Ubuntu 18.04安装FreeSurfer软件

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Ubuntu 18.04安装FreeSurfer软件

本文是在VM虚拟机里添加Ubuntu18.04并安装Freesurfer软件。以下是所有安装流程。

  • 下载Freesurfer,该软件提供两种下载方式,一种是直接去官网下载.
    下载页面
    • 第二种就是在Ubuntu里使用命令下载:
    wget ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/6.0.0/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz
    
  • 将下载数据移动到/usr/local文件夹下:
sudo mv freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz /usr/local
  • 进入文件夹并解压:
cd /usr/local
sudo tar xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v6.0.0.tar.gz
  • 创建license文本:
sudo touch freesurfer/license.txt
  • 官网申请license,填写相关信息:
    官网申请页面
  • 随后会收到一封邮件,附件包含一份license.txt文档,下载该文件,复制其中的内容
  • 在Ubuntu中输入以下指令:
sudo su
cd /usr/local/freesurfer
gedit license.txt
  • 随后会打开Ubuntu中的license文件,将复制的内容粘贴进去即可。
  • 环境配置
    • 输入以下指令:
    sudo gedit  /etc/profile
    
    在打开文件的最后输入以下语句:
    export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
    • 输入以下指令:
    sudo gedit  /etc/bash.bashrc
    
    在打文件最后输入以下语句:
    export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
    source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
    • 保存,退出。
      配置完成
  • 测试安装是否正确
    • 输入以下指令:
    cp $FREESURFER_HOME/subjects/sample-001.mgz .
    mri_convert sample-001.mgz sample-001.nii.gz
    
    • 会打印出以下语句:
    reading from sample-001.mgz...
    TR=7.25, TE=3.22, TI=600.00, flip angle=7.00
    i_ras = (-0, -1, -0)
    j_ras = (-0, 0, -1)
    k_ras = (-1, 0, 0)
    writing to sample-001.nii.gz...
    
    • 输入以下语句:
    cd $SUBJECTS_DIR
    
    • 再次输入:
     freeview -v \
     bert/mri/T1.mgz \
     bert/mri/wm.mgz \
     bert/mri/brainmask.mgz \
     bert/mri/aseg.mgz:colormap=lut:opacity=0.2 \
     -f \
     bert/surf/lh.white:edgecolor=blue \
     bert/surf/lh.pial:edgecolor=red \
     bert/surf/rh.white:edgecolor=blue \
     bert/surf/rh.pial:edgecolor=red
    
    • 出现以下界面:
      Freesurfer页面

    • 在之后每次打开终端,都会弹出几行代码,我们需要在终端进行环境变量配置:

    export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
    source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh
    

至此,软件安装完成:)

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