microbiome
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竹篱茅舍1997
生物信息学、python、R、Linux、Perl学习交流
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Molecular Neurodegeneration: 东英吉利大学综述“微生物衍生代谢物是与年龄相关的认知能力下降和痴呆的危险因素
全球人口日益老龄化的一个后果是,全球范围内与年龄相关的认知能力下降和痴呆症的患病率日益上升。翻译 2023-06-12 21:40:30 · 998 阅读 · 0 评论 -
Molecular Neurodegeneration: 东英吉利大学综述“微生物衍生代谢物是与年龄相关的认知能力下降和痴呆的危险因素
全球人口日益老龄化的一个后果是,全球范围内与年龄相关的认知能力下降和痴呆症的患病率日益上升。翻译 2023-06-11 16:04:35 · 415 阅读 · 0 评论 -
Nature Machine Intelligence: 刘洋彧等利用神经常微分方程预测微生物代谢谱
表征微生物群落的代谢特征对于理解其生物学功能及其对宿主或环境的影响至关重要。直接测量这些特征的代谢组学实验是困难和昂贵的,然而,量化微生物群落的物种组成的测序方法已经发展得很好,而且成本相对较低。能够从微生物组成预测代谢组谱的计算方法可以节省代谢组谱实验所需的大量时间。然而,尽管已有了一些研究成果,我们仍然缺乏一种预测能力强、普遍适用性强、可解释性好的计算方法。翻译 2023-06-07 20:43:56 · 1138 阅读 · 0 评论 -
Nature Communications: 使用自然语言处理解密微生物基因功能
通讯作者为:以色列特拉维夫大学的David (Dudu) Burstein在测序数据量不断增加的时代,揭示未表征基因的功能是一项基本挑战。在这里,我们提出了一个使用自然语言处理(NLP)中采用的深度学习方法来应对这一挑战的概念。我们重新调整了NLP算法的用途,以基于其基因组背景下超过3.6亿个微生物基因的生物语料库为基础,对**“基因语义(gene semantics)”进行建模。翻译 2023-06-06 16:52:07 · 694 阅读 · 0 评论 -
使用MMUPHin进行微生物组研究的荟萃分析
使用MMUPHin进行微生物组研究的荟萃分析翻译 2023-05-14 15:04:57 · 981 阅读 · 0 评论 -
NetMoss2微生物组网络分析
NetMoss2文献阅读翻译 2023-02-18 21:31:32 · 1945 阅读 · 2 评论 -
NGLess: 使用更少的工作来进行二代测序数据处理
NGLess: 使用更少的工作来进行二代测序数据处理NGLess论文:Coelho L P, Alves R, Monteiro P, et al. NG-meta-profiler: fast processing of metagenomes using NGLess, a domain-specific language[J]. Microbiome, 2019, 7(1): 1-10.NGLess官方文档:https://ngless.embl.de/index.htmlNGLess(翻译 2022-04-26 00:10:33 · 274 阅读 · 0 评论 -
4.微生物组机器学习包SIAMCAT学习
论文:Wirbel, J., Zych, K., Essex, M. et al. Microbiome meta-analysis and cross-disease comparison enabled by the SIAMCAT machine learning toolbox. Genome Biol 22, 93 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02306-1Github代码:https://github.com/zellerla...翻译 2022-03-04 14:28:08 · 1615 阅读 · 1 评论 -
微生物组基因分析流程shotgene安装与nextflow初探
3. 基于GeneShot的分析参考:Minot, S.S., Barry, K.C., Kasman, C. et al. geneshot: gene-level metagenomics identifies genome islands associated with immunotherapy response. Genome Biol 22, 135 (2021). https://doi.org/10.1186/s13059-021-02355-6Github代码:https://g原创 2022-02-20 15:03:51 · 418 阅读 · 0 评论 -
从qiime2中导出丰度数据用R语言绘制热图
1. 绘制热图参考:https://www.molecularecologist.com/2013/08/making-heatmaps-with-r-for-microbiome-analysis/原创 2019-09-26 11:05:03 · 6238 阅读 · 0 评论 -
用R分析微生物组群落数据(1) 软件安装、数据集下载和导入
参考: https://grunwaldlab.github.io/analysis_of_microbiome_community_data_in_r/index.html1.下载需要的软件和数据1.1 安装R、Rstudio和必要的R包1.1.1 安装RR是一门关注统计学、数据科学、可视化的编程语言。它可以再所有的公共操作系统安装,R语言可以从如下地址下载:https://cra...翻译 2019-08-06 20:46:01 · 8557 阅读 · 1 评论