零基础小白笔记8 | 将bam文件转换为bw文件并进行可视化

❀前言：（书接上回）

零基础小白笔记1 | ChIP-seq原理、操作流程、分析流程

零基础小白笔记2 | 数据与样本信息处理

零基础小白笔记3 | 数据处理与质控

零基础小白笔记4 | 数据质控报告全解读

零基础小白笔记5 | 数据清洗与再次质控

零基础小白笔记6 | 使用bowtie2进行数据比对

零基础小白笔记7 | 对bam文件进行去重和过滤

一、将bam文件转换为bw文件：

1.bw文件，即bigwig文件，是一种常用的用于存储基因组测序数据的文件格式，它允许高效存储大量基因组范围的信号数据，并支持快速的数据检索与可视化。

2.使用工具：deeptools是一个用于深度分析测序数据的工具集，其中包含多个子命令，其中bamCoverage可以将BAM 文件转换成 BigWig 格式的输出文件。

conda install deptools

3.使用bamCoverage进行格式转换：

bamCoverage \
-b /your/input/file_sort_picard_filter.bam \
-o /your/output/file_sort_picard_filter.bigwig \
--binSize 10 --normalizeUsing RPKM \
--scaleFactor 1 --numberOfProcessors 6

（3.1）使用用法：

• -b：用于指定输入的 BAM 文件；
• -o：用于指定输出的Bigwig文件目录；
• --binSize：用于设置每个输出 bin 的大小，即在生成 BigWig 文件时将测序覆盖度等信号数据按照每 10 个基因组单位进行划分和计算；
• --normalizeUsing：进行归一化，确保在不同样本之间比较时考虑到测序深度的影响；
• --scaleFactor ：设置缩放因子为 1，表示不进行额外的信号缩放，保持原始信号的数值；
• --numberOfProcessors：使用的线程数；

二、使用IGV进行可视化：

下载链接：Download IGV - IGV Desktop Application

1.田田目前使用的是windows系统 + mobaxterm远程终端连接linux服务器 + windows版本IGV；

所以bw文件在转换完成后需要先下载到本地才能在IGV上进行可视化分析；

2.使用步骤：

（2.1）从本地导入bigwig文件：

（2.2）设置参考基因组为mm10（本次实验动物模型），选择染色体及区域，最左侧轴设置显示区域的大小；

（2.3）设置纵轴大小一致：

3.详细操作步骤大家也可以自行查找相关视频或文章。