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生物信息学
文章平均质量分 94
竹篱茅舍1997
生物信息学、python、R、Linux、Perl学习交流
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NetMoss2微生物组网络分析
NetMoss2文献阅读翻译 2023-02-18 21:31:32 · 1945 阅读 · 2 评论 -
Spearman相关系数的含义及适用场景
Spearman相关系数的含义及其适用场景翻译 2023-02-13 17:10:07 · 11819 阅读 · 0 评论 -
使用基于ggplot2的包ggalluvial绘制桑基图(冲积图)
使用ggalluvial绘制桑基图(冲积图)翻译 2022-08-14 22:04:57 · 8274 阅读 · 4 评论 -
NGLess: 使用更少的工作来进行二代测序数据处理
NGLess: 使用更少的工作来进行二代测序数据处理NGLess论文:Coelho L P, Alves R, Monteiro P, et al. NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language[J]. Microbiome, 2019, 7(1): 1-10.NGLess官方文档:https://ngless.embl.de/index.htmlNGLess(翻译 2022-04-26 00:10:33 · 274 阅读 · 0 评论 -
嵌套交叉验证的一致特征(Consensus features nested cross-validation)
5.5 嵌套交叉验证的一致特征(Consensus features nested cross-validation)参考:Parvandeh S, Yeh H W, Paulus M P, et al. Consensus features nested cross-validation[J]. Bioinformatics, 2020, 36(10): 3093-3098.代码: https://github.com/insilico/cncv浅谈关于特征选择算法与Relief的实现:htt翻译 2022-03-28 10:24:11 · 746 阅读 · 0 评论 -
基于mRMRe的最大相关最小冗余特征选择
基于mRMRe的特征选择参考:论文:De Jay N, Papillon-Cavanagh S, Olsen C, et al. mRMRe: an R package for parallelized mRMR ensemble feature selection[J]. Bioinformatics, 2013, 29(18): 2365-2368.代码:https://cran.r-project.org/web/packages/mRMRe/index.html5.1.1 方法介绍原创 2022-03-26 15:01:55 · 2054 阅读 · 1 评论 -
4.微生物组机器学习包SIAMCAT学习
论文:Wirbel, J., Zych, K., Essex, M. et al. Microbiome meta-analysis and cross-disease comparison enabled by the SIAMCAT machine learning toolbox. Genome Biol 22, 93 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02306-1Github代码:https://github.com/zellerla...翻译 2022-03-04 14:28:08 · 1615 阅读 · 1 评论 -
微生物组基因分析流程shotgene安装与nextflow初探
3. 基于GeneShot的分析参考:Minot, S.S., Barry, K.C., Kasman, C. et al. geneshot: gene-level metagenomics identifies genome islands associated with immunotherapy response. Genome Biol 22, 135 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02355-6Github代码:https://g原创 2022-02-20 15:03:51 · 418 阅读 · 0 评论 -
snakemake教程-03额外特征
文章目录额外的特征1. Benchmarking(基准测试)2. Modularization(模块化)3.Automatic deployment of software dependencies(自动部署软件依赖项)4. Tool wrappers(工具包装)5. Cluster execution6. Using –cluster-status7.Constraining wildcards额外的特征接下来,我们将介绍更多上面的案例没有包括的特征。更多细节和更多特征,可以参考 Writing Wo翻译 2021-07-04 22:25:28 · 1182 阅读 · 0 评论 -
snakemake教程-02进阶部分
文章目录进阶部分:对案例进行进一步修饰Step 1: Specifying the number of used threadsStep 2: Config filesStep 3: Input functionsStep 4: Rule parametersStep 5: LoggingStep 6: Temporary and protected files练习Summary参考:https://snakemake.readthedocs.io/en/stable/tutorial/advanced翻译 2021-07-04 17:52:52 · 2033 阅读 · 0 评论 -
Snakemake教程-01基础部分
文章目录1. snakemake简介1.1 初识snakemake2. Snakemake教程2.1安装2.2 Basic: An example workflow2.2.1 Step 1: Mapping readsStep 2: Generalizing the read mapping ruleStep 3: Sorting read alignmentsStep 4: Indexing read alignments and visualizing the DAG of jobsStep 5: Ca翻译 2021-07-04 10:45:28 · 5413 阅读 · 0 评论 -
stLFR(single tube Long Fragment Read)介绍
stLFR(single tube Long Fragment Read): 单管长片段序列,是由华大制造自主研发的基于DNBSEQ平台的,一种长片段读取技术,可实现读取序列的长度高达10k~300k。发展历史:时间代表论文2012Peters, B., Kermani, B., Sparks, A. et al. Accurate whole-genome sequencing and haplotyping from 10 to 20 human cells. Nature 4原创 2021-03-04 11:36:46 · 3346 阅读 · 1 评论 -
Complex Network Analysis in Python学习笔记
代码下载:https://pragprog.com/titles/dzcnapy/complex-network-analysis-in-python/文章目录Preface1. The Art of Seeing Networks.Part I - Elementary Networks and tools.2. Surveying the Tools of the Craft3. Introducing NetworkXPreface1. The Art of Seeing Networks..翻译 2020-09-13 16:00:31 · 1620 阅读 · 2 评论 -
python处理taxonomy数据库的fullnamelineage.dmp文件
python处理taxonomy数据库的fullnamelineage.dmp文件#!/home1/jialh/tools/miniconda3/bin/python#PBS -N filter_fullname#PBS -l nodes=1:ppn=8#PBS -l walltime=999999:00:00import osimport csvimport pandas as pdworkdir="/home3/ZXMGroup/MGEs_database/database/Taxo原创 2020-05-19 14:18:27 · 536 阅读 · 0 评论 -
bioinformatics小技巧
1. linux上python2的安装Installing a custom version of Python 2:https://help.dreamhost.com/hc/en-us/articles/115000218612-Installing-a-custom-version-of-Python-2原创 2020-05-14 11:29:51 · 1086 阅读 · 1 评论 -
用R分析微生物组群落数据(1) 软件安装、数据集下载和导入
参考: https://grunwaldlab.github.io/analysis_of_microbiome_community_data_in_r/index.html1.下载需要的软件和数据1.1 安装R、Rstudio和必要的R包1.1.1 安装RR是一门关注统计学、数据科学、可视化的编程语言。它可以再所有的公共操作系统安装,R语言可以从如下地址下载:https://cra...翻译 2019-08-06 20:46:01 · 8557 阅读 · 1 评论 -
使用enaBrowserTools和Aspera从ENA下载数据
tip01: Linux环境下 安装python3参考:https://blog.csdn.net/jeffery0207/article/details/79774567tip02: 查看服务器型号lsb_release -a原创 2019-07-26 10:23:13 · 3383 阅读 · 0 评论