04比对结果的质控
我们得到了 bam 文件之后,也要进行质控,可以对测序数据有更深入的理解。因此我们用几种方法来检查 bam 文件结果。
samtools stats
## stats.sh
cat config | while read id
do
bam=./4.align/${id}.bam
samtools stats -@ 16 --reference ~/wes_cancer/data/Homo_sapiens_assembly38.fasta ${bam} > ./4.align/stats/${id}.stat
plot-bamstats -p ./4.align/stats/${id} ./4.align/stats/${id}.stat