RNA-seq分析

最新推荐文章于 2024-07-27 17:40:25 发布
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分类专栏： 生物信息分析 回顾
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本文链接：https://blog.csdn.net/Cassiel60/article/details/89399973
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博主首次进行RNA-seq分析，遵循PMID:27560171中的流程，包括Hisat2+Stringtie+Ballgown步骤。尽管初始不熟悉，但完成流程后理解加深。文章提及已有更先进的Hisat2+Htseq+DESeq2流程，并计划更新。内容涵盖软件安装、流程图、数据下载和后续在GitHub上的更新。
摘要由CSDN通过智能技术生成

最近发现这个网站的博客不合适放很多文件的项目，所以需要结合github一起来记录。

第一次做RNA-seq，是完全按照这篇文章（ PMID:27560171）进行跑流程的，虽然刚开始做的时候不是很懂，但是做完了整个流程（Hisat2+Stringtie+Ballgown）后，就明白了。

下载：Hisat2+Stringtie+Ballgown

GFF 工具

这是17年就做好的分析，所以可能不是最新的，听说已经有更好的流程了，Hisat2+Htseq+DESeq2，后面再持续更新这个。

1，安装软件


# HISAT2
wget ftp://ftp.ccb.jhu.edu/pub/infphilo/hisat2/downloads/hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip
unzip hisat2-2.1.0-Linux_x86_64.zip

# StringTie
wget http://ccb.jhu.edu/software/stringtie/dl/stringtie-1.3.4d.Linux_x86_64.tar.gz
tar -zxvf stringtie-1.3.4d.Linux_x86_64.tar.gz


# Ballgown
# 是R的一个包
source("https://bioconductor.org
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