SNP基本概念

一、概念

单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism，简称SNP）指由单个核苷酸的改变而引起的DNA序列的改变，包括转换、颠换、缺失、插入和复合变异。

二、分类

转换(transitions)是指嘌呤之间，或者嘧啶之间的替换（C<>T，A<>G）；转换发生最频繁，

颠换(transversions)是指嘌呤和嘧啶之间的替换。SNP 在 CG 序列上出现最为频繁，而且多是 C 转换为 T ，CG 中的胞嘧啶常被甲基化，而后自发地脱氨成为胸腺嘧啶。

编码区的 SNP 有两种类型：同义和非同义。同义单核苷酸多态性（SNP）并不影响蛋白质序列，而非同义单核苷酸多态性（SNP）则会改变蛋白质的氨基酸序列。

三、命名

1. refSNP ID

rs+6/7位数字：特定的单核苷酸多态性编号。

rs代表参考序列号（Reference Sequence number）。

已知一个SNP的refSNP ID可以在 GenBank 的SNP 数据库中搜索到相关的信息和在基因组中的位置。

2. HGVS name

HGVS(Human Genome Variation Society)(人类基因组变异协会)。所有的突变位点必须基于一个参考序列进行定位，不同类型的参考序列前缀不同，g——基因组参考序列；c——编码蛋白的DNA序列；m——线粒体参考序列；n——非编码DNA序列；r——RNA序列；p——蛋白质序列。

NG_000023.9:g.32317682G>A：NC_000023.9 是第 9 版本 NCBI 中人类的 X 染色体的编号，在参考序列之后紧跟着一个冒号，用于分隔参考序列和突变信息，g代表基因组序列，g.32317682代表在基因组上的位置， G>A表示由G碱基突变成A碱基。

四、确定与疾病发展相关的SNP方法

1. 基于候选基因的方法

基于生物学假设和文献检索来检测目标 SNP。如文献中发现炎症通路（TNF-a、IL-1b、IL-10、TGF-b等）、铁代谢（HFE1）、氧化应激通路（GSTM1、SOD2、MPO等）、DNA修复机制（MTHFR、TP53、MDM2等）基因中的多个 SNP 与 HCC 发生相关。

2. 基于全基因组关联分析（GWAS）

该方法可以分析处所有与某一特定疾病相关的 SNP。

参考学习：【1.2.3】单核苷酸多态性ID（HGVS Names和refSNP ID） - Sam' Note

Deep whole-genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas