Perl练习03计算落在每个kmer区间中reads数目，GC碱基数目，GC比

 

解决问题：计算每个1M bin区间中的reads数目，GC碱基数目，GC比

输入文件1

file1，kemr区间文件，按照1M每个bin区间

chr1 7000001

chr1 8000001

chr1 9000001

chr1 10000001

chr1 11000001

chr1 12000001

chr1 14000001

chr1 15000001

chr1 16000001

chr1 18000001

chr1 19000001

chr1 20000001

输入文件2

file2，sam文件

问题解决代码：reads_inbin.pl

#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;

#存储每个bin的区间{chr1=>{1000001=>0,2000001>0.......}}
my (%bin,%GC,%ATGC);
open BIN,"<",$ARGV[0];