生物信息常用文件类型

本文介绍了生物信息学中常用的三种文件格式:bed、GTF和GFF3。bed文件包含3~12列,必备列包括染色体、起始和结束位置;GTF用于基因组注释,与GFFv2相同,由9列组成;GFF3也是9列,与GTF类似;wig文件则用于表示连续区域的覆盖深度。
摘要由CSDN通过智能技术生成

参考网址

http://www.ensembl.org/info/website/upload/index.html#formats

http://gmod.org/wiki/GFF3

bed文件:

bed文件由3~12列内容构成,分为可选和必选列,如下图所示,必须列包括染色体号,起始位置,终止位置

其他列的展示如下:

GTF(General Transfer Format)文件用于存放基因组的注释信息,它与GFF(General Feature Format)的version2是完全相同的。这种格式由9列构成,下面让我们来看一下该文件的格式

 

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