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生信流程
文章平均质量分 68
学生信的大叔
生信分析工程师
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【客户福利】本地读取GEO探针表达数据和芯片注释
其实,从报了培训班之后还没做过GEO数据挖掘。大家注意后面代码的可靠性。常用的GEO数据下载和读取依赖,当我们指定选项GEO编号时,其实质还是从要先下载表达矩阵文件和探针注释(getGPL = T)文件到本地,然后再读取。我个人是不太喜欢getGEO这个函数风格的。对于R语言下载文件的可靠性,我觉得不咋滴,也可能是我写不好代码。我个人是封了个脚本,专门用于下载GEO数据库文件,该脚本不公开,仅作为客户福利,当客户付费分析金额达到一定额度后才可免费获取。这个脚本的使用方法之前分享过一次,这里再次分享下。原创 2024-07-07 20:13:53 · 372 阅读 · 0 评论 -
跟着Github学Mfuzz
前几天学习Mfuzz时在github搜到一个脚本这是一个2016年的脚本,注意这个时间比较早,因此用到的方法或者软件也比较老,需要注意。这个脚本来还是找来测试数据跑了下。这里记录下这个脚本的特点,以及我测试时的脚本,希望可以对大家脚本封装和Mfuzz学习提供一点点帮助。原创 2023-12-11 00:49:17 · 545 阅读 · 0 评论 -
【纯代码分享】有技术重复的11样本的10X单细胞上游
数据是来自的项目。一个小鼠心脏损伤的10X genomics 单细胞测序数据。一共27组测序结果,81个fastq文件。原创 2023-12-08 01:14:55 · 925 阅读 · 2 评论 -
【纯代码分享】Salmon基于GRCh38的转录本与基因水平的定量
【纯代码分享】Salmon基于GRCh38的转录本与基因水平的定量原创 2023-10-08 22:27:14 · 197 阅读 · 0 评论