01读文献并下载数据
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本 文分析的数据来自于文章:Reliability of Whole-Exome Sequencing for Assessing Intratumor Genetic Heterogeneity, Shi et al., 2018, Cell Reports
https://doi.org/10.1016/j.celrep.2018.10.046
原文作者主要是为了对比不同数据处理流程的结果异同与是否可靠,数据处理流程如下:
主要的全外显子组测序有:6 个 case,每个 case 有 5 个样本,分别是一个 Germline,A、B、C 三个 Biological replicate,一个 Technical replicate,一共是 30 个样本。
方法一:下载SRA数据
(不推荐)
NCBI 的 Sequence Read Archive (SRA),每个项目的