htsjdk库BAMRecord类介绍

1. BAMRecord 类简介

BAMRecord 类继承自 SAMRecord 类，并扩展了其功能，以便更高效地处理 BAM 文件的二进制数据。它封装了对 BAM 特定格式的读取和写入操作。

2. 主要属性和方法

属性

BAMRecord 类继承了 SAMRecord 类的所有属性，并添加了一些与 BAM 格式相关的特性。SAMRecord 类的主要属性包括：

• readName: 读取的名称。
• flags: 包含 SAM/BAM 标志位的信息，表示该读取的一些属性（如是否是第一个片段、是否是反向互补序列等）。
• referenceName: 读取所比对到的参考序列的名称。
• alignmentStart: 读取比对到参考序列的起始位置。
• mappingQuality: 该读取比对的质量得分。
• cigarString: CIGAR 字符串，描述了读取比对到参考序列的方式。
• mateReferenceName: 配对读取（mate）比对到的参考序列的名称。
• mateAlignmentStart: 配对读取比对到参考序列的起始位置。
• insertSize: 插入片段大小。
• readBases: 读取的碱基序列。
• baseQualities: 碱基质量分数。

方法

BAMRecord 类继承并实现了 SAMRecord 类中的方法，同时也可能包含一些特定于 BAM 格式的方法。主要方法包括：

• getReadName(): 返回读取的名称。
• getFlags(): 返回读取的标志位信息。
• getReferenceName(): 返回读取比对到的参考序列名称。
• getAlignmentStart(): 返回读取比对到参考序列的起始位置。
• getMappingQuality(): 返回读取比对的质量得分。
• getCigarString(): 返回 CIGAR 字符串。
• getMateReferenceName(): 返回配对读取比对到的参考序列名称。
• getMateAlignmentStart(): 返回配对读取比对到参考序列的起始位置。
• getInsertSize(): 返回插入片段大小。
• getReadBases(): 返回读取的碱基序列。
• getBaseQualities(): 返回碱基质量分数。
• setReadName(String readName): 设置读取的名称。
• setFlags(int flags): 设置读取的标志位信息。
• setReferenceName(String referenceName): 设置读取比对到的参考序列名称。
• setAlignmentStart(int alignmentStart): 设置读取比对到参考序列的起始位置。
• setMappingQuality(int mappingQuality): 设置读取比对的质量得分。
• setCigarString(String cigarString): 设置 CIGAR 字符串。
• setMateReferenceName(String mateReferenceName): 设置配对读取比对到的参考序列名称。
• setMateAlignmentStart(int mateAlignmentStart): 设置配对读取比对到参考序列的起始位置。
• setInsertSize(int insertSize): 设置插入片段大小。
• setReadBases(byte[] readBases): 设置读取的碱基序列。
• setBaseQualities(byte[] baseQualities): 设置碱基质量分数。

3. 源代码

/*
 * The MIT License
 *
 * Copyright (c) 2009 The Broad Institute
 *
 * Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
 * of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
 * in the Software without restriction, including without limitation the rights
 * to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
 * copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
 * furnished to do so, subject to the following conditions:
 *
 * The above copyright notice and this permission notice shall be included in
 * all copies or substantial portions of the Software.
 *
 * THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
 * IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
 * FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
 * AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
 * LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
 * OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN
 * THE SOFTWARE.
 */
package htsjdk.samtools;

import htsjdk.samtools.util.StringUtil;

import java.nio.ByteBuffer;
import java.nio.ByteOrder;

import static htsjdk.samtools.SAMTag.CG;

/**
 * Wrapper class for binary BAM records.
 * Delays unpacking all data binary until requested.
 */
public class BAMRecord extends SAMRecord {
    /**
     * Offset of the read name in the variable length section of the disk representation of BAMRecord
     */
    private static final i