安装一个虚拟机搭载ubuntu系统教程

先装一个虚拟机

大部分的都是使用的VMware的虚拟机
VMware虚拟机安装教程

在虚拟机上装ubuntu系统

在正式装系统之前需要下一个ubuntu系统镜像：
官网官网
直接在官网上下载下来就可以了，下载下来的就是镜像，好像非常慢，有点大。
快速下载链接
我也没试，不过感觉应该会挺快的

直接查的教程：
安装ubuntu系统

另外一个教程
这两个都是安装ubuntu的教程，具体哪个好用取决于哪个可以解决你的问题，你的疑问有时候有的教程是一笔带过的，这就需要你一直查。嗯，学会自己查也很重要。

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安装VMware-tools（将linux与windows互联–就是可以复制内容共同使用，或者是互传文件）时遇到的问题：
这时候任务栏的地方会有一个光盘模样的东西，点开可以，里面有需要的压缩包
1.客户机操作系统已将 CD-ROM 门锁定问题（缩写的）：给一个教程解决我觉着挺好的，不需要命令啥的，直接以不同方式提取：提取教程
具体的安装教程：
安装教程

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需要装两个软件:（最好最linux上安装，他有一定的优势）
不分先后：
AutoDock Vina下载链接：安装解压包链接
AutoDock Vina的具体安装好像没有用上面下的解压包，直接在终端里面下就可以了：

sudo apt install autodock-vina

也找不到怎么着安装的了，好像就是这样提示的；（我是在终端直接输入的Vina，输了几次之后，然后他就有了提示，也就是上面的这个代码，接着他就自己在那里下载了）。多查，多试，多看吧！
MGLtools下载链接：安装解压包链接
MGLtools：自我认为是比较好的安装教程教程
我下的是mgltools_x86_64Linux2_1.5.6.tar.gz
注：1.中间查资料的时候遇到flash player没法用：普通教程就可以了
2.其实关于压缩的直接提取就可以了，其实也就是解压。

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任务一：提取…_.pocket.pdb文件的x,y,z轴的最值，存到另外一个文件中
任务二：用mgltools将…_ligand.mol2文件转为.pdbqt格式

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在终端里面直接输入就可以看出效果，要是想处理大量的文件，需要写一个脚本，然后用循环即可。（一定要知道你现在所处的位置进行操作–也就是知道你现在的所处路径）
注：
1.shell脚本如何读取一个文件夹下所有的文件名

files=$(ls $folder)
for file in $files
do
  echo $file
done

2.遇到了一个问题，就是不能将变量名与字符串进行连接
看一篇文章把：变量与字符串的连接知识点

#file是一个循环变量： file_ligand.mol2是我想要访问的文件
filename="$file"/"${file}_ligand.mol2"
#最后使用这个的形式：
$filename

linux环境下：

命令：

/home/pfl/software/mgltools/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/python ../prepare_ligand4.py -l 1a0q_ligand.mol2 -A bonds -U lps

注：
1./home/pfl/software/mgltools/mgltools_x86_64Linux2_1.5.6/bin/python
这是你的python的路径
2.../prepare_ligand4.py
这个是你的prepare_ligand4.py包的路径（我写了一个相对路径）
3.1a0q_ligand.mol2
这个是mol2文件
其他的直接用的老师给的

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PBS作业调度系统的使用技巧 —>PBS<—

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1.linux快捷键

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非常感谢以上大佬们的教程
记录一下自己的学习过程