R及R包的安裝、更新及版本查询

1R包的安裝

1.安裝来自CRAN的R包

install.packages("openxlsx")

2.手动从网上搜索到下载.zip 或.tar.gz 文件到本地，再手动安装

# download the source file
download.file(
"https://github.com/al2na/methylKit/releases/download/v0.99.2/methylKit_0.99.2.tar.gz",destfile="methylKit_0.99.2.tar.gz")
# install the package from the source file
install.packages("methylKit_0.99.2.tar.gz",
                 repos=NULL,type="source")
# delete the source file
unlink("methylKit_0.99.2.tar.gz")

3.Github

devtools::install_github("tidyverse/dplyr") # 或者
remotes::install_github("tidyverse/dplyr")

4.GitHub包文件夹从网页下载下来，解压缩到当前路径（或提供完整路径），再从本地安装它

install.packages("dplyr-master", repos=NULL, type="source")

5.安装BiocManager 包

BiocManager::install("openxlsx")

2 R包的加载、更新、删除

1.加载

library(openxlsx)

2.更新

update.packages("openxlsx")
# updating CRAN packages
update.packages() # 更新所有包
# updating bioconductor packages
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install()

3.删除

remove.packages("openxlsx")

3 R包版本查询

当前已安装R包版本的查询

packageVersion("ggstatsplot")
[1] ‘0.9.1’

在网页上查找R包发布的所有版本

网址（https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/）

安装某一版本的R包

require(devtools)
install_version("ggplot2", version = "0.9.1", repos = "http://cran.us.r-project.org")

4 R软件的更新

更新R版本

install.packages('installr')
library(installr)
updateR()

5 在自定义位置安装包

如果您将在服务器或计算集群而不是您的个人计算机上使用 R，那么您不太可能拥有安装软件包的管理员权限。在这种情况下，您可以通过告诉 R 在哪里查找其他包来在自定义位置安装包。这是通过在您的主目录中设置一个.Renviron文件并添加以下行来完成的：

R_LIBS=~/Rlibs

这告诉 R，您的主目录中的“Rlibs”目录将是查找包和安装包的首选位置（目录名称和位置由您决定，以上只是一个示例）。