如何在一台半新半旧的linux上装methylkit

虽然浩浩老师永远看不到这一篇博客，还是很谢谢他昨天那么耐心帮助我。——题记

Biocondctor各种包的升级，还有R各种升级，还有包之间的各种依赖，还有各种安装包的方法，是比较让人心慌慌的。再加上linux的操作环境，相信像我这种的小白白，装个想用的包总会出问题。

1、  你可应通过bioconductor或者githup来装包，命令如下：

Bio：

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/"-----这个是换镜像源，很多时候装不成是因为网不行。

biocLite("methylKit")

git：

install.packages("devtools")----安装devtools

library(devtools)-----调用一下

install_github("al2na/methylKit", build_vignettes=FALSE,

repos=BiocInstaller::biocinstallRepos(),

dependencies=TRUE)

如果这个不成功，可以试试这个：

install_github("al2na/methylKit", build_vignettes=FALSE,

repos=BiocInstaller::biocinstallRepos(),

dependencies=TRUE,type="source")

真是一个再简单不过的事情了，但是总会出现各种不愉快：

2、  说说我的不愉快和解决方法

无论用哪种方法，我总是卡在一个包：Rhtslib

你在安装一个包的时候，他会自动帮你安装依赖包，但是这也导致你可能没办法搞清楚其中一个包没安装上，到底是因为什么，这时候建议，单独安装这个包试试！就可能知道到底哪里出问题了！

biocLite("Rhtslib ")

抛错：

configure.ac:30: error: Autoconf version 2.67 or higher isrequired

原本的那个错误我找不到了，反正就是说我用的这台机器的Autoconf，版本太久了，要更新的意思。其实更新了Autoconf之后我安装就正常了。

那么怎样更新Autoconf，即便是你没有root权限，只要下载一个源代码，然后装在你的机器上，然后添加到环境变量就可以实现了，就像不普通的软件一样。需要划重点的而是：添加到变量最好添加在path前面，不然他还是先用你之前那个旧的。

怎样添加呢？

代码：

export PATH=/home/wjy/autoconf/bin:$PATH

which autoconf   -----这个是看看是不是真的路径变了。

一定要添加到bin这个目录下，不然运行不成功的。

还有一些常用的代码：

1、  echo $PATH

这个可以查看你的path

2、  which autoconf

看看autoconf在哪里

3、  恢复环境变量：把你的环境变量玩儿坏了可以试试这个

export PATH=/usr/bin:/usr/sbin:/bin:/sbin:/usr/X11R6/bin