生信宝典教程大放送，一站式学习生信技术

生物信息学包含生物数据分析、数据可视化、重复工作程序化，是生物、医学科研必备的技能之一。生信宝典精心组织生信学习系列教程、生信工具精品教程，通过大量的生信例子、关键的注释、浓缩的语句和录制的视频帮助快速掌握生信知识。

征稿：诚邀广大同行分享学习经验、心得体会、成果文章解读，即有利于交流和宣传，又提高自身的影响和文章的引用推广；欢迎本领域科研院所和高校的团队在本平台免费发布招聘广告。(诚招培训招生主管、招生助理、公众号编辑)

注：下面为往期文章目录集合，所有蓝字均为文章链接，点击阅读原文

教程合集

• 生信宝典-Linux教程.pdf (微信公众号后台回复 生信宝典福利第一波)

• 生信宝典Py3_course.pdf

• 生信宝典-R学习教程.pdf
  

系列教程

• 高颜值免费在线画图手册 | ImageGP：今天你“plot”了吗？

• 知乎阅读三百万的生信学习指南

• 国外生信教程免费领 加拿大生信开源学习资源Bioinformatics.ca

• 哈佛大学教授刘小乐：我与生物信息学的不解之缘

• 哈佛大学刘小乐教授讲授的计算生物学和生物信息学导论 (2020 视频+资料）

• Illumina测序仪比较和各种测序应用模式图，助力了解高通量测序
  

• 当我们谈论生信的时候我们在谈什么

• 生物信息之程序学习

• 关于编程学习的一些思考

• 该如何自学入门生物信息学

• 生信宝典视频教程

• 转录组分析的正确姿势

• 收藏 你想要的生信学习系列教程-宝典在手，生信无忧

• 生信的系列书籍

• 文章用图的修改和排版 (1)

• 文章用图的修改和排版 (2)

• 简单强大的在线绘图

• 简单强大的在线绘图-升级版

• 简单强大的在线绘图-第3版

• 论文图表基本规范

• 学术图表的基本配色方法

• 数据可视化基本套路总结

• 英语写作常见错误总结和学习视频

• 教育部推出首批490门”国家精品在线开放课程”

• 你该知道的杂志分区和影响因子及最新表格下载

• 你和PPT高手之间，就只差一个iSlide

• 推荐 3 个超赞的 EXCEL 插件，让你 5 分钟从小白变大神

• 史上最全的图表色彩运用原理

• 生信宝典一周年福利第一波 - 电子书赠送

• 测序发展史：150年的风雨历程

• 一文看全！史上以来的59家测序仪公司

• 生信老司机以中心法则为主线讲解组学技术的应用和生信分析心得

• 别再让投稿信耽误你发稿啦！（附cover letter模板）

• 生物信息学数据库分类概览 (第一版)

• 跟Cell editor学做scientific presentation (25个判断标准，18个不能做，8个建议)

• 一文掌握GSEA，超详细教程

• 看人家的导师，不需要做实验，居然发表了27篇Cell，Cancer Cell，Immunity等高水平文章

• Web of stories - 听大师讲故事

• 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

• 什么，你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙？

• 从一段挖矿病毒代码看Linux命令的实际应用

• Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

• 机器学习爱好者必读的入门指南

• 14岁的男孩说想学生信，应该给予哪些指导？

• RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

• 有了这些，文件批量重命名还需要求助其它工具吗？

• 只需一行代码，完美呈现Markdown格式，写作展示两不误

• 聊个天就把生信分析做了？你的未来在哪里？

蛋白质组学研究

• 蛋白质组学研究概述

• 《自然》重磅：迄今最大规模人类蛋白互作组诞生

转录组研究

• 39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具哪家强-导读版)

• 39个转录组分析工具，120种组合评估(转录组分析工具大比拼 （完整翻译版）)

• 无参转录组分析工具评估和流程展示

• 120分的转录组试题（第一份答案）

• 120分的转录组试题（第二份答案）

• 120分的转录组试题（第三份答案）

• DESeq2差异基因分析和批次效应移除

• 美女教授带你从统计学视角看转录组分析

• 整合QC质控结果的利器——MultiQC

• 自从用了这个神器，大规模RNA-seq数据挖掘我也可以

• NGS基础 - FASTQ格式解释和质量评估

• NGS基础 - 高通量测序原理

• NGS基础 - 参考基因组和基因注释文件

• NGS基础 - GTF/GFF文件格式解读和转换

• NGS基础 - 测序原始数据下载

• 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

• Illumina测序仪比较和各种测序应用模式图，助力了解高通量测序

• 生信分析过程中这些常见文件的格式以及查看方式你都知道吗？

• 本地安装UCSC基因组浏览器

• 测序数据可视化 (一)

• IGV基因组浏览器可视化高通量测序数据

• 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 1

• 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 2

• 高通量数据分析必备-基因组浏览器使用介绍 - 3

• 测序文章数据上传找哪里

• GO、GSEA富集分析一网打进

• GSEA富集分析 - 界面操作

• 无需写代码的高颜值富集分析神器

• 去东方，最好用的在线GO富集分析工具

• 没钱买KEGG怎么办？REACTOME开源通路更强大

• 超简便的国产lncRNA预测工具LGC

• 我想做信号通路分析，但我就是不想学编程

• 一个逆天的small RNA-seq数据挖掘神器

• 一文掌握GSEA，超详细教程

• 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

• 什么，你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙？

• 单基因GSEA怎么做？

• 赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化

• NCB|心咽发育多样化的单细胞转录轨迹分析

• 用了这么多年的PCA可视化竟然是错的！！！

• 如何火眼金睛鉴定那些单细胞转录组中的混杂因素

• Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

• RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

• Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路

• 遗传所屠强研究组开发Decode-seq方法显著提高差异表达基因分析的准确性

• 转录组测序多少生物重复合适？2个？3个？48个？

• 为什么说FPKM和RPKM都错了？

单细胞系列教程

经典综述

• 重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）

• 如何使用Bioconductor进行单细胞分析？

• 对一篇单细胞RNA综述的评述：细胞和基因质控参数的选择

• 收藏 北大生信平台” 单细胞分析、染色质分析” 视频和PPT分享

• Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

• NBT|45种单细胞轨迹推断方法比较，110个实际数据集和229个合成数据集

文章解读

• Science: 小鼠肾脏单细胞转录组+突变分析揭示肾病潜在的细胞靶标

• Science：通过单细胞转录组测序揭示玉米减数分裂进程 | 很好的单细胞分析案例

• Nature 首次对阿尔茨海默病进行单细胞转录组分析|详细解读

• Cell 深度 一套普遍适用于各类单细胞测序数据集的锚定整合方案

• 骨髓基质在正常和白血病个体中的细胞图谱 Cell,Nature联袂解析

• 癌中之王：基质微环境塑造胰腺癌瘤内结构|Cell

• Nature系列 整合单细胞转录组学和质谱流式确定类风湿性关节炎滑膜组织中的炎症细胞状态 详细解读

• Cell | 北大张泽民课题组与合作者揭示肝癌免疫微环境的动态特征

• MC | 汤富酬课题组发表综述系统总结人类生殖系细胞发育的分子机制研究

• Plos Biology | 汤富酬课题组与乔杰课题组合作绘制人类视网膜高精度发育细胞图谱

• Cell子刊 | 植物单细胞转录组综述·植物功能基因组学的高分辨率研究方法

• Cell子刊 | 肠内分泌细胞单细胞测序分析（附资源库传送门）

• 教你如何定义新亚群 | 在单细胞水平上解析人肝硬化的纤维化微环境

• Cell stem cell | 周斌研究组利用10xgenomics测序和谱系示踪技术合作发现血管平滑肌干细胞参与动脉修复

• 风湿病年鉴 | scRNA-seq研究揭示骨关节炎患者的半月板退变新机制

• 2019文献汇总 | 单细胞与病毒感染

• 2019汇总之从4个关键词看单细胞与肝癌文献

• 植物单细胞转录组的春天来了，还不上车？Science, PC, PP, MP, bioRxiv各一个

• 跨物种单细胞分析发现胰腺导管癌中一类有免疫原性的抗原呈递成纤维细胞

• NCB|心咽发育多样化的单细胞转录轨迹分析

• Cell 单细胞文章 | 白凡课题组与合作团队揭示儿童结肠炎及炎症性肠病的致病机制及治疗方法

• Nature | 心脏发生的单细胞分析揭示了器官水平发育缺陷的基础

• Gut | 汤富酬研究组与付卫研究组合作揭示家族性腺瘤性息肉病的发病机制

• 利用单细胞公共数据对新冠受体ACE2的研究进展

• 最新进展！单细胞数据显示ACE2在鼻腔、肾脏、睾丸均有分布！

• 吃多一时爽，吃少活更长！

• 大联合 - 单细胞测序在新冠肺炎研究中的应用进展 (视频+PPT)

• 致癌物（HPV-）和病毒介导的（HPV +）HNSCC免疫图谱

• 第一篇新冠单细胞文献！|解读

• 单细胞RNA-seq预处理工具比较分析（bioRxiv）

• Molecular Metabolism｜徐成冉研究组揭示生理和病理状态下胰岛β细胞异质性

• Cell | 小鼠内皮细胞单细胞转录组图谱（详解）

• Nature Metabolism I 衰老的单细胞组学研究进展及展望

• Science | 单细胞分析人类胸腺发育的细胞图谱

• 新冠患者样本单细胞测序文献汇总

• Developmental Cell | 人类视网膜发育过程中的重要分子机制

• Nature子刊：中科院动物所合作揭示灵长类血管衰老的驱动力

• 人类细胞图谱计划发起人Aviv Regev博士讲单细胞基因组学

• NC文章详解 | 鼠成纤维细胞单细胞分析发现成纤维细胞在心肌细胞成熟中起关键作用

系列教程

• 10X单细胞测序分析软件:Cell ranger，从拆库到定量

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一）- 引言

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（二）- 实验平台

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（三）- 原始数据质控

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（四）- 文库拆分和细胞鉴定

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（五）- STAR, Kallisto定量

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（六）- 构建表达矩阵，UMI介绍

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（七）- 导入10X和SmartSeq2数据Tabula Muris

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（八）- Scater包输入导入和存储

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（九）- Scater包单细胞过滤

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十）- Scater基因评估和过滤

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十一）- Scater单细胞表达谱PCA可视化

• Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（十二）- Scater单细胞表达谱tSNE可视化

• 如何火眼金睛鉴定那些单细胞转录组中的混杂因素

• 什么？你做的差异基因方法不合适？

• 单细胞分群后，怎么找到Marker基因定义每一类群？

特色分析

• 哇！单细胞测序-配体受体互作分析原来可以这么简单又高大上！

• 七龙珠|召唤一份单细胞数据库汇总

• 单细胞预测Doublets软件包汇总-过渡态细胞是真的吗？

• Seurat亮点之细胞周期评分和回归

• cellassign：用于肿瘤微环境分析的单细胞注释工具（9月Nature）

• NC |SCALE准确鉴定单细胞ATAC-seq数据中染色质开放特征

• 让你的单细胞数据动起来！|iCellR(一)

• 让你的单细胞数据动起来！|iCellR(二)

• Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

• SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型

• 在线平台如何做单细胞测序分析全套？有它so easy!

• SpatialDB |单细胞空间转录组数据分析可视化平台

• 单细胞分析Seurat使用相关的10个问题答疑精选！

• 三人成虎，概率却不足十分之五？

• 一文掌握GSEA，超详细教程

• 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

• 什么，你算出的P-value看上去像齐天大圣变的庙？

• GO、GSEA富集分析一网打进

• GSEA富集分析 - 界面操作

• 无需写代码的高颜值富集分析神器

• 去东方，最好用的在线GO富集分析工具

• 用了这么多年的PCA可视化竟然是错的！！！

• RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

• “harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅

• 复现原文（一）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

• 复现原文（二）：Single-cell RNA sequencing of human kidney（step by step）

• 单细胞转录组亚群分析

• 单细胞转录组高级分析介绍

• 代码分析 | 单细胞转录组质控详解

• 代码分析 | 单细胞转录组Normalization详解

• 代码分析 | 单细胞转录组数据整合详解

• 代码分析 | 单细胞转录组clustering详解

• NBT：单细胞转录组新降维可视化方法PHATE

• 复现nature communication PCA原图|代码分析（一）

• 这篇Nature子刊文章的蛋白组学数据PCA分析竟花费了我两天时间来重现|附全过程代码

• 一个R包玩转单细胞免疫组库分析，还能与Seurat无缝对接

• 这个R包自动注释单细胞数据的平均准确率为83％，使用后我的结果出现了点问题|附全代码

• 翻车实录之Nature Medicine新冠单细胞文献|附全代码

• 听哈佛大神讲怎么做单细胞转录组GSEA分析

• 一个R包完成单细胞基因集富集分析 （全代码）

• 复现Cell附图 |类器官的单细胞分析

• 哈佛大学单细胞课程：笔记汇总前篇

• 哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （一）

• 哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （二）

• 哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （三）

• 哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （四）

• 哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （五）

• 哈佛大学单细胞课程|笔记汇总 （六）

• scATAC-seq建库原理，质控方法和新R包Signac的使用

GEO/TCGA数据

• UCSC XENA - 集大成者(TCGA, ICGC)

• ICGC数据库使用

• TCGA数据库在线使用

• BROAD开发的TCGA分析平台，强大的下载功能

• cBioPortal功能强大的TCGA再分析平台

• 这是数据更新最实时的TCGA网站，功能强大

• 不懂R，如何进行GEO数据库表达谱的差异分析、富集分析、蛋白互作、可视化？

• 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集

• 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - 数据获取到标准化

• 为什么GEO2R/GEOquery的结果可能是错的？

• 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

• GEPIA|神一样的TCGA可视化网站

• 用了这么多年的PCA可视化竟然是错的！！！

• 分享一个完美的工具：多数据库集合，研究基因组学癌症必备

• TISIDB：这个科研工具能助你顺利发高分肿瘤免疫文章

• 超详细的GEO数据上传攻略，一看就会 

扩增子三步曲

• 1图表解读-理解文章思路

• 2分析流程-把握分析细节

• 扩展1：视频教程-夯实分析思路

• 扩展2：QIIME2教程-了解分析趋势

• 3统计绘图-冲击高分文章

• 易生信-扩增子教程01-基本概念

• 易生信-扩增子教程02-真菌引物选择

• 收藏-手把手带你重现菌群封面文章全部结果图表

• 如何简化美化LEfSe分析结果中的Cladogram图

• FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪(3万字长文带你系统学习网络)

• Nature子刊：教你零基础开展微生物组数据分析和可视化

• 为什么Alpha多样性的输入数据会是它？

宏基因组教程

• Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

• 微生物组入门必读+宏基因组实操课程

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• 宏基因组分析教程

• 4500元的微生物组培训资料

• 宏基因组分析教程合集

• 宏基因组分析教程合集和往期课程PPT分享

• 人类微生物组计划 - 宏基因组/16S分析流程 bioBakery

宏基因组分析专题

• 1 背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2 数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3 组装拼接MEGAHIT和评估quast

• 4 基因注释Prokka

• 5 基于Kmer比较数据集sourmash

• 6 不比对快速估计基因丰度Salmon

• 7 bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

• 8 分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9 组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvio

• 10 绘制圈图-Circos安装与使用

• MetaPhlAn2分析有参宏基因组

ChIP-seq专题

• ChIP-seq基本分析流程

• 从Richard Young教授的系列研究看超级增强子发现背后的故事 (附超级增强子鉴定代码)

• 表观遗传小白逆袭之道：从这 19 个视频开始吧！

• Bedtools使用简介

• 2018 升级版Motif数据库Jaspar

• MotifStack：多motif序列比较和可视化

• 一文教会你查找基因的启动子、UTR、TSS等区域以及预测转录因子结合位点

• AnimalTFDB 3.0 动物转录因子注释和预测的综合资源库

• Cell重磅综述：关于人类转录因子，你想知道的都在这

Linux 全介绍

• 这个为生信学习打造的开源Bash教程真香！！（目录更新）！

• PATH和path，傻傻分不清

• Linux - 总目录

• Linux - 文件和目录

• Linux - 文件操作

• Linux - 文件内容操作

• Linux - 环境变量和可执行属性

• Linux - 管道、标准输入输出

• Linux - 命令运行监测和软件安装

• Linux - 常见错误和快捷操作

• Linux - 文件列太多，很难识别想要的信息在哪列；别焦急，看这里。

• Linux - 文件排序和FASTA文件操作

• Linux - 应用Docker安装软件

• Linux - 一文掌握Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移

• Linux - 服务器数据定期同步和备份方式

• Linux - VIM的强大文本处理方法

• Linux - 查看服务器配置信息

• Linux - SED操作，awk的姊妹篇

• Linux - 常用和不太常用的实用awk命令

• Linux - 那些查找命令

• Linux - 原来你是这样的软连接

• Bash概论 - Linux系列教程补充篇

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• Linux下文件内容更新了文件夹时间戳却没变？

• 如何获取目标基因的转录因子（上）——Biomart下载基因和motif位置信息

• 如何获取目标基因的转录因子（下）——Linux命令获取目标基因TF

• 生信人写程序1. Perl语言模板及配置

• 生信人写程序2. Editplus添加Perl, Shell, R, markdown模板和语法高亮

• 手把手教你生信分析平台搭建

• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows

• 开启win10内置Linux子程序

• Docker的基本使用-Ubuntu18.04

• Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

• 收藏 15 个你非了解不可的 Linux 特殊字符，妈妈再也不用担心我看不懂这些符号了！

• 有了这些，文件批量重命名还需要求助其它工具吗？

• 软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全拿走不谢~~

• 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

• 一句话加速grep近30倍

CIRCOS系列

• CIRCOS圈图绘制 - circos安装

• CIRCOS圈图绘制 - 最简单绘图和解释

• CIRCOS圈图绘制 - 染色体信息展示和调整

• CIRCOS增加热图、点图、线图和区块属性

R统计和作图

• 这个为生信学习和生信作图打造的开源R教程真香！！！

• 文章用图的修改和排版 (1)

• 文章用图的修改和排版 (2)

• ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)

• 在B站学习大名鼎鼎的StatQuest 系列统计和生信分析视频（中文字幕）- 也见证助理教授到创业者的华丽转身

• 使用R语言的正确姿势，R包干货奉献

• 用rmarkdown定制你的数据分析报告

• 高颜值免费在线绘图工具升级版来了~~~

• 简单强大的在线绘图

• 简单强大的在线绘图-升级版

• 简单强大的在线绘图-第3版

• 超详细的热图绘制教程(5000余字)，真正的保姆级教程

• R」ggplot2拼图包patchwork推荐与使用

• 高通量数据中批次效应的鉴定和处理 - 系列总结和更新

• 论文图表基本规范

• 学术图表的基本配色方法

• 数据可视化基本套路总结

• Graphpad，经典绘图工具初学初探

• 你的包佩奇了吗？试试新版Rstudio，自动提醒缺失包！

• 原来Rstudio还可以这么使用，又方便了一些

• 在R中赞扬下努力工作的你，奖励一份CheatShet

• 别人的电子书，你的电子书，都在bookdown

• R语言 - 入门环境Rstudio

• R语言 - 热图绘制 (heatmap)

• R语言 - 基础概念和矩阵操作

• R语言 - 热图简化

• R语言 - 热图美化

• R语言 - 线图绘制

• R语言 - 线图一步法

• R语言 - 箱线图（小提琴图、抖动图、区域散点图）

• R语言 - 箱线图一步法

• R语言 - 火山图

• R语言 - 富集分析泡泡图

• R语言 - 散点图绘制

• R语言 - 韦恩图

• R语言 - 柱状图

• R语言 - 图形设置中英字体

• R语言 - 非参数法生存分析

• R语言 - 绘制seq logo图

• WGCNA分析，简单全面的最新教程

• psych +igraph：共表达网络构建

• 245热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

• 一文学会网络分析——Co-occurrence网络图在R中的实现

• 一文看懂PCA主成分分析

• 主成分分析PCA

• 放弃Venn-Upset-花瓣图，拥抱二分网络

• 富集分析DotPlot，可以服

• Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图

• 图形解读系列 | 散点图也不简单

• 总被审稿人提起的多重假设检验校正是什么？

• 基因共表达聚类分析和可视化

• R中1010个热图绘制方法

• 还在用PCA降维？快学学大牛最爱的t-SNE算法吧, 附Python/R代码

• 一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据

• 文章用图的修改和排版

• network3D: 交互式桑基图

• network3D 交互式网络生成

• Seq logo 在线绘制工具——Weblogo

• 生物AI插图素材获取和拼装指导

• 如何使用AI进行SCI组图

• 如何使用AI画一个简单的细胞通路图?

• 一分钟绘制磷脂双分子层：AI零基础入门和基本图形绘制

• AI科研绘图（二）：模式图的基本画法

• 图像处理R包magick学习笔记

• SOM基因表达聚类分析初探

• 利用gganimate可视化全球范围R-Ladies（R社区性别多样性组织）发展情况

• 你知道R中的赋值符号箭头(<-)和等号（=）的区别吗？

• R语言可视化学习笔记之ggridges包

• 利用ComplexHeatmap绘制热图(一)

• ggplot2学习笔记之图形排列

• R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换

• 用R在地图上绘制网络图的三种方法

• PCA主成分分析实战和可视化 附R代码和测试数据

• iTOL快速绘制颜值最高的进化树！

• 12个ggplot2扩展包帮你实现更强大的可视化

• 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

• R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences

• 数据可视化基本套路总结

• 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？

• 使用dplyr进行数据操作30例

• 交集intersect、并集union、找不同setdiff

• R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换

• 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

• 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互

• 3数据筛选——提取对象的子集

• 4向量、矩阵的数学运算

• 5控制结构

• 6函数及作用域

• 7认识循环函数lapply和sapply

• 8分解数据框split和查看对象str

• 9模拟—随机数、抽样、线性模型

• 1初识ggplot2绘制几何对象

• 2图层的使用—基础、加标签、注释

• 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布

• 4语法基础

• 5通过图层构建图像

• 6标度、轴和图例

• 7定位-分面和坐标系

• 8主题设置、存储导出

• 9绘图需要的数据整理技术

• 创建属于自己的调色板

• 28个实用绘图包，总有几个适合你

• 热图绘制

• R做线性回归

• 绘图相关系数矩阵corrplot

• 相关矩阵可视化ggcorrplot

• 绘制交互式图形recharts

• 交互式可视化CanvasXpress

• 聚类分析factoextra

• LDA分析、作图及添加置信-ggord

• 解决散点图样品标签重叠ggrepel

• 添加P值或显著性标记ggpubr

• Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve

• 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化

• 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial

• 桑基图riverplot

• 微生物环境因子分析ggvegan

• 五彩进化树与热图更配ggtree

• 多元回归树分析mvpart

• 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression

• 加权基因共表达网络分析WGCNA

• circlize包绘制circos-plot

• R语言搭建炫酷的线上博客系统

• 维恩(Venn)图绘制工具大全 （在线+R包）

• R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图

• 获取pheatmap聚类后和标准化后的结果

• 聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序？

• 增强火山图，要不要试一下？

• esquisse: 快速可视化图形的 Rstudio 插件

• 一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D

• 赠你一只金色的眼 - 富集分析和表达数据可视化

• 是Excel的图，不！是R的图

• 道友，来Rstudio里面看动画了

• 用了这么多年的PCA可视化竟然是错的！！！

• 主成分分析PCA

• 万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

• 2019年诺贝尔生理医学奖揭晓 |动图展示历年生理学奖

• 2019年诺贝尔化学奖揭晓 |八一八，那些年的诺贝尔化学奖

• cellassign：用于肿瘤微环境分析的单细胞注释工具（9月Nature）

• ggThemeAssist｜鼠标调整主题，并返回代码

• ggcor |相关系数矩阵可视化

• 这也太简单了吧！一个函数完成数据相关性热图计算和展示

• ggcor在微生物生态领域的使用实战

• 昨天的science组合图换方案了

• 画图手册 | ImageGP：今天你“plot”了吗？

• R语言一键批量完成差异统计和可视化

• gggenes绘制多物种基因结构比较

• 数据可视化完美指南-R-python

• Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路

• Matplotlib绘制的27个常用图(附对应代码实现)

• 让你的单细胞数据动起来！|iCellR(一)

• 让你的单细胞数据动起来！|iCellR(二)

• Celaref | 单细胞测序细胞类型注释工具

• SCENIC | 从单细胞数据推断基因调控网络和细胞类型

• R变量索引 - 什么时候使用 @或$

• 手把手重现Science的主图Maptree

• 可视化之为什么要使用箱线图？

• Alpha多样性箱线图(样章，11图2视频)

• 学会这个BBC，你的图也可以上新闻啦！

• ggplot2 图区域放大

• iheatmapr包：可交互的热图绘制方法

• 图形解读系列 | 给你5个示例，你能看懂常用热图使用吗？

• 这个R包自动注释单细胞数据的平均准确率为83％，使用后我的结果出现了点问题|附全代码

• 一个R包完成单细胞基因集富集分析 （全代码）

• 新版QQ自带的截图工具太强了，截取长图、截图钉在桌面上、图形中文字识别、马赛克标记、序号自动生成！

NGS基础和软件应用

• OrthoMCL鉴定物种同源基因 （安装+使用）

• Rfam 12.0+本地使用 （最新版教程）

• 轻松绘制各种Venn图

• ETE构建、绘制进化树

• psRobot：植物小RNA分析系统

• 生信软件系列 - NCBI使用

• 掌握这个网站，万方、维普、CNKI等众多数据库文献统统可以免费下载！

• 拿到基因两眼一抹黑？没关系，先做个基因富集分析吧！

• 科研小萌新，掌握这些技巧，轻松玩转各个基因！

• 引起相变的无序结构域（IDRs）怎么预测？跟踪热点，提升文章档次！

• 如果你经常用PubMed，那么这个插件将非常好用！

• 基于人工智能的文献检索，导师查找，更聪明

• GeenMedical：文献查询、筛选、引用排序、相似文献、全文下载、杂志分区、影响因子、结果导出、杂志评述、直接投稿，一站服务

• 如何快准狠地找到相关领域的经典文献？

• Excel改变了你的基因名，30% 相关Nature文章受影响，NCBI也受波及

• 这些基因的名字太有才了，研究一下都可以发10分文章

• 文献检索新姿势，教你如何直搜文中的科研图片！

• Endnote X8云同步：家里单位实时同步文献笔记，有网随时读文献

• 还在慌？Endnote的个性化文献引用助毕业论文一臂之力

• 参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决 - 修改style是没用的

• 参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决

• 实用网站和在线工具推荐

• 在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程 …

• Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

• cellassign：用于肿瘤微环境分析的单细胞注释工具（9月Nature）

• NBT|45种单细胞轨迹推断方法比较，110个实际数据集和229个合成数据集

• NC |SCALE准确鉴定单细胞ATAC-seq数据中染色质开放特征

• 截屏工具千千万，用了这个不舍得换

• 内存小还免费，Adobe Acrobat表示有危机

• Nicetools：定一个小目标，先做它个1000个工具

• 20W+喜爱的Pathview网页版 | 整合表达谱数据KEGG通路可视化

• 中科院遗传所课题组开发高质量基因组组装软件

• 中科院研究组新建一种高敏高精度的RNA poly(A)尾巴检测技术

• CIRIquant：circRNA定量和剪接体转换识别

• 超详细的GEO数据上传攻略，一看就会

• 遇到这个工具前我都是建议文章写好就先投Cell？

• iBiology |除了B站，这还有个专业的生科科普网站

• 嗐，别的95后一天两登Nature，你却还不知道有一款工具可以帮你校对英文文稿和回复审稿意见

生信宝典之傻瓜式

• 生信宝典之傻瓜式 (一) 如何提取指定位置的基因组序列

• 生信宝典之傻瓜式 (二) 如何快速查找指定基因的调控网络

• 生信宝典之傻瓜式 (三) 我的基因在哪里发光 - 如何查找基因在发表研究中的表达

• 生信宝典之傻瓜式 (四) 蛋白蛋白互作网络在线搜索

• 生信宝典之傻瓜式 (五) 文献挖掘查找指定基因调控网络

• 生信宝典之傻瓜式 (六) 查找转录因子的靶基因

• 挖掘PubMed数据库，获取报道的或推测新的基因调控关系

• 知乎阅读三百万的生信学习指南

• 当我们谈论生信的时候我们在谈什么

• 如何使用AI画一个简单的细胞通路图?

Python

• Python极简教程（一）

• Python极简教程（二）

• Python极简教程（三）

• Python极简教程（四）

• Python极简教程（五）

• Python极简教程（六）

• Pandas，让Python像R一样处理数据，但快

• Python解析psiBlast输出的JSON文件结果

• 为啥我的Python这么慢 - 字符串连接 (一)

• 为啥我的Python这么慢 - 项查找 (二)

• Python学习 - 可视化变量赋值、循环、程序运行过程

• Python资源

• 关于Python中的main和编程模板

• 莫烦Python机器学习

• 编程新手入门踩过的25个“坑”，你犯过其中哪些错误？

• Python文学化编程 - Jupyter notebook使用和插件拓展

• Python3中正则表达式使用方法

• Python3中BeautifulSoup的使用方法

• 我用Python开发了个SCI-HUB本地版

• 手把手 哇！用R也可以跑Python了

• Bioconda软件安装神器：多版本并存、环境复制、环境导出

• 推荐一个牛逼的生物信息 Python 库 - Dash Bio

• Matplotlib绘制的27个常用图(附对应代码实现)

• Python语法糖之：列表解析、集合解析和字典解析

• 入门课的入门课，微软推出Python零基础教程，基于原生VS Code

• 推荐一个牛逼的生物信息 Python 库 - Dash Bio

Cytoscape网络图

• Cytoscape教程1

• Cytoscape之操作界面介绍

• 新出炉的Cytoscape视频教程

• Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

• Cytoscape: MCODE增强包的网络模块化分析

分子对接

• 来一场蛋白和小分子的风花雪月

• 《自然》重磅：迄今最大规模人类蛋白互作组诞生

• 不是原配也可以-对接非原生配体

• 简单可视化-送你一双发现美的眼睛

• 你需要知道的那些前奏

文献精读

• 【劝学篇】张启发院士给自己的博士生写的一封信

• 他靠一生仅有的三篇论文改变了摩尔根，后来却从生物学界销声匿迹了

• 人类为啥比小鼠发育更慢？同日两篇《科学》找到意想不到的原因

• 这份精子保存了1亿年，不仅长度惊人还刷新了一项记录

• Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这

• 知乎阅读三百万的生信学习指南

• 2018年生信宝典阅读最高文章Top10

• 数学好真的可以为所欲为啊！论一个你不知道的学科-数理生物学

• 这些基因的名字太有才了，研究一下都可以发10分文章

• 人类多能性干细胞研究20周年：起始于5个细胞系，我们未来20年的进步将取决于我们现在做的

• 许多癌症的发生只是概率问题 专访约翰·霍普金斯大学病理系主任拉尔夫·赫鲁班

• 肿瘤化疗无效是对预先存在的突变的选择还是诱发新突变，Cell给你答案

• “人鸡胚胎”破解生命起源奥秘，百年来首次证实“组织者”存在于人体 ｜《Nature》发表重磅论文

• 被高中生物骗了这么多年，原来人体内细胞的DNA是有不同的？

• 周琪院士正面回应：60万一针有用吗？（干细胞治疗）

• CRISPR-CAS9发展历程小记

• 一场大病引起的诺贝尔2017年生理学奖角逐

• Science搞反狗脑 - 人脑和狗脑一样？

• 一篇压根不存在的文献被引用400次？！揭开” 幽灵文献” 的真面目

• YANDEX搜索，不翻墙稳定使用近谷歌搜索

• Nature我的研究对后人毫无用途：21%的学术论文自发布后从未被引用

• SCI-HUB镜像, SSH隧道访问学校内网

• 为了速成生物学，一位程序员探索了”爆款”基因背后的秘密

• Nature邀请6位专家为您支招如何写出一流论文？

• Cell：荧光标记out了，AI不用“侵入”也能识别细胞死活和类型

• 如果你经常用PubMed，那么这个插件将非常好用！

• 生物研究中不可缺少的数字概念，多少，多大，多快

• 王秀杰研究组合作发现m6A修饰在小脑发育中的新功能 （附2018上半年m6A研究文章和点评）

• 把人类宝宝和黑猩猩幼崽一起养大，会发生什么有趣的事情呢？结局可能是有些出乎意料的～～

• 你体内的细胞“成精了”？居然还互相看对了眼？

• 父爱无言！科学家首次发现来自爸爸的基因，可以通过胎儿来控制妈妈对宝宝的爱

• 饿死癌细胞？还是先看看肿瘤中的异常代谢的特征分析和背后的遗传与环境互作吧！

• 2018Cell系列最好的调控方式-相变，最强综述，未来以来，你在哪

• 2018“不务正业”的化学奖又发给了生物

• 2018美日科学家因免疫治疗得诺贝尔生理医学奖-动图展示历年生理学奖

• Nature综述-整合组学分析护航健康，推动精准医学时代的到来！

• 勤能补拙，过目不忘，提高m6A助力好记性？中科院王秀杰/杨运桂合作最新成果

• 综述：变温动物的适应性免疫

• 你的DNA都会玩摇滚了，你却还是个音痴

• “乱搞”的动物可能只是脸盲？新研究发现24个基因决定动物“忠诚度”

• 经常喜欢熬夜？也许你天生就是“夜型人”基因！

• 基因编辑婴儿违规，预防艾滋还是了解下啪啪啪为何会传染（视频）

• 读趣味漫画了解生物技术的发展与应用

• 颠覆！垃圾DNA不是垃圾！活细胞成像实时演绎基因调控全过程！

• Nature重磅！肥胖有救了：分析了362499个人，发现了98个与肥胖相关的遗传信号，其中29个是第一次发现

• 当细胞生物学遇上计算机思维，会产生什么样的火花？

• 整天泡实验室已经out了，会写代码才是不被淘汰的关键

• Science文章背靠背揭示癌症中细胞感应氧气的新机制

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• 她的癌细胞救了上亿条命，却很少有人知道她的名字

• NCB|心咽发育多样化的单细胞转录轨迹分析

• 学生说 |当代硕博生常犯错觉图鉴

• 整合基因组学和蛋白质结构的致病机制分析

• 万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

• 这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本，涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关

• iBiology |真·免费的最好生物科学知识盛宴

• 2019年诺贝尔生理医学奖揭晓 |动图展示历年生理学奖

• 2019年诺贝尔化学奖揭晓 |八一八，那些年的诺贝尔化学奖

• DNA metabarcoding: 条形码的追踪饮食摄入之路

• 你转发的四倍体锦鲤还好吗？NC首次鉴定出异源四倍体鱼类的祖先二倍体并成功进行亚基因组拆分

• RNA-seq最强综述名词解释&思维导图|关于RNA-seq，你想知道的都在这（续）

• 美国科学院公布未来10年农业发展的五大方向，生物信息和微生物组占两项！

• Cell 单细胞文章 | 白凡课题组与合作团队揭示儿童结肠炎及炎症性肠病的致病机制及治疗方法

• 在论文修改了5次之后，院士作者终于怼了“不共戴天”的审稿人

• 城市里的穷人最容易“喜当爹”，但概率也没你想得那么高

• 国际顶刊《PNAS》：爱发朋友圈的人，更容易长寿

• 你在办公室呼吸的每口空气，都有来自同事洗发水的污染物

• Nature重大发现：癌基因竟不在染色体上？第一作者吴思涵亲身解读！

• Cell子刊 | 植物单细胞转录组综述·植物功能基因组学的高分辨率研究方法

• Cell子刊 | 肠内分泌细胞单细胞测序分析（附资源库传送门）

• 这篇5分文章不做实验，纯数据挖掘发现调控乳腺癌细胞增殖与预后的关键蛋白激酶

• Science：请注意了，当人们讲话用到这个词时，可能是在描述负面体验！

• 比较基因组学揭示海洋最深鱼类嗅觉的适应性进化

• 还以为”猪脑子”是在骂人？这篇文章告诉你，猪的智商高到爆表

• 纳尼？Genbank中超200万条序列受污染！蛋白污染主要来源于一只蜘蛛？

• 实验和检测技术带来的高假阳性乌云：6mA是否真的在哺乳动物中广泛存在？

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• 因为2万人自愿被感染，首个人类冠状病毒才被发现

• 电脑仿真程序揭秘：为何现在还不能出门？

• 既没新样本，也没实验，如何猜到新冠病毒“喜欢”感染哪些细胞？

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• 中国人是否对新冠病毒更易感？

• 你的大脑、肝脏和肠胃，都是“傻帽”？

• 蚯蚓不生活在水中，鱼为什么喜欢吃它？

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• 香港大学做了三个新冠病毒重磅实验，信息量很大…

• 史上最完善人类新陈代谢谱系模型登上《科学》封面！支持3D交互

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• 当细胞生物学遇上计算机思维，会产生什么样的火花？

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• 一口气看够人类染色体故事，痛快！

• NatureGenetics：所有五个异源四倍体棉花起源被厘清

• 吃了一辈子大米，你还在相信水稻种水里是因为喜欢水？

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• JAMA子刊：20来岁就要控制体重！分析超8万中国人数据发现，成年到中年体重每多增加10斤，老了之后死亡风险增加10%

• BMJ二十年最火论文：性行为时生殖器会变成什么样子？

• 结肠癌个性化治疗新手段——基于类器官的Cas9筛选平台 | Cell Press 青促会述评

• 智商随妈，性格随爸？遗传学家们找到了这些证据

• 人类细胞图谱计划发起人Aviv Regev博士讲单细胞基因组学

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2019的高阅读文章合集

• 跟随美国博导12年，我学到最深刻的不是科研，而是这个。。。

• 用PCR之歌怀念PCR之父凯利·穆利斯：生物学从此人分为PCR之前，PCR之后

• 著名养生专家因病逝世，享年59岁，寿命基因决定还是养生决定？

• 最新发表的这篇《细胞》论文，颠覆了太多认知……

• 保护导师，从我做起；爱护博导，人人有责

• 这个只需一步就可做富集分析的网站还未发表就被CNS等引用超过350次

• 是Excel的图，不！是R的图

• SCI-HUB客户端（文献神器V4.0）——下载文献如此简单

• 2019影响因子分享下

• 增强火山图，要不要试一下？

• Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图

• Science组合图表解读

• 《自然》：真是绝了！科学家发现癌细胞竟会把自己伪装成比正常细胞健康的“赢家”，然后通过未知手段干掉健康的邻居 | 科学大发现

• 无需写代码的高颜值富集分析神器

• 一个震撼的交互型3D可视化R包 - 可直接转ggplot2图为3D

• 博士出身好科研产出高，学术谱系真的可以决定一切吗？

• 研究基因50年后，这位院士说基因决定了智力，别操心育儿了

• 原来Rstudio还可以这么使用，又方便了一些

• 综述之我的十年本硕博生活

• 万能转换：R图和统计表转成发表级的Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

• “你都硕士博士了，竟然还不如我！”

• Manuscript match— 找到最适合你文章的那个ta（之期刊杂志）

• 这个Nature推荐的代码海洋竟然有文章作者上传的所有可重现性脚本，涉及单细胞、微生物组、转录组分析、机器学习等相关

• 当我们谈论生信的时候我们在谈什么

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科研经验

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• 公众号搜索方法大全

• 如何第一时间了解研究领域最新动态?

• 科研团队成长三部曲：1云笔记 2云协作 3公众号

• 文献阅读 1热心肠 2SemanticScholar 3geenmedical 猫咪论文

• 生信编程模板 Perl Shell R

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• 中国科学院的100多家科研院所都在研究什么？

• 学术造假都能投SCI，凭什么民科就要被嘲笑？因为实在太好笑了…

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• 博士毕业将更加困难？SCI评价改革带来的喜与忧

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• 宏基因组数据提交GSA实操手册—发表文章前必备技能

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• 本科、硕士、博士的区别

• 105万篇博士论文数据，勾画学术界30年的知识变迁

• 博士学位真的那么重要吗？上交大博士亲述科研心路，获4万高赞，网友：这是知乎最好的回答

• 嗐，别的95后一天两登Nature，你却还不知道有一款工具可以帮你校对英文文稿和回复审稿意见

• 师妹越多，团队集体智慧越高，当占比80%时，达到巅峰

• 日读论文100+，AI都替代不了！辞去医药研发总监后，她成为了一名全职学术警察

软件和数据库

• Gephi轻松绘制超美网络图

• 在线浏览器，在线PS，在线AI，在线编程

• 微生物组间差异分析神器-STAMP简明教程 中文帮助文档

• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet

• Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析

• Cytoscape制作带bar图和pie图节点的网络图

• FUNGuild：真菌功能注释

• 在线RaxML构建系统发育树

• MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级

• Genevestigator: 查找基因在发表研究中的表达

• psRobot：植物小RNA分析系统

• RepeatMasker：基因组重复序列注释

• 基因组注释 1重复序列 2非编码和编码基因 3功能注释Prokka

• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• 数据的质量控制软件——fastQC

• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp

• SpatialDB |单细胞空间转录组数据分析可视化平台

• 截屏工具千千万，用了这个不舍得换

• NAR | 李磊课题组与杨效曾课题组构建植物miRNA数据库

• 20W+喜爱的Pathview网页版 | 整合表达谱数据KEGG通路可视化

• 增强版文献检索利器，免费下载高质量文献！

• 一个函数抓取代谢组学权威数据库HMDB的所有表格数据

• 分享一个完美的工具：多数据库集合，研究基因组学癌症必备

• TISIDB：这个科研工具能助你顺利发高分肿瘤免疫文章

• 植物激素分析平台| 褚金芳团队在植物激素分析技术研究中取得新进展

扩增子分析

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• QIIME2中文教程-把握分析趋势

• 16S功能预测 0概述 1KO通路PICRUSt 2元素循环FAPROTAX 3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun

• 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA 2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归

• 9个模块＋40余款软件＋老司机辣评 16S信息分析流程软件和数据库合集

• Nature Method ：Rob Knight发布Striped UniFrac算法轻松分析微生物组大数据

• 01-背景介绍

• 02-真菌引物选择

• MicrobiomeAnalyst：可视化微生物组网页工具

• NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台

• NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库

• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求

• SILVAngs:16S/18S在线分析1 2

• 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core

• 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档

• 微生物扩增子数据库大全

• SourceTracker—微生物来源分析

• DNA metabarcoding: 条形码的追踪饮食摄入之路

• IF:10.465 | 苏铁类植物微生物相的扩增子16S分析

• ggcor在微生物生态领域的使用实战

• Cell Research | 华农解析水虻基因组图谱和肠道微生物组降解规律

• Fungal Diversity | 70位作者共同修订真菌界担子菌门分类系统

• Nature：肠道微生物通过代谢调节人体肠道免疫

宏基因组分析

• 宏基因组分析教程

• 1简介-定义、方法和数据库

• 2扩增子-微生物群落多样性

• 3PICRUSt功能预测

• 4宏基因组物种组成和分箱

• 5宏基因组功能数据库与通路

• 6宏转录组流程和功能

• 7挖掘微生物组生物标记

• 4500元的微生物组培训资料

• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

• 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

• 一文读懂宏基因组binning

• 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下

• 微生物组学数据分析工具综述 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

• Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架

• MetaPhlAn2一条命令获得宏基因组物种组成

• Nature Method：HUMAnN2实现宏基因组和宏转录组种水平功能组成分析

• HUMAnN2：人类微生物组统一代谢网络分析2

• 宏基因组有参流程Metagenomics Tutorial (HUMAnN2)

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3组装拼接MEGAHIT和评估quast

• 4基因注释Prokka

• 5基于Kmer比较数据集sourmash

• 6不比对快速估计基因丰度Salmon

• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o

• 10绘制圈图-Circos安装与使用

• KEGG在线数据库使用攻略

• NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因

• EggNOG功能注释数据库在线和本地使用

• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测

• Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署实战和结果解读

• Krona绘制物种或功能组成圈图

• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram

• MMinte：预测微生物群体内代谢物互作

• 手把手重现Science的主图Maptree

实验设计与技术

• 微生物组取样和DNA提取建议

• 样品生物学重复数据选择 1必要性 2需要多少重复？

• 样品命名 注意事项 实例

• 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估

• 海洋可培养微生物的鉴定与分类

• 怎么取粪便样品

• 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取

• Microbiome: 室温存储样本方法比较

• Nat. Biotechnol.：高通量测序16S及18S rRNA全长

• 两种土壤细菌群落结构高通量绝对定量方法

• MiBioGen联盟倡议：综合分析人类基因组与菌群关系研究

• Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响

• 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组

• Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

• 16S测序，不知道OTU你就out了！

• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了

• 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较

• 计量宏基因组学数据分析的方法及进展

• 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA

• Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理

• PCoA距离算法大全

• 读懂PCA和PCoA

• LEfSe分析，你真的懂了么

• 宏基因组基础知识梳理

• 功能基因多样性研究概述

• 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结

• 环境因子关联分析—CCA还是RDA

• P值背后那些事儿

• 轻松看懂机器学习十大常用算法

• 一文读懂随机森林在微生态中的应用

• 你想知道的ROC曲线

• 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson

• 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq

• 机器学习爱好者必读的入门指南

文献精读

• Microbiome：中国科学家完成鸡肠道微生物宏基因集的构建(张和平、魏泓、秦楠点评)

• Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康 孕期健康对孩子至关重要

• Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环

• BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展

• PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身

• SBB：石油污染土壤微生物群落构建与生物多样性研究

• SCLS：水稻微生物组时间序列分析

• 中国微生物组计划—农作物微生物组

• 应用生态学报：东北黑土区不同纬度农田土壤真菌分子生态网络的比较

• Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！

• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应

• Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用

• Nature综述：人类微生物培养及培养组学culturomics

• NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态

• NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性

• NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态

• NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用

• NRM：多年冻土的微生物组

• Nat Rev Gastroenterol Hepatol: 给医生的菌群分析指南上 下

• PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌

• NAR：MicrobiomeAnalyst微生物组分析师——统计、可视化和元分析微生物组数据的网页工具

• Nature综述：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落

• Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控

• Cell: 宏基因组学成为病毒分类新方法

• Nat Rev Microbiol：呼吸道菌群—呼吸道健康的守门人

• Nat. Plant: 可持续农业生态系统中的核心微生物组

• Cell：代谢控制中的脑肠轴

• Cell:人体肠道细菌与自身细胞的比例究竟是多少？

• COM: 土壤微生物组——从宏基因组学到宏表型组学

• Ann. Rev.：植物微生物组—系统见解与展望

• Ann. Rev.：微生物组与人

• 微生物组学与植物病害微生物防治

• 组学重建真菌现有分类系统

• FEMS: 森林微生物组多样性，复杂性和动态变化

• Nature Microbiology: 微生物数据的系统发育分析方法

• Protein&Cell解析宿主基因组和微生物的复杂互作

• Microbiome植物内部微生物的相互作用

• 微生物组学研究的可再现性、可重现性、稳定性与普适性

• TPS：植物相关微生物群在传统草药中的作用

• Nature Microbiology：微生物与海洋全球变化

• NBT：根际微生物组抗番茄枯萎病

• Nature：益生菌清除致病菌的机制 科普：原来益生菌是这么搞定致病菌的

• Nature: 高通量细菌分离培养鉴定

• Nature：根系菌群参与磷胁迫和免疫的平衡

• Nature: EMP揭示地球多尺度微生物多样性

• Nature：环境vs基因，谁对肠道菌群影响更大？

• Nature：人类肠道微生物组的肠型

• Nature：如何做一篇肠道菌群免疫的顶级文章-高盐与高血压

• Nature：肠道菌群代谢物调节肠道与免疫

• Nature: 拟南芥根微生物组的结构和组成

• Nature: 地球上最古老的热液喷口发现早期生命迹象

• Nature: 甘露糖苷选择性抑制致病性大肠杆菌

• Nature：乙酸盐通过介导微生物-脑-β细胞轴促进代谢综合征

• Nature：人工甜味剂改变小鼠肠道菌群组成及功能

• Nature：土壤细菌具有多种合成次级代谢物的基因

• Nature: 海洋病毒对环境基因组和潜在的生物地球化学影响

• TM：宏基因组学揭示海洋微生物及其病毒的生态学

• Nature综述：宏基因组时代的病毒分类

• Nature：全球表层土微生物组群落结构和功能

• Nature-2018-抗菌药物组合有望特异性治疗耐多药性的细菌感染

• Nat. Genet.：微生物如何适应植物的？ 评论 正文

• NBT: 宏表观组—DNA甲基化辅助宏基因组binning

• NM: 宏基因组软件评估—人工重组宏基因组基准数据集

• NC.：降低微生物群落复杂度突破组装难题

• NC：宏基因组学提示曙古菌门的代谢和进化(中大李文均组)

• NM：植物根系分泌物影响菌群结构

• NM：丰度决定了细菌在复杂群落中的功能作用

• CHM:小肠菌群与脂肪的消化和吸收密切相关

• GigaScience:植物MWAS研究—谷子产量与微生物组关联分析

• Microbiome：微生物组研究中你必须注意的细节

• Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环

• Microbiome：HiSeq平台16S扩增子文库构建方法

• Microbiome：植物根际微生物组也有昼夜节律

• Microbiome: 简单套路发高分文章—杨树微生物组

• Microbiome: 植物生态位和基因型对微生物的影响

• Microbiome：肠道菌群失衡促进高血压

• Microbiome：重新定义“卫生”概念

• Microbiome: 绝对定量环境样本细菌、真菌、真核群落丰度

• Microbiome: 培养组学对已分离人类细菌和古菌物种库的贡献

• Microbiome：空间尺度对华北平原麦田土壤细菌群落的影响(南土所褚海燕组)

• Microbiome: 黄龙病破坏柑橘根部相关微生物菌群从根际到根面的富集过程

• Microbiome：在人工肠道中建立动态线性模型指导设计和分析微生物组研究

• Nat. Med.:菌群与疾病的关：先有鸡还是先有蛋？

• NM: 四分之一常用的非抗菌药物，居然也会抑制人体肠道菌群？

• Science: 肠道微生物可以转移到肝脏促进先天性免疫疾病发生

• Science：肠道菌群介导胆汁代谢通过NKT细胞调控肝癌

• Science：微生物群落的构建过程具有趋简性

• Gut-2018-菌群标志物有望诊断早期肝癌 PPT和视频讲解

• Gut-口腔微生物可以预测直肠癌

• Cell子刊：碳水化合物限制饮食对人类肝脂肪变性的快速代谢益处的综合理解 看“低碳饮食“大法如何降低肝脏脂肪

• PNAS：水稻微生物组

• PNAS-2018-病原菌在植物免疫下的转录组

• PNAS-2018-根系分泌物香豆素调控微生物群落结构并促进植物健康

• PNAS-2018-玉米根际的大规模田间重复研究确定可遗传的微生物 方法解读

• PNAS-2017-人工构建玉米极简微生物组

• PNAS: 儿童生长发育迟缓 = 长期饥饿？

• ISME宏转录组揭示参与深海碳氮循环的微生物

• PLOS Biology: 发现一种固氮玉米

• PBio-2018：如何设计可预测植物表型的微生物组

• npjsba-2018-用肠道微生物模型指导个性化膳食缓解局部性肠炎

• SBB：长期施肥影响土壤固氮菌的群落装配过程

科普视频*寓教于乐

• 一席-赵立平-大树细菌

• 肠道—刘洋彧-建肠道菌群生态网络

• CCTV9让尸体说话-法医密档

• 走进科学：枯草芽孢杆菌替代畜牧业抗生素添加

• 走进科学：锄禾者新说

• NHK再造人类生命的神奇细胞

• NHK一片看懂肠道菌群在人体中的作用

• NHK生命大跃进

• BBC人体奥秘之细胞的暗战

• BBC人体奥秘Inside.the.Human.Body

• NGC人体内旅行Inside.the.Living.Body

• NGC子宫日记Womb

• 原来益生菌是这么搞定致病菌的

• CNS接连发文背书，原来生姜这么神奇

• 漱口水增加糖尿病，高血压风险

• 一顿寄生虫大餐，或能治好干净引来的免疫病

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• 盘尾丝虫病——河盲症

• 结核菌——抗药性的严峻形式

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• 脂肪肝，应该拿你怎么办

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• 饮食、生物钟、肠道菌群的“三角恋”

• 艾滋病交响诗

• 被传染艾滋

• 梅毒狂想曲

• 厌氧君和好氧君谁是明日之子

• Nature: 你的肠道菌群是遗传自你父母还是后天

• Cell: 为了PK抗生素而服用益生菌？后果竟然如此严重