[samtools]view命令简介

 Samtools，虽然叫做samtools，但是其在人重分析中操作的对象主要是BAM文件，有点名不副实啊。现在每天记录一点samtools的命令，版本为1.3.1。

  samtools view [options] in.sam | in.bam | in.cram[region...]

  这条命令将输入文件转换成输出文件，通常是将比对后的sam文件转换为bam文件。bam文件是sam文件的二进制格式，更加节省存储空间而且操作速度更快。如果没有指定option和region选项，则会在屏幕中显示sam格式的文件，如下所示。

在没有指定region的情况下，默认输出所有region。参数-b，-C，-1，-u，-h，-H，-c可以设置输出文件的格式，-o和-U参数设置输出文件名。-t和-T参数需要提供额外的参考数据。在人重中，提供参考基因组的fai文件。参数-L，-r，-R，-q，-l，-m，-f，-F用来设置过滤条件。参数-x，-B，-s用于修改数据。

      region参数的格式为：RNAME[:startpos-[endpos]]，例如：chr1，chr2:1000，chr3:1000-2000。

      下面介绍几个常用的参数：

      -b：输出文件为bam格式；

      -t：FILE，一个制表分隔符的文件，对ref.fa使用命令“samtools faidx <ref.fa>”后，获得索引文件ref.fa.fai，使用此索引文件即可；

      -S：提高与以前samtools版本的兼容性；

      -F：INT，获得mapped过滤设置，0为未设置；

      -f：INT，获得unmapped过滤设置，0为未设置；

      -h：输出中包含头信息；

      -o：设置输出文件名；

      -T：FILE，使用fa格式的参考序列，可以使用bgzip格式的文件和使用samtools faidx命令获取的索引文件；

      下面是一些例子：

       

#! /bin/bash
#sam转换为bam
samtools view -b -S -t ref.fai lane.sam > lane.bam
samtools view -bS lane.sam -o lane.bam
#提取比对到参考基因组上的数据
samtools view -b -F 4 lane.sam > lane.bam
#提取没有比对到参考基因组上的数据
samtools view -b -f 4 lane.sam > lane.bam
#提取paired reads中比对到参考基因组上的数据
samtools view -b -F 4 -f 8 lane.sam > only.read1.mapped.bam
samtools view -b -F 8 -f 4 lane.sam > only.read2.mapped.bam
samtools view -b -F 12 lane.sam > all.mapped.read1.read2.bam