htsjdk库QualityUtil类介绍

QualityUtil类是一个用于处理质量分数和错误概率的工具类，主要用于计算和转换测序数据中的质量分数。这些操作在基因组数据分析和处理过程中非常重要，因为质量分数（Phred score）是衡量测序读数质量的标准。

Phred分数介绍

Phred分数（Phred score）是用来量化测序数据质量的一种标准。它由Phil Green（即Phred的发明者）在1990年代初期开发，用于表达每个碱基调用的准确度。Phred分数反映了测序中每个碱基被正确识别的概率。

• 定义：Phred分数是基于错误概率计算的，其公式如下：

  

• 其中，错误概率是一个介于0和1之间的值，表示测序错误的可能性。

• 解释：

  • Phred分数的单位是logarithmic，即分数每增加10个单位，相应的错误概率就降低10倍。
  • 例如，Phred分数为30表示错误概率为0.001（即0.1%），而Phred分数为20表示错误概率为0.01（即1%）。

Phred分数和错误概率的换算