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RSS订阅原创 GROMACS中mdp文件注解小结
；预处理title = OPLS Lysozyme MD ； 标题，可任意定义（最长64个字，简单点好）cpp = /lib/cpp ； 预处理器，与C/C++的预处理器一样，默认为（/lib/cpp）include = ； 引用文件，即拓扑文件中引用其他文件的路径，引用方式与C/C++引用一样：格式： -I/home/../include -L/home/../libdefine = ...
2018-12-28 11:00:50
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原创 gromcas 分析NAMD轨迹文件dcd
gromacs计算rmsdg_rms -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd-s 参考结构，这里选取轨迹的第一帧。-f 轨迹文件gromacs计算rmsfg_rmsf -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd-s 结构文件 -f 轨迹文件gromacs计算make_ndx 选择体系的一部分，以便...
2018-12-28 10:49:23
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原创 研究生从事学术研究的赫曼法则(The Laws of Herman)。
这20条法则的内容是（译文主要根据个人的理解，不妥或错误之处，请指正）： 1、在做学位论文期间，不要有任何度假休息的打算。 2、科学研究中，记住这个原则：重要的是什么是正确的，而不是谁是正确的。 3、在思想上，你要相信：多数情况下，无论学术研究还是其它事情，导师错的时候不多。 4、在行动上，你要相信：绝大多数时候，只要按照导师的要求去做，就不会有错。 5、与...
2018-12-28 10:42:40
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原创 初涉科研生涯的四个黄金戒律
2003年Nature (2003, 426:389)上有一篇文章，是德克萨斯大学物理系的著名物理学家Steven Weinberg写的 “Four Golden Lessons”，是科学家对初涉科研生涯的学子们的一些忠告。暂且译为“四个黄金戒律”，内容编译如下： 1．边干边学，不要彷徨。当你开始接受一个新课题或进入一个新的研究领域时，往往会感到迷茫。经常遇到的问题是，我现在对这个领域的研...
2018-12-28 10:41:35
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原创 NAMD跑分子动力学模拟出现的一些问题（更新中）
1.能量最小化平衡的时候，如果没有控制好NVT，会出现盒子变小，蛋白跑出水盒子。但是如果仅仅是控制体积不变，又会造成盒子内溶剂密度太小，产生‘Periodic cell has become too small for original patch grid！’这个错误。NVT:# Pressure and volume controluseGroupPressure ye...
2018-12-28 10:35:15
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原创 matlab读取NAMD轨迹dcd文件
* Example usage *1. alanin.dcd is a DCD file containing 100 frames of a 66 atom trajectory.xyz will be a 100x198 matrix with each row containing coordinates in theorder [x1 y1 z1 x2 y2 z2 ...]&g...
2018-12-28 10:30:26
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原创 Gromacs读取二进制文件转化为可读十进制文件
近来用GROMACS做简正模式分析（NMA）,做完之后，想做后续工作需要用到Hessian矩阵和特征值和特征向量。但是GMX输出的特征值是十进制格式，输出的Hessian(.mtx)和特征向量(.trr)都是二进制文件，无法直接读出。结果花了好多天的力气，曾试图改GMX底层代码，看了好多天他的c文件，结果头大。无奈又翻了几遍手册，发现居然有专门读取GMX二进制文件的命令~具体操作如下g...
2018-12-27 10:41:01
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原创 使用windows版Gromacs进行正则模分析
之前组里的服务器上安装的是4.5单精度版本GROMACS，结果自己试了好多天计算正则模都没有成功。我一直以为它是双精度的，结果今天打开log一看，惊呆了，是我一直搞错了。迫于很急，自己对于linux安装软件也不熟悉，果断下了一个双精度版本的win版GMX，结果发现异常好用，下面写一下我用来计算正则模的过程（简正模式）。GROMACS的win版，是在cmd下使用。首先要cd到他的文件夹的bin目...
2018-12-18 13:39:11
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GROMACS windows双精度5.11版
2018-12-18
计算蛋白backbone的RMSD
2018-06-04
计算核酸backbone的RMSD
2018-06-04
空空如也
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