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学生信的大叔
生信分析工程师
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【客户福利】获取ASprofile的hdrs文件
ASprofile 是分析可变剪切的软件之一,软件分析需要一个hdrs文件。该软件自带了hg19的hdrs,但是其它版本或者物种的hdrs文件需要自己获取,但软件并未提供该功能脚本。网上找到过一个公开的Python脚本,但是它统计的结果有问题,没办法,自己写了。大家如果也找到了那个脚本,注意验证结果可靠性。本文分享自己写的perl脚本用法。该脚本不公开,有需要的客户付费达到一定金额后可免费获取。如果仅需要其它基因组版本或着其它物种的hdrs文件,可以付费获取相应的hdrs文件。原创 2024-07-07 20:17:43 · 181 阅读 · 0 评论 -
FPKM转TPM脚本分享:当Shell脚本嵌入R代码
当然,我之前写过一个R脚本模板,可以只依赖基础函数也允许使用长选项设定参数,也可以设定缺省值,详见《等工具来设定选项和缺省值,这些工具在常用系统环境中是默认配置,因此使得脚本更加灵活【下面脚本并未这样写,大家可以自己改写】。输入文件:FPKM表达矩阵,行名为基因,列名为样本名称,值为FPKM。我个人的看法是,还是有一点用处的。当Shell脚本中嵌入R代码,这到底是R脚本,还是shell脚本呢?shell中写R代码的一些细节,了解的还不够详细,需要多写多练。格式,因为是特定情境下的脚本,所以卡的比较严格。原创 2024-02-15 09:29:45 · 372 阅读 · 0 评论 -
跟着Github学Mfuzz
前几天学习Mfuzz时在github搜到一个脚本这是一个2016年的脚本,注意这个时间比较早,因此用到的方法或者软件也比较老,需要注意。这个脚本来还是找来测试数据跑了下。这里记录下这个脚本的特点,以及我测试时的脚本,希望可以对大家脚本封装和Mfuzz学习提供一点点帮助。原创 2023-12-11 00:49:17 · 518 阅读 · 0 评论 -
Mfuzz::mfuzz.plot2 绘图过程梳理
要想用ggplot2重绘结果,就要理解图形中每个部分的含义。原创 2023-12-08 01:12:52 · 1093 阅读 · 0 评论