R和Python语言之间相互调

对于生物信息分析工程师而言，R和Python是很好的一对配套工具，常有人称左手R右手Python，它们有很多相似之处，二者也可以相互调用，编写脚本流程时非常方便。以下是R和Python相互调用的方法总结。

一、Python调用R

1. python模块rpy2

2. 安装方法：

（1）在Linux系统安装

pip install rpy2或者conda install rpy2（已经安装了Anaconda或Miniconda）

查看是否安装成功

# 进入python环境

python

# 导入模块

import rpy2

（2）在Window10系统安装

快捷键Win+R进入cmd，查看是否有pip工具：pip -V

如果有直接pip install rpy2

3. 使用方法

# 导入python模块：rpy2

import rpy2.robjects as robjects

# 用python语句调用R代码

robjects.r("r_script")

# 用python语句调用R脚本

robjects.r.source("plotting.R")

python调用R脚本，举例如下：

#!/usr/bin/python
import rpy2.robjects as robjects
robjects.r("getwd()")
robjects.r.source("plotting_v5.R")
robjects.r("sessionInfo()")

 

二、R调用Python

1. R包：reticulate

2. 安装方法

（1）在Linux中

# 输入R，进入R命令控制台

R

# 执行安装函数

Install.packages("reticulate")

# 检查是否安装成功

library("reticulate")

（2）在window中

打开R或Rstudio软件

输入命令控制台以下脚本：install.packages("reticulate")

安装完成后，导入该R包

library("reticulate")

3. 使用方法

（1）导入R包

library(reticulate)

（2）Python Packages

py_install("pandas")

（3）导入Python模块

difflib <- import("difflib") difflib$ndiff(foo, bar)

filecmp <- import("filecmp") filecmp$cmp(dir1, dir2)

（4）执行命令脚本

source_python('add.py')

（5）脚本执行

py_run_file("script.py")

py_run_string("x = 10")

（6）获取帮助

os <- import("os")

py_help(os$chdir)

R包reticulate的功能比较多，本次只涉及点皮毛，详细内容请查看rpy2和reticulate的官方帮助文档，rpy2模块适合python简单调用R函数语句和脚本，reticulate包适合R调用Python模块、语句等等，二者组合更强大。