R语言
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竹篱茅舍1997
生物信息学、python、R、Linux、Perl学习交流
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使用MMUPHin进行微生物组研究的荟萃分析
使用MMUPHin进行微生物组研究的荟萃分析翻译 2023-05-14 15:04:57 · 1239 阅读 · 0 评论 -
R中的主成分分析(Principal Component Analysis, PCA)
作为零售行业的数据科学家,假设您正试图从包含以下五个特征的数据集中了解是什么让客户满意:每月费用、年龄、性别、购买频率和产品评级。为了更好地分析并得出可操作的结论,我们需要了解数据集,或者至少将其可视化。人类无法轻易地可视化超过三个维度,因此可视化具有五个特征(维度)的客户数据并不简单。这就是主成分分析(, PCA)的用武之地。“但是,什么是主成分分析(它是一种统计方法,可用于分析高维数据并从中捕获最重要的信息。这是通过将原始数据转换到低维空间,同时将高度相关的变量整理在一起来完成的。翻译 2023-03-04 12:01:59 · 2641 阅读 · 1 评论 -
广义线性模型glmmTMB包
`glmmTMB`是一个建立在 Template Model Builder(https://github.com/kaskr/adcomp)自动分化引擎上的R包,用于拟合广义线性混合模型及其延伸。翻译 2022-08-28 18:06:44 · 3673 阅读 · 3 评论 -
使用基于ggplot2的包ggalluvial绘制桑基图(冲积图)
使用ggalluvial绘制桑基图(冲积图)翻译 2022-08-14 22:04:57 · 9589 阅读 · 4 评论 -
4.微生物组机器学习包SIAMCAT学习
论文:Wirbel, J., Zych, K., Essex, M. et al. Microbiome meta-analysis and cross-disease comparison enabled by the SIAMCAT machine learning toolbox. Genome Biol 22, 93 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02306-1Github代码:https://github.com/zellerla...翻译 2022-03-04 14:28:08 · 1919 阅读 · 1 评论 -
从qiime2中导出丰度数据用R语言绘制热图
1. 绘制热图参考:https://www.molecularecologist.com/2013/08/making-heatmaps-with-r-for-microbiome-analysis/原创 2019-09-26 11:05:03 · 6438 阅读 · 0 评论 -
用R分析微生物组群落数据(1) 软件安装、数据集下载和导入
参考: https://grunwaldlab.github.io/analysis_of_microbiome_community_data_in_r/index.html1.下载需要的软件和数据1.1 安装R、Rstudio和必要的R包1.1.1 安装RR是一门关注统计学、数据科学、可视化的编程语言。它可以再所有的公共操作系统安装,R语言可以从如下地址下载:https://cra...翻译 2019-08-06 20:46:01 · 8992 阅读 · 1 评论 -
R for Data Science 第1章 ggplot2数据可视化
参考书籍: R for Data Science书籍简介:https://www.goodreads.com/book/show/33399049-r-for-data-science你将学到什么?典型的数据处理流程:(1)Import:获取存储在文件、数据库、web API中的数据,将其倒入R语言的data frame。(2)Tidy: 将数据存储为符合符合存储数据集的语义的一致...翻译 2019-07-24 16:22:57 · 791 阅读 · 0 评论