shell脚本 | 批量从GenBank/RefSeq下载NCBI基因组

今天有客户联系要通过GenBank的accession number批量下载基因组，结果回复客户可以批量下载后，客户就没再回复过。。。

这个功能之前就想写，只是觉得用的可能不是很多，就没写。既然今天遇到了，恰巧最近着重学shell脚本，就把这个功能封了个shell脚本。用到的shell知识点都还算基础，也是必学的，下面介绍了脚本的特点和功能，感兴趣脚本写法的也可以购买来看看。

脚本特点

这里写了两个版本，两个版本都加了中文注释。v0.1没有写函数，方便大家理解。v0.2写了函数，支持多个参数输入，用着方便。

对于GenBank（GCA开头）和RefSeq（GCF开头）的基因组ID类似，存储方式也类似，这里就一起写了，两种编号均支持。

v0.1版本

• 只是简单的顺序传参脚本，并未使用长/短选项写法。

主要是为了方便，而且这种写法对初学者也是很友好的。

• 只适合下载单个编号的基因组

• 可根据RefSeq 或者GenBank的基因组编号下载该基因组相关内容，包括基因组序列、蛋白序列注释信息（如果有）、其它文件和md5文件。

• 脚本最终只是打印了可用的下载命令，并未直接下载。

打印出下载命令与一些提示信息：通过标准误重定向，即>&2 将除最终下载命令行以外的所有信息都设置为标准误。

• 下载目标文件夹为当前目录，即./。