotropy-informed conditional and conjunctional false discovery ratestep2: 输入文件参照：GitHub - precimed/python_convert: A collection of various utilities for GWAS summary statistics

python ./python_convert/sumstats.py csv --auto --sumstats ./python_convert/traitfolder/life_pleio.txt.gz  --n-val 1012240 --out ./python_convert/traitfolder/ssgac.edu.csv --force
python ./python_convert/sumstats.py csv --auto --sumstats ./python_convert/traitfolder/AD_pleio.txt.gz  --n-val 455258 --out ./python_convert/traitfolder/ssgac.swb.csv --force

python ./python_convert/sumstats.py zscore --sumstats ./python_convert/traitfolder/ssgac.edu.csv --out ./python_convert/traitfolder/ssgac.life.csv
python ./python_convert/sumstats.py zscore --sumstats ./python_convert/traitfolder/ssgac.swb.csv --out ./python_convert/traitfolder/ssgac.AD.csv

python ./python_convert/sumstats.py mat --sumstats ./python_convert/traitfolder/ssgac.life.csv --ref 9545380.ref --out ./python_convert/traitfolder/ssgac.edu.mat
python ./python_convert/sumstats.py mat --sumstats ./python_convert/traitfolder/ssgac.AD.csv --ref 9545380.ref --out ./python_convert/traitfolder/ssgac.swb.mat

step3 运行：最好将准备好的文件放入pleioFDR文件夹下

cp config_default.txt config.txt

打开config_default.txt中randprune_n 改变为500，还有conjFDR值，还可以改变为conFDR模型，两者的区别见 Improved detection of common variants associated with schizophrenia and bipolar disorder using pleiotropy-informed conditional false discovery rate. 这篇文献讲的比较清楚。

matlab -nodisplay -nosplash < runme.m

因为运行时间过久，最好 nohup 挂后台运行，过段时间 fg %1 ，将后台命令提到前台运行，以防止时间过久。

结果转换：

result.mat 转化为csv格式：python_convert 中的fdrmat2csv.py 脚本

python fdrmat2csv.py --mat ./../results/result.mat --ref ./../9545380.ref --out ./../results/result.csv

详细请见：GitHub - precimed/python_convert: A collection of various utilities for GWAS summary statisticsd

但是网页上--ref 已弃用，所有选用9545380.ref

FUMA-defined loci：

sumstats.py clump脚本

python sumstats.py clump \
	--clump-field FDR \
	--force  \
	--plink ./../../plink/plink \
	--sumstats ./../results/result.csv \
	--bfile-chr ./ref_1kG_phase3_EUR/chr@ \
	--exclude-ranges ['6:25119106-33854733', '8:7200000-12500000'] \
	--clump-p1 0.05 \
	--out ./../results/result.clump