连载 | 基因组如何进化？(1)

翻译自《Molecular Biology of the Cell》第六版 (2015)，p216, How Genomes Evolve。作者：Bruce Alberts等

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基因组如何进化

在此节中，我们将概述基因和基因组随着时间的推移其进化的一些方式，以产生我们星球上巨大多样性的现代生命形式。

对数千种生物的基因组测序，正在彻底改变我们对进化过程的看法，不仅揭示了生物之间家族关系的惊人丰富信息，还揭示了进化过程中的分子机制。

在各种各样的生物中发现具有相似功能的基因也许并不奇怪。但过去30年的重大发现是，许多基因的实际核苷酸序列在多大程度上是保守的。同源基因 (Homologous gene)，即由于共同祖先 (通常可在巨大的系统发育距离上被识别出来)而在核苷酸序列和功能上相似的基因。许多人类基因的无可争议的同源物 (Homolog)，存在于线虫、果蝇、酵母甚至细菌等多种生物中。在许多情况下，这种相似性非常接近，例如，酵母基因的蛋白质编码部分可以被其人类同源物所取代，即使人类和酵母有着超过十亿年的进化历史。

正如原文第3章所强调的，序列相似性的识别已成为推断基因和蛋白质功能的主要工具。尽管序列匹配不能保证功能的相似性，但其已被证明是一个很好的线索。因此，通常可以通过将核苷酸序列与其它更容易研究的生物体中已被表征的基因序列进行比较，来预测人类中没有生化或遗传信息的基因的功能。

一般来说，单个基因的序列比整个基因组结构保守得多。当比较远缘生物体时，发现基因组组织的特征 (如基因组大小、染色体数量、基因沿染色体的顺序、内含子的丰度和大小以及重复DNA的数量)差异很大，每个生物体包含的基因数量也是如此。

基因组比较 (Genome Comparison)通过进化过程中的保守性，揭示了功能性DNA序列

解释人类基因组中32亿个核苷酸对序列的第一个障碍是，其中大部分可能在功能上并不重要。基因组中编码蛋白质氨基酸序列 (外显子)的区域通常位于短片段中 (平均大小约为145个核苷酸对)，这是DNA海洋中的小岛，其 (此DNA海洋)确切的核苷酸序列被认为大多无关紧要。这种排列使得很难识别一段DNA中的所有外显子，而且通常也很难准确确定基因的起点和终点。

破译我们基因组的一种非常重要的方法是：寻找不同物种之间非常相似的DNA序列，其原理是，有功能的DNA序列比没有功能的序列更有可能被保守 (Conserved)。

例如，人类和小鼠被认为在大约80×10^6 (八千万)年前与一个共同的哺乳动物祖先分道扬镳，这足以让它们巨大基因组中的大多数核苷酸，被随机突变事件所改变。因此，在这两个基因组中，唯一保持密切相似的区域，是那些突变会损害功能并使携带突变的动物处于不利地位的区域，导致它们通过自然选择从种群中消除。这种非常相似的DNA序列片段被称为保守区。

除了揭示编码功能重要的外显子和RNA分子的DNA序列外，这些保守区域还将包括：调控性DNA序列，以及功能尚不清楚的DNA序列。相比之下，大多数非保守区，将反映其序列对于功能不太重要的DNA。

通过在这种比较中，纳入大量基因组已被测序的物种的基因组，如大鼠、鸡、鱼、狗和黑猩猩，以及小鼠和人类，可以提高这种方法的威力。通过这种方式揭示了持续数亿年的漫长自然“实验”的结果，这种比较DNA测序研究 (Comparative DNA sequencing study)突出了我们基因组中最有趣的区域。

比较基因组显示，大约5%的人类基因组由“多物种保守序列”组成。令我们惊讶的是，这些序列中只有大约三分之一编码了蛋白质（下表 1.5%/(1.5%+3.5%)）。

许多剩余的保守序列，由含有参与基因调控的蛋白质结合位点簇的DNA组成，而另一些则产生不翻译蛋白但对其它已知目的很重要的RNA分子。但是，即使在研究最深入的物种中，这些高度保守的序列中的大多数的功能仍然未知。这一非凡的发现，使科学家们得出结论，我们对脊椎动物细胞生物学的了解比我们想象的要少得多。当然，有巨大的新发现机会，我们应该期待更多的惊喜。

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