08 比较不同注释软件可视化结果

08 比较不同注释软件可视化结果

在 前面两节中，我们比较了不同 vcf 注释软件的使用，以及将注释后的记过转换成了 maf 格式的文件，由于snpeff 注释结果暂时无法转换成 maf，所以后面我们就比较 ANNOVAR、VEP、GATK Funcatator 的注释结果得到的合并后的 maf 文件。首先将拿到的结果载入到R语言中，然后用 maftool 可视化，代码如下：

读入数据

rm(list = ls())
require(maftools)
options(stringsAsFactors = F)
## annovar
annovar.laml <- annovarToMaf(annovar = "./7.annotation/annovar/annovar_merge.vcf", 
                     refBuild = 'hg38',
                     tsbCol = 'Tumor_Sample_Barcode', 
                     table = 'refGene',
                     MAFobj = T)
## gatk
# gatk.laml = read.maf(maf = 'gatk/gatk4.1.4.0_merge.maf')

library(data.table)
tmp=fread('./7.annotation/funcatator/funcatator_merge.maf')
gatk.laml = read.maf(maf = tmp)

## vep
vep.laml = read.maf(maf = './7.an