虽然浩浩老师永远看不到这一篇博客,还是很谢谢他昨天那么耐心帮助我。——题记
Biocondctor各种包的升级,还有R各种升级,还有包之间的各种依赖,还有各种安装包的方法,是比较让人心慌慌的。再加上linux的操作环境,相信像我这种的小白白,装个想用的包总会出问题。
1、 你可应通过bioconductor或者githup来装包,命令如下:
Bio:
source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"-----这个是换镜像源,很多时候装不成是因为网不行。
biocLite("methylKit")
git:
install.packages("devtools")----安装devtools
library(devtools)-----调用一下
install_github("al2na/methylKit", build_vignettes=FALSE,
repos=BiocInstaller::biocinstallRepos(),
dependencies=TRUE)
如果这个不成功,可以试试这个:
install_github("al2na/methylKit", build_vignettes=FALSE,
repos=BiocInstaller::biocinstallRepos(),
dependencies=TRUE,type="source")
真是一个再简单不过的事情了,但是总会出现各种不愉快:
2、 说说我的不愉快和解决方法
无论用哪种方法,我总是卡在一个包:Rhtslib
你在安装一个包的时候,他会自动帮你安装依赖包,但是这也导致你可能没办法搞清楚其中一个包没安装上,到底是因为什么,这时候建议,单独安装这个包试试!就可能知道到底哪里出问题了!
biocLite("Rhtslib ")
抛错:
configure.ac:30: error: Autoconf version 2.67 or higher isrequired
原本的那个错误我找不到了,反正就是说我用的这台机器的Autoconf,版本太久了,要更新的意思。其实更新了Autoconf之后我安装就正常了。
那么怎样更新Autoconf,即便是你没有root权限,只要下载一个源代码,然后装在你的机器上,然后添加到环境变量就可以实现了,就像不普通的软件一样。需要划重点的而是:添加到变量最好添加在path前面,不然他还是先用你之前那个旧的。
怎样添加呢?
代码:
export PATH=/home/wjy/autoconf/bin:$PATH
which autoconf -----这个是看看是不是真的路径变了。
一定要添加到bin这个目录下,不然运行不成功的。
还有一些常用的代码:
1、 echo $PATH
这个可以查看你的path
2、 which autoconf
看看autoconf在哪里
3、 恢复环境变量:把你的环境变量玩儿坏了可以试试这个
export PATH=/usr/bin:/usr/sbin:/bin:/sbin:/usr/X11R6/bin