liftover 转换不同版本的GRCh

1.下载liftover : wget http://hgdownload.cse.ucsc.edu/admin/exe/linux.x86_64/liftOver

2.下载坐标注释文件：Index of /goldenPath/hg38/liftOver

3.input文件，bed格式：只定义前三列：chr start end，无表头。start和end不同，若是相同，end可以取start+1

4.坐标转换：chmod +x ./liftover #将liftover变成可执行文件
                     ./liftover inputfile over.chain.gz outputfile unmapfile（对应未对应上的行）

inputfile:输入文件 bed格式

over.chain.gz:坐标注释文件（无需解压）

outputfile：输出文件

unmapfile:输出为对应上的行

#常见报错：Expecting integer field 3 line 225125 of chr19.bed, got 2.9e+07

原因：出现此问题的原因是 第三列的bp位置出现了科学计数法的形式，因此无法识别。

解决办法：在利用R对原bp位置执行加1操作时，先设置不使用科学计数法：options(scipen = 100)

代码记录：

options(scipen = 100)
library(dplyr)
df = read.table('AD.txt',sep='\t',header = T)
df = mutate(df,end=BP+1)#增加一列
options(max.print = 30000000)
df = df %>% select(CHR, BP, end, SNP)#改换列的位置

#因为liftover输入文件要求的chr列为chr1这种类型（不能只是数字）

df = mutate(df,chr='chr')#增加chr一列

df = tidyr::unite(df,'CHR',chr,CHR,sep='',remove=TRUE)#将chr和CHR数字列合并，sep为以''为连接符连接，remove=TRUE表示去除原来的列
write.table(df,file = 'AD.bed',sep = '\t',row.names = F,col.names = F,quote = F)#保存时要无列名

df1=df %>% filter(df[,1] %in% "chr1") #提取df中第一列为chr1的列