【Amber】分子动力学结果分析(二)PMF

Jsylar

于 2021-05-24 13:02:46 发布

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分类专栏： Amber

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本文介绍了如何通过有偏采样得到原子间距离数据，利用wham工具计算潜在能量面（PMF），并解释了PMF在反应能垒评估中的重要性。关键步骤包括创建wham输入文件、设置参数和解析结果。长采样数据确保了PMF的可靠性。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

PMF是有偏采样后的重要一步，可以得出轨迹相对自由能，判断反应能垒或结合能垒
在此假设已经进行如下的有偏采样
cv.in

cv_file
&colvar
 cv_type = 'DISTANCE'
 cv_ni = 2, 
 cv_i = 7110, 7129
 anchor_position = 1.0,2.5,2.5,3.0
 anchor_strength = 30.0,30.0
 /

并得到有偏采样轨迹以及有偏采样数据pmd.dat
pmd.dat

  11650.0000       2.95263892
  11650.0010       2.94943354
  11650.0020       2.94544783
  11650.0030       2.94123993
  11650.0040       2.93570733
  ... ...
  11650.2420       2.91393050
  11650.2430       2.92453663
  11650.2440       2.93124191
  11650.2450       2.93386341
  11650.2460       2.93275014
  11650.2470       2.92830186
  11650.2480       2.92133314
  11650.2490       2.91219083

其中左侧为模拟时间，右侧为有偏采样得到的两个原子间的距离

接下来使用wham处理得到的数据
首先创建wham的输入文件wham.in,写入以下内容

pmd.dat 2.50 60.0

其中60.0为cv.in中的力常数的两倍

之后使用wham计算PMF

wham 1 3 300 0.00001 300 0 wham.in result.dat

本人理解为PMF本质上来源于概率，所以越长越多的采样可信度越好