生物信息学中的R环境配置 以及Debug方法
开始设置
1、建议使用VSCode + conda + 远程R
2、 VSCode配置
安装插件
Remote-SSH
R
R Debugger
安装好插件后,远程设置
链接成功后,设置项目
然后点击OK, 就可以了
3、 linux conda 和 远程R配置
确保有conda
安装R:
# 首先添加必要的 channels
conda config --add channels defaults
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
#更新conda
conda update conda
# 然后创建环境
conda create -n r_bioinfo -c conda-forge r-base=4.3
# 激活环境
conda activate r_bioinfo
缺少依赖,则安装(必要项):
conda install -c conda-forge gcc
conda install -c conda-forge gxx
conda install -c conda-forge gfortran
conda install -c conda-forge make
conda install -c conda-forge zlib
conda install -c conda-forge libxml2
conda install -c conda-forge libcurl
conda install -c conda-forge openssl
conda install -c conda-forge hdf5
conda install -c conda-forge pcre2
conda install -c conda-forge freetype
conda install