用Pymol的pythonAPI来获取原子所属残基的信息

import pymol2
with pymol2.PyMOL() as pymol:
    pymol.cmd.load("1A8O.pdb")
    for atom in pymol.cmd.get_model("all").atom:
        residue = atom.resi # 获取原子所属的残基序号，字符串类型，因为可能有插入码
        res_name = atom.resn # 获取原子所属的残基名称，如ALA, GLY等
        print(atom, residue, res_name)

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此外，pymol还有很多python API的用法：PyMOL API-only Function Reference

例如：将所选结构中的obj的名字一个一个打印出来

seleobjs = cmd.get_ object_ list('(sele)')

for obj in seleobjs: print obj

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使用Pymol运行python脚本中pymol操作的运行方法：

1.打开终端，输入：pymol pml文件/py文件

2.打开GUI>直接将 pml/py script 拖拽进 pymol window

3.打开GUI >  pymol的工作路径改为脚本所在的文件夹，在GUI的命令行中输入@script.pml 或者 run script.py

4.打开GUI> file > RUN Script…