CMplot绘制Manhattan图

onlooker_zsq

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于 2023-06-03 16:46:49 首次发布

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###############################LDSC相关性热图
setwd('H:\\Puberty_SEM\\Tables and Figure')
library(ggcorrplot)
content <- read.table(file="LDSC.txt",sep="\t",header=TRUE,
                      row.names=1,check.names=FALSE)
ggcorrplot(content,
           hc.order = TRUE,
           type = "upper",
           show.diag = TRUE,
           lab = TRUE,
           colors = c("#6D9EC1", "white", "#E46726"),
           outline.color = "white",
           ggtheme = ggplot2::theme_gray)
#############################TWAS曼哈顿图
setwd('H:\\Puberty_SEM\\Tables and Figure')
library('CMplot')
library(dplyr)
TWAS = read.table('TWAS.txt',header = T,sep = '\t')
head(TWAS)
TWAS_1 = select(TWAS,c('ID','CHR','P0','TWAS.P'))
TWAS_1 <- TWAS_1 %>% distinct(ID,.keep_all = TRUE)
a<-c("ENSG00000107077.18",
     "ENSG00000116678.19",
     'ENSG00000163104.17',
     'ENSG00000112237.12',
     'ENSG00000143727.15')
CMplot(TWAS_1, plot.type="m", LOG10=TRUE, ylim=c(0,50), threshold=1.48e-6,threshold.lty=c(1,2),
       threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"), amplify=TRUE,bin.size=1e7,
       chr.den.col=c("gray", "yellow", "darkgreen"),signal.col=c("blue","green"),signal.cex=c(1,1),
       signal.pch=c(19,19),file="pdf",file.name="",dpi=500,file.output=TRUE,verbose=TRUE,
       highlight=a,highlight.text=a,highlight.cex =1.5,highlight.text.cex=0.9,highlight.text.font=1.5,
       width=16,height=6,main= "Cancer of TWAS",main.cex=1.2,main.font=2.5)
#############################PWAS曼哈顿图
setwd('H:\\Puberty_SEM\\Tables and Figure')
library('CMplot')
library(dplyr)
PWAS = read.table('PWAS.txt',header = T,sep = '\t')
PWAS_1 <- PWAS %>% distinct(ID,.keep_all = TRUE)
a<-c('ACP1',
     'DLK1', 
      'HPGDS', 
      'PCSK1',
      'RMDN1',
      'TIE1')
CMplot(PWAS_1, plot.type="m", LOG10=TRUE, ylim=c(0,20), threshold=6.01e-5,threshold.lty=c(1,2),
       threshold.lwd=c(1,1), threshold.col=c("black","grey"), amplify=TRUE,bin.size=1e7,
       chr.den.col=c("gray", "yellow", "darkgreen"),signal.col=c("blue","green"),signal.cex=c(1,1),
       signal.pch=c(19,19),file="pdf",file.name="",dpi=500,file.output=TRUE,verbose=TRUE,
       highlight=a,highlight.text=a,highlight.cex =1.5,highlight.text.cex=0.9,highlight.text.font=1.5,
       width=16,height=6,main= "PWAS",main.cex=1.2,main.font=2.5)

Pmap : 一个数据帧，至少有四列。第一列是SNP的名称，第二列是SNP的染色体，第三列是SNP的位置，其余列是每个性状的P值(注：每种特征一列）。

col : 一个向量或一个矩阵，如果“col”是一个向量，每个圆使用相同的颜色，这意味着同一条染色体被涂成相同的颜色，颜色是不固定的，可以使用一种、两种、三种或更多的颜色，如果“col”的长度比染色体的长度短，那么颜色就会循环应用。如果“col”是一个矩阵，行是圆的数目（traits），列是用户希望用于不同圆的颜色，每个圆可以用不同的颜色数绘制，缺少的值可以用NA替换。例如：col=矩阵（c（“灰色30”，“灰色60”，NA，“红色”，“蓝色”，“绿色”，“橙色”，NA，NA），3,3，byrow=T）。

bin.size : filename_points_covered_by_landmarks plot的bin大小。

bin.range : 向量c（最小值，最大值）。filename_edges_strength plot图例的最小/最大值，SNP值小于/大于'箱柜范围'将使用相同的颜色。

pch : 多性状曼哈顿图的点或性状的形状与中的“pch”相同。

type : 字符可以是“p”（点）、“l”（线）、“h”（垂直线）等，与中的“type”相同。

band : 一个数字，染色体之间的空间，默认值是1（如果带等于0，那么染色体之间就没有空间）。

H : 一个数字，每个圆的高度，每个圆代表一个特征，默认为1。

ylim : 向量或列表，CMplot只绘制这个区间中的点，ylim可以是向量或列表，如果是列表，不同的性状可以在y轴上分配不同的范围。

cex.axis : 一个数字，控制X/Y轴的记号标签的大小和圆图的染色体标签的大小。

lwd.axis : 一个数字，控制X/Y轴线的厚度。

cex.lab : 一个数字，控制X/Y轴标签的大小。

plot.type : 字符或矢量，只能使用“d”、“c”、“m”、“q”或“b”。如果绘图类型=“d”，将绘制SNP密度；如果绘图类型=“c”，只绘制曼哈顿圆图；如果绘图类型=“m”，只绘制曼哈顿地块；如果绘图类型=“q”，只绘制q-q图；如果绘图类型=“b”，将绘制曼哈顿圈、曼哈顿圈和Q-Q图；如果plot.type=c图（“m”、“q”），将绘制曼哈顿和Q-Q图。

multracks : 逻辑上，如果multracks=FALSE，所有曼哈顿绘图将绘制在单独的文件中，如果为TRUE，所有曼哈顿绘图将绘制在一个文件中。

cex : 一个数字或一个向量，即点的大小，与中的“size”相同，如果是向量，则第一个数字控制圆图中点的大小（默认值为0.5），第二个数字控制曼哈顿图中点的大小（默认值为1），第三个数字控制Q-Q图中点的大小（默认值为1）

r : 一个数字，为圆的半径（内半径），默认为1。

outward : 逻辑上，如果outside=TRUE，则所有点都将从内到外绘制为圆形曼哈顿图。

ylab : 一个字符，y轴的标签。

ylab.pos : ylab和y轴之间的距离。

xticks.pos : x记号标签和x轴之间的距离。

mar : 图周围白色间隙的大小，应提供4个值，指示底部、左侧、上和右侧的方向。

threshold : 一个数字或向量，有效阈值。例如，Bonfferoni调整方法：threshold=0.01/nrow（Pmap）。可以在绘图上添加多条有效线，如果阈值=0或NULL，则不会添加阈值线。

threshold.col : 一种字符或矢量，颜色为线的阈值电平，它还可以控制QQplot对角线的颜色。

threshold.lwd : 一个数字或矢量，宽度为线的阈值水平，它还可以控制QQplot对角线的厚度。

threshold.lty : 一个数字或矢量，该类型为线的阈值电平，它还可以控制QQplot的对角线类型。

amplify : 逻辑上，CMplot可以放大有效点，如果放大=T，则大于最小有效水平的点将被放大，默认值：放大=TRUE。

signal.cex : 一个数字，如果放大=真，用户可以设置有效点的大小。

signal.pch : 一个数字，如果放大=真，用户可以设置有效点的形状。

signal.col : 一个字符，如果放大=真，用户可以设置有效点的颜色，如果signal.col=空，则有效点的颜色不会改变。

signal.line : 一个数字，有意义的snp横穿圆圈的线条的厚度。

highlight : 向量或列表，需要突出显示的snp的名称。单个性状的向量和多个性状的列表。

highlight.cex : 向量或列表，需要突出显示的snp的点的大小。

highlight.pch : 向量或列表，需要突出显示的SNP点的pch。

highlight.type : 向量或列表，需要突出显示的SNP点的类型。

highlight.col : 向量或列表，需要突出显示的SNP的点列。

highlight.text : 一个向量或列表，将在突出显示的snp周围添加的文本。

highlight.text.col : 矢量或列表，添加文本的颜色。

highlight.text.cex : 一个值，即添加文本的大小。

highlight.text.xadj : 单个性状的值或向量或多个性状的列表，-1，0，1限制，控制突出显示的SNP周围文本的位置，-1（左），0（中），1（右）。

highlight.text.yadj : 单个性状的值或向量或多个性状的列表，-1，0，1限制，控制突出显示的SNP周围文本的位置，-1（向下），0（中间），1（向上）。

highlight.text.font : 突出显示的SNP的文本字体。

chr.labels : 一个向量，标签为染色体的密度图和圆曼哈顿图。

chr.border : 逻辑上，是否绘制染色体间的点线。

chr.labels.angle : 一个值，调整曼哈顿图的x轴刻度标签的角度（-90

chr.den.col : 一个字符或矢量或空，表示SNP密度的颜色。如果参数的长度颜色den.col'大于1，即计算给定大小内SNP数量的SNP密度（'箱子尺寸）将围绕圆绘制。如果chr.den.col=空，密度条不会附着在曼哈顿地块的底部。

cir.band : 一个数字，圆圈之间的间距，默认为1。

cir.chr : 逻辑上，表示染色体的边界将绘制在圆的外围，默认为TRUE。

cir.chr.h : 一个数字，边界的宽度，如果cir.chr=错误，则此参数将无效。

cir.legend : 逻辑上，是否要添加每个圆的图例。

cir.legend.cex : 一个数字，一个数字大小的图例。

cir.legend.col : 一个人物，传说中轴心的颜色。

LOG10 : 逻辑上，是否将p值改为log10（p值）。

box : 逻辑上，此函数围绕当前曼哈顿绘图绘制一个框。

conf.int : 逻辑上，是否在QQ图上绘制置信区间。

conf.int.col : 字符或向量，QQplot的置信区间的颜色。

file.output : 逻辑上，用户可以选择是否输出绘图结果。

file : 一个字符，用户可以选择不同的打印输出格式，所以对于“jpg”、“pdf”、“tiff”等可以由用户选择。

dpi : 一个数字，.jpg和.tiff文件的图片分辨率。默认值为300。

height : 输出文件的高度。

width : 输出文件的宽度。

memo : 在输出文件名中添加一个字符。

main : 向量的特征，曼哈顿图和qqplot图的标题。

main.cex : 标题大小。

main.font : 标题字体。

trait.legend.ncol : 多个图形图例的列数。

verbose : 是否打印日志信息。