PyRosetta进行蛋白质对接

在Rosetta中，蛋白质-蛋白质对接（docking）过程通常分为以下几个步骤：

1. 准备阶段

• 需要准备好两个蛋白质的PDB结构文件，将它们放置在合理的位置上。理想情况下，两者的相互作用界面靠近，但无需完全对齐。常见的做法是将两个链放入同一个PDB文件中。

2. 低分辨率对接 (粗略对接)

• 首先，通过随机或系统的平移和旋转来尝试多种蛋白质构象组合，进行快速采样。此阶段采用的是粗略的“打分函数”（如 Rosetta 的 centroid 代表性模型），以加快计算。

3. 高分辨率对接 (精细优化)

• 粗略对接后，使用高分辨率的全原子打分模型，优化相互作用界面。这一步会包含侧链优化和能量最小化等步骤。

4. 能量最小化

• 对对接后的复合体进行全局的能量最小化，确保其稳定性并得到一个合理的构象。

PyRosetta 中蛋白质-蛋白质对接示例代码

准备：

下载6owd.pdb，用Biopython提取和分离复合体6owd.pdb文件为6owd_A.pdb和6owd_B.pdb。Biopython提取和分离复合体PDB文件中所有链的结构信息-CSDN博客

示例代码：