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R语言
文章平均质量分 62
学生信的大叔
生信分析工程师
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【客户福利】本地读取GEO探针表达数据和芯片注释
其实,从报了培训班之后还没做过GEO数据挖掘。大家注意后面代码的可靠性。常用的GEO数据下载和读取依赖,当我们指定选项GEO编号时,其实质还是从要先下载表达矩阵文件和探针注释(getGPL = T)文件到本地,然后再读取。我个人是不太喜欢getGEO这个函数风格的。对于R语言下载文件的可靠性,我觉得不咋滴,也可能是我写不好代码。我个人是封了个脚本,专门用于下载GEO数据库文件,该脚本不公开,仅作为客户福利,当客户付费分析金额达到一定额度后才可免费获取。这个脚本的使用方法之前分享过一次,这里再次分享下。原创 2024-07-07 20:13:53 · 372 阅读 · 0 评论 -
FPKM转TPM脚本分享:当Shell脚本嵌入R代码
当然,我之前写过一个R脚本模板,可以只依赖基础函数也允许使用长选项设定参数,也可以设定缺省值,详见《等工具来设定选项和缺省值,这些工具在常用系统环境中是默认配置,因此使得脚本更加灵活【下面脚本并未这样写,大家可以自己改写】。输入文件:FPKM表达矩阵,行名为基因,列名为样本名称,值为FPKM。我个人的看法是,还是有一点用处的。当Shell脚本中嵌入R代码,这到底是R脚本,还是shell脚本呢?shell中写R代码的一些细节,了解的还不够详细,需要多写多练。格式,因为是特定情境下的脚本,所以卡的比较严格。原创 2024-02-15 09:29:45 · 404 阅读 · 0 评论 -
Mfuzz::mfuzz.plot2 绘图过程梳理
要想用ggplot2重绘结果,就要理解图形中每个部分的含义。原创 2023-12-08 01:12:52 · 1235 阅读 · 0 评论 -
R语言动态创建压缩文件
动态创建压缩文件,可以简单地理解为将结果写出到压缩文件,而不是先写出到文件然后压缩。R语言中,R包vroom就可以实现这一过程。逐行写出函数与数据表写出函数,可以通过的方式实现动态创建压缩文件。生物信息中常见的压缩格式为.gz压缩,这里以拟南芥的基因组序列进行测试。原创 2023-10-10 12:08:36 · 105 阅读 · 0 评论 -
【R语言封装技巧】ggplot2的aes()中的变量替换
【R语言封装技巧】ggplot2的aes()中的变量替换原创 2023-10-08 22:31:47 · 155 阅读 · 0 评论