GFF/GTF简介及格式转换

最近做转录组的比对时，在建立索引过程中，遇见一个问题，就是我从ncbi下载的序列文件和gtf文件中，染色体命名规则竟然不一样，但序列文件和gff文件染色体命名规则是一样的，具体来说：序列文件和GFF文件中染色体位置以GWHAMMI开头，可是，gff文件又没办法直接和基因组fasta文件搭配使用，只好将 gff文件转gtf文件了。

gff和gtf格式都可以储存基因信息，有很多共同点，存储信息侧重点又不一样，最主要的是不同的软件对于文件格式的要求不同，有时候你找不到需要的格式文件时，就得用另一个格式文件进行转换，我这次就得把gff文件转为我需要的gtf文件。

一、GFF/GTF简介：

GFF全称为general feature format，这种格式主要是用来注释基因组；

GTF全称为gene transfer format，主要是用来对基因进行注释。

GTF文件以及GFF文件都由9列数据组成，这两种文件的前8列都是相同的，非常好理解，区别在于第九列;

二、GFF/GTF****文件比较

GFF文件每一列所代表的含义前面表格中有，但请注意，它的第3列feature type是不受约束的，你可以使用任意的名称。

我们需要注意的是GFF文件的第9列，从第二版开始(GFF2)，所有的属性都以标签``=``值的方式呈现，各个属性之间以;作为分隔符。

在最新版本的GFF文件中(GFF3)，有一些是已经预先定义的属性特征，并且这些特征往往还有特殊的含义：ID这个标签在各行有；另外有一个Parent的属性，它表明了当前的特征是Parent特征的子集。

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