Rosetta蛋白质对接协议介绍

rosetta.protocols.docking是 Rosetta 中用于蛋白质对接的模块，包含了一系列与蛋白质对接相关的协议和工具，这些协议可以帮助执行从低分辨率粗略对接到高分辨率精细优化的各种任务。下面是一些常用的对接协议和相关的 movers：

常用对接协议与 movers

1. DockingLowResMover:

   • 功能: 执行低分辨率对接。在该阶段，使用的是“简化的打分函数”（centroid 模型），这是一种粗略的采样，主要在全局平移和旋转两个蛋白质链来找到可能的对接位置。
   • 应用场景: 用于初步采样，快速找到可能的对接构象。
   • 常用方法:

dock_lowres = rosetta.protocols.docking.DockingLowRes()
dock_lowres.apply(pose)

DockMCMProtocol (Docking High Resolution Protocol):

• 功能: 执行高分辨率的对接优化。这是 Rosetta 对接流程的核心部分，它将采样得到的低分辨率结构通过全原子模型（full-atom model）进行精细优化，优化相互作用界面，并考虑侧链重建与旋转异构体打包（rotamer packing）。
• 应用场景: 在低分辨率对接之后，进一步优化对接界面的细节。
• 常用方法: