RNA-seq linux 上游分析

已于 2023-03-17 20:23:19 修改
阅读量227 收藏
点赞数 1
文章标签： linux 运维 服务器
于 2022-10-20 18:17:24 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/qianmengc/article/details/127411417
版权

1.下载安装miniconda，创建rnaseq环境，相关软件都安装再rnaseq中

conda activate rnaseq启动环境    deactivate退出

2. prefetch --option-file SraAccList.txt 获取sra文件

文件合并在一个文件夹  cp ./SRR*/*.sra ./sra
 格式转换  fastq-dump  --split-3 --gzip
 

3.生成质控报告.html   fastqc -o . *.gz    -o是输出文件位置

multiqc将各个样本的质控报告整合为一个

multiqc  .            在当前文件夹

生成一个文件夹一个html

qianmengc
关注
RNA-SEQ的上游分析及数据处理
acetyl_coa1741的博客
07-08 754
RNA-SEQ的上游分析及数据处理
RNA-seq——上游分析练习（数据下载+hisat2+samtools+htseq-count）
Dzfly
08-25 1908
写在前面——之前使用的数据是单端测序，但是现在的数据基本都是双端测序。所以又找了个双端测序的例子来练习。之前在单端测序数据中，因为参考基因组注释文件找的不对，所以reads计数没有做好。这次数据质量不错，所以省略了质控和清洗，直接进入主题。由于租的服务器是2核＋8G的，所以在生成sam文件和sort以及htseq-count都花费了大量的时间（四个样本集整整跑了将近一整天）。不过最后结果算是复现出来了，甚是欣慰。
RNA-seq数据上游分析流程（从原始数据开始）
weixin_40640700的博客
03-25 2万+
数据分析的基本思路 （1）从ncbi的geo或者其它数据库中查找自己感兴趣的RNASeq数据，至少要求给出如下信息： 该套数据所发表的文章的名字： 该套数据的下载网址： 该套数据基本情况介绍（简介以及该套数据包含多少个样本，分为多少种类型，以及每种类型有多少个样本） （2）对芯片数据进行质量控制评价及处理（如果质量差的话，每个样本都应该处理）， 可以用软件Fastqc+Trimmomatic配合使用,也可以用其它软件替换 （3）用TopHat2 + Cufflinks+Hisat系列软件进.
RNA-seq上游分析流程
weixin_64813375的博客
03-02 1016
RNA-seq上游分析流程
小鼠RNA_seq数据上游分析学习总结&流程
最新发布
焦解糖的博客
06-11 1554
出现该界面，按回车出现这些内容就按键盘上的 q 键输入yes出现这个界面就按回车键，就会进入安装状态，可能需要一些时间输入yes，安装完成然后退出登录，重新进行登录登录以后再输入命令的地方最前面会多出一个(base)，这就说明安装好了如果我们想安装某个软件，可以首先用命令搜索一下这个软件在anaconda中是否存在比如转录组数据处理中经常用的比对软件hisat2conda有些软件安装不上，可能是因为用的命令不对例如，下载bowtie2conda。
RNA-seq——学习路线、学习经验、实战项目、学习总结
Dzfly
09-12 1308
转录组分析的学习路线、实战项目、学习经验、学习总结。
RNA-seq——上游分析练习2（数据下载+trim-galore+hisat2+samtools+featureCounts）
Dzfly
12-18 4316
本文是转录组上游分析的实战练习。
第四次考核 Jimmy 学徒考核 Linux安装软件 rna-seq上游分析 Linux上游 颜色配置 命令行配色 kingfisher
生信小博士的博客
12-04 716
添加命令 export PATH=$PATH:/path/to/bwa-0.7.12/bin # Add bwa to your PATH by editing ~/.bashrc file (or .bash_profile or .profile file) 在全新服务器配置转录组测序数据处理环境 1.2 配置rna转录组环境 1.3 下载并且整理数据库文件 数据下载也是老规矩，利用prefetch下载SRA数据，准备进行转录组数据分析。在GSE数据集对应网页，点击SRA_R
RNA-seq第四期——HTSeq-count对reads进行计数
qq_53971833的博客
09-04 4374
RNA-seq第四期——HTSeq-count对reads进行计数
Linux做RNA-seq上游分析基本流程
Senoh的博客
03-16 4290
本机处理器两核心两线程（多核心多线程在比对时占优），操作系统是Linux，发行版是deepin20.1社区版
RNA-seq分析
Cassiel60的博客
04-19 2527
最近发现这个网站的博客不合适放很多文件的项目，所以需要结合github一起来记录。 第一次做RNA-seq，是完全按照这篇文章（PMID:27560171）进行跑流程的，虽然刚开始做的时候不是很懂，但是做完了整个流程（Hisat2+Stringtie+Ballgown）后，就明白了。 下载：Hisat2+Stringtie+Ballgown GFF 工具 这是17年就做好的分析，所以可能...
Linux 术语中上游和下游到底在说什么？
技术宅，专注云原生、Go、Linux、Java等技术分享，原创文章、效率工具、实战解决方案！关注我，了解互联网动态，学 IT 不迷路
01-23 1861
Linux 术语中上游和下游到底在说什么？
第二章 RNA-seq一般分析流程全套
热门推荐
laurelgirl的博客
02-22 3万+
提前申明：该贴参照于https://www.jianshu.com/p/e8cd62ba14fe 标题1. 用conda安装RNA-seq所需要 #启动conda自设环境 conda activate python3 或者用 source activate python3 #安装所需软件(conda可以同时安装多个软件，但是建议初学者还是选择逐一安装，避免出现错误) conda inst...
RNA-seq数据分析
yiyaaaaaaaa的博客
03-02 7561
一、数据收集 1.NCBI GEO数据库收集相关RNA-seq数据 样本信息以及引用文献可以点击对应链接查看 2.SRA Run Selector 查看数据单双端类型（SINGLE or PAIRED)及分组信息 可以点击Accession List下载对应的SRR_Acc_List.txt 二、RNA-seq 处理流程 使用HISAT, StringTie and Ballgown处理流程 <一>下载并解压SRA文件 1.根据下载的SRR_Acc_List.txt下载原始sra文件至SRR
RNA-seq转录组数据分析丨一套完整的案例流程
青笋的博客
12-11 6852
今天分享的学习笔记是一套转录组分析简单流程，适用于初学者入门阅读，从原始测序数据开始，经过质控、序列比对、定量表达、差异表达、功能富集等一系列分析步骤，最终获得基因表达信息。本文所有数据都经过特殊修改，仅供学习参考使用。 ” 转录组是在特定时空条件下细胞中基因转录表达产物，广义的转录组包括信使RNA，核糖体RNA，转运RNA及非编码RNA，狭义上是指所有mRNA的集合，转录组分析能够获得不同基因的表达情况。 1. 数据来源 假设有两个不同组织（PR和SR），每个组织各区三个样本，一共六个样本，利用ill
生信步骤|转录组测序上游分析：hisat2+samtools+stringtie
学术程稻属
01-12 7583
转录组分析在当下研究功能基因组领域十分常用。相关软件组合种类也十分丰富，本文采用了hisat2+samtools+stringtie策略从转录组数据中挖掘差异表达基因。在这里小编整理了一下此套组合的执行流程，以供日后查阅；同时分享在平台，如果能帮助到更多初学者，小编将不甚荣幸，如有谬误也希望各路大佬批评指正。 先从整体上看一下软件们所执行的功能： hisat2：建立参考基因组索引，reads的比对 samtools：sam2bam的转化 stringtie：估算转录本表达量
RNA-Seq数据分析
huangliangbo的专栏
10-13 1万+
从原始的数据开始，进行reads回帖，到拼接转录本，计算表达量，分析差异表达，最后可视化分析结果。     TopHat是一个把reads回帖到基因组上的工具。首先用Bowtie把reads回帖到基因组上，然后通过拼接，我们就可以在基因组上看到一些reads堆叠起来的区域，称为consensus,这些consensus可能是一个真的外显子，也有可能是几个外显子拼在一起的，或者一些别的情况。我们知
<二代测序> 批量下载 NCBI sra 文件
自由 平等~忠诚 奉献
04-06 1万+
前文 http://blog.csdn.net/tanzuozhev/article/details/51077222 介绍了如何采用 sra-toolkit 下载 sra 文件，但是如果你想下载整个项目的所有样本，应该怎样批量下载呢，下面参考biostar网站的部分回帖，做简单介绍。R语言 SRAdb 包参考 https://www.biostars.org/p/93494/# 安装 sou
向Linux上游社区提交补丁
xhjcehust的专栏
07-26 1943
安装git-email： $ sudo apt-get install git-email 配置SMTP server: $ git config --global sendemail.smtpserver smtp.gmail.com $ git config --global sendemail.smtpserverport 587 $ git config --global
rna-seq数据分析 python
04-01
在Python中，有许多用于RNA-seq数据分析的库和工具，可以帮助我们进行数据处理、差异表达分析、功能注释等。 以下是一些常用的Python库和工具，用于RNA-seq数据分析： 1. NumPy：用于处理数值计算和数组操作。 2. ...
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值